一、新型胆碱自动合成模块用于临床（论文文献综述）
龚泽龙[1]（2021）在《探讨α7nAChR和CISH在大肠杆菌诱发败血症和脑膜炎中的正负调控作用及机制》文中研究说明研究背景与目的感染性疾病是导致婴幼儿死亡率高的重要原因,其中又以细菌感染诱发的败血症和脑膜炎（BSM）危害更甚。目前以宿主与病原菌间互作为靶点是研发抗生素替代疗法治疗感染性损伤的新思路。研究表明,炎症趋化的人脑微血管内皮细胞（HBMECs）间通透性改变是血脑屏障（BBB）功能受损的病理特点之一,亦是导致BSM的重要因素。前期证明α7烟碱型乙酰胆碱受体（α7nAChR）在BSM致病中可发挥关键调控作用,并伴随细胞因子诱导的SRC同源性2（SH2）结构域蛋白（CISH）转录水平升高。近期发现Janus蛋白酪氨酸激酶2（JAK2）激活与BBB损伤相关,且JAK2可在α7nAChR激活后产生聚集和磷酸化。上述机制可否解释BSM尚不可知,其中是否存在更为复杂调控?为此,本文旨在通过体外（HBMECs）、体内（野生、α7nAChR敲除小鼠）模型,从正向α7nAChR/JAK2/STAT5和负向 CISH/JAK2/STAT5 角度,探讨 α7nAChR 和 CISH在E.coli K1诱发BBB损伤中的调控作用及机制,并验证CISH在两种抑制α7nAChR小分子化合物甲基牛扁亭（MLA）、盐酸美金刚（MEM）改善BSM中的作用,可为防治BSM提供新的策略和依据。方法通过GSEA和WGCNA挖掘与BSM相关的枢纽基因和关键通路。在体外:构建E.coli K1感染HBMECs模型;RNAi和过表达技术沉默/上调胞内CISH蛋白;黏附、侵袭试验评价HBMECs对E.coli K1易感性;CCK-8评价细胞存活状况;ELISA检测炎性因子水平;WB和IF检测胞内蛋白表达和分布。在体内:构建E.coli K1感染WT、α7nAChR敲除小鼠模型;PCR-电泳鉴定鼠基因型,IHC检测小鼠受体活性,稀释平板计数检测鼠外周血、脑脊液中细菌载量;HE、组织免疫荧光观察组织形态及蛋白,等。结果本项目挖掘出与BSM发病相关的2个枢纽模块、10个枢纽基因及显着变化的关键通路,发现尼古丁和烟酰胺代谢通路在确诊细菌性败血症患者中显着激活（NES=1.35,P=0.035）,提示体内烟酰胺代谢与BSM发病呈正相关。随后,本项目中验证与烟酰胺代谢相关α7nAChR、JAK2两个关键蛋白可介导STAT5b、p-STAT5b通路激活继而在E.coli K1诱发的炎性因子释放（IL-6、TNF-α）和BBB损伤中的发挥调控作用（P<0.05）,且该过程可分别被MLA（α7nAChR抑制剂）和AG490（JAK2抑制剂）所阻断（P<0.01）;另外,本项目还发现CISH可抑制JAK2/STAT5信号通路活化并在感染HBMECs中发挥保护效应（P<0.01）,而该过程可受α7nAChR调控。同时,本课题验证了 CISH蛋白在两种抑制α7nAChR小分子化合物MLA、MEM改善BSM中发挥保护效应的机制。结论本课题发现尼古丁和烟酰胺代谢是与BSM相关的关键通路之一。从正调控角度,本项目证明了 HBMECs细胞α7nAChR活化可介导下游JAK2-STAT5通路的激活,并导致E.coli K1诱发的炎性因子释放、胞间紧密连接破坏和BBB损伤;从负调控角度,证明CISH蛋白可抑制JAK2通路激活从而改善E.coli K1诱发BBB损伤。本文本课题还证明MLA和MEM可通过抑制HBMECs细胞α7nAChR激活并上调CISH从而发挥对BSM保护效应。
王亮亮[2]（2021）在《有机磷酸酯毒性预测及其与AChE作用机理分子模拟》文中进行了进一步梳理有机磷酸酯（OPs）是公共安全中必须高度关注的危险化学品,其在农药和神经毒剂中的持续违规违法滥用对人类和生态环境造成了严重危害。快速准确评估OPs的毒性并探究其致毒机理,对该类危险化学品的早期风险评估、科学高效监管及化学安全威胁地快速处置均具有重要意义。随着毒性数据的积累、计算能力的提升、智能算法的发展及分子模拟技术的完善,推动了计算机建模和分子模拟分别在毒性预测及致毒机理模拟研究中的广泛应用,有效弥补了实验毒性评估通量小、周期长以及单纯依靠实验技术难以准确获得致毒机理过程的不足。然而,目前针对OPs的毒性预测及其致毒机理模拟研究仍存在一些不足和尚未解决的问题。现有毒性预测模型中OPs数据少、结构单一及模型验证不足等问题,导致其实际毒性预测能力及应用范围比较局限。在OPs与乙酰胆碱酯酶（ACh E）作用机理模拟研究中,磷酰化和老化反应过程及其分别与OPs离去基团和老化基团之间的关系规律有待进一步深入研究。本论文围绕上述问题,采用定量构毒关系（QSTR）和量子力学/分子力学（QM/MM）及分子动力学（MD）模拟技术,开展了OPs毒性预测及其与ACh E作用机理分子模拟研究,取得了如下研究成果:（1）基于从公共、商业数据库以及专业文献中收集的OPs信息数据,自主研发了具有数据浏览、查询及管理维护功能的OPs信息数据库系统（OPPTox）,包含621种OPs、5870种毒性数据、9836种基本理化性质数据以及37种毒性种属,为后续毒性预测模型开发及机理模拟研究奠定了坚实的数据基础。此外,在密度泛函理论框架下,结合OPs自身化学结构及其与ACh E作用机理特点,设计了50种可反映OPs热力学性质、反应活性、极性、关键原子电荷及化学键键级的量子化学（QC）描述符。并自主研发了能够批量自动化计算提取所设计QC描述符的Quantum软件,有效解决了采用QC方法表征OPs结构的难题。还分别利用Multiwfn和分子操作环境（MOE）软件补充计算了9种QC和206种二维（2D）分子描述符。计算提取的描述符集为后续OPs毒性预测模型的构建提供了充足的结构特征参数。（2）严格遵循经济合作与发展组织（OECD）建模原则,基于相对全面的OPs急性毒性数据集及计算提取的QC和2D分子描述符集,结合不同机器学习算法,成功开发了十种可实际应用于预测OPs在大鼠小鼠多种给药途径中急性毒性及其对人源乙酰胆碱酯酶（h ACh E）抑制活性的QSTR模型。这些稳健(Q2cv=0.524～0.854)且外部预测能力良好(Q2ext=0.604～0.877)的QSTR模型,可为OPs的早期风险评估和科学高效监管提供重要的理论技术支撑。通过对大鼠小鼠多给药途径QSTR模型性能、特征参数相似性及数据集中共享OPs实验数据的相关性分析,我们发现与大鼠小鼠两个物种的影响相比,给药途径对OPs急性毒性的影响更为显着。基于OPs大鼠小鼠口服急性毒性及其对h ACh E抑制活性的高质量(Q 2cv（29）0.65,Q 2ext（29）0.69)一致性QSTR模型,探讨了OPs体外分子水平毒性与体内动物水平毒性的外延性问题,结果发现不能简单利用OPs体外酶抑制活性实验数据直接评估其体内口服急性毒性。这些源自哺乳动物物种、给药途径及分子水平酶抑制活性对OPs急性毒性影响的新发现,不仅有助于进一步加深我们对OPs急性毒性的认知,也可为其他类危险化学品的毒性预测研究提供重要参考。此外,我们还利用开源的康斯坦茨信息挖掘器（KNIME）平台,搭建了包含六种机器学习算法的QSTR建模流程,极大方便了后续QSTR模型的构建完善及未知OPs的急性毒性预测。（3）基于构建的OPs与h ACh E作用机理QM/MM MD计算模拟流程,开展了Anatoxin-a（s）、梭曼、环沙林、塔崩及VR五种OPs与h ACh E之间磷酰化和老化反应机理的计算模拟研究。对于磷酰化反应,从理论上发现S构型Anatoxin-a（s）具有更高的磷酰化反应活性(反应能垒比其R构型低1.3 kcal·mol-1),而叔胺氮原子质子化状态对该反应过程影响不大,磷酰化反应完成后的加合物结构即为老化后状态,很难进行重活化,这可能是Anatoxin-a（s）速杀性及致命性强的重要原因。此外,还阐释了离去基团的离去能力对OPs磷酰化反应机理的影响规律,即含易离去基团的OPs倾向于协同反应机理,而含不易离去基团的OPs更可能采取逐步的缔合反应机理。对于老化反应,老化基团结构对老化反应机理的影响较小,除Anatoxin-a（s）不存在老化过程外,其余四种OPs老化均为Glu202介导水分子参与的协同反应机理。QM/MM计算得到的老化反应能垒与实验换算的能垒比较吻合(误差均在2 kcal·mol-1左右),且二者数值大小趋势一致,有望直接利用老化反应能垒计算值进行未知OPs老化反应速率的虚拟评估。OPs分子层面致毒机理的新发现,不仅对解析新结构OPs的致毒机理具有重要参考价值,也可为新型解毒剂研发提供更具针对性的理论指导。
刘红宏[3]（2021）在《肠道菌群及循环代谢产物与冠心病严重程度及其不良预后的相关机制研究》文中提出目的:冠状动脉粥样硬化性心脏病（冠心病）与肠道菌群变化密切相关。近年来的研究表明,肠道微生物参与合成的代谢产物氧化三甲胺（Trimethylamine N-oxide,TMAO）已被证实促进动脉粥样硬化斑块的形成并且是不良心血管事件的预后标记物。然而,肠道微生物组在不同严重程度的冠心病患者中的具体特征以及与心血管疾病不良预后的相关性仍有待系统研究。方法:在第一部分的基线期,针对201名受试者进行多组学分析（肠道菌群16S rRNA基因的V3-V4区测序和血清非靶向代谢组学）,发现肠道菌群物种组成和血清代谢谱均随着冠心病的严重程度增加而发生了显着变化。在第二部分,将来自健康对照和冠心病患者的粪便混合物定殖到无菌C57BL/6 J小鼠中,饲以高脂饮食喂养12周。系统评估了冠心病相关菌群对胆汁酸代谢和胆固醇水平的影响,并通过转录组测序和流式细胞术探索了系统性和肠道免疫应答的变化。第三部分的研究中继续入组冠心病患者、扩充队列,针对319名受试者粪便样本进行了宏基因组测序,并展开了纵向随访。通过建立随机生存森林模型寻找与心血管不良结局相关的微生物预后标记物。针对ApoE-/-小鼠进行粪菌移植实验,探究紊乱失衡的冠心病相关菌群对动脉粥样硬化以及炎症表型的促进作用。最后,将与预后相关的菌株定植到无菌ApoE-/-小鼠中,观察其对血小板功能和血栓表型的影响。结果:在第一部分针对201名受试者的分析中,我们确定了与冠心病严重表型呈现正相关或负相关的29种代谢物模块,以及在冠心病不同亚组中特征性富集的细菌共丰度簇（Co-abundance group,CAG）。具有显着丰度变化的肠菌如Roseburia,Ruminococcaceae和Clostridium Ⅳ通过调节胆汁酸,芳香类化合物的代谢活性进而影响动脉粥样硬化的发生发展。基于这些特征性变化的细菌和代谢产物所构建的疾病分类器具有能够在另一独立小型验证队列中准确区分诊断冠心病不同亚组的鉴别能力。第二部分的动物实验研究发现,相较于健康对照,接受冠心病菌群定植的受体小鼠显示出增强的血管僵硬度。冠心病组受体小鼠表现为Clostridium symbiosum和Eggerthella丰度增加,使得小鼠血清和粪便中以石胆酸和酮衍生物为主的次级胆汁酸比例上调,并引起了循环胆固醇水平升高。并且,冠心病微生物定植促进小鼠小肠固有层以Th17/Treg失衡为主的异常免疫应答和肠屏障通透性恶化。第三部分的研究通过进行肠道菌群宏基因组数据分析,在菌株水平证明了肠道微生物的多样性和组成与冠心病的严重程度密切相关。明确了冠心病患者微生物的长期定植加剧ApoE-/-小鼠主动脉粥样硬化斑块的形成和斑块不稳定。紊乱的冠心病相关微生物产生更高水平的内毒素,作用于主动脉TLR4-CD14信号途径,引起血管和系统性免疫炎症反应的激活。表现为主动脉中性粒细胞比例增加和CD4+T淋巴细胞活化,脾脏中以Th1/Th2比率增加为主要特征的免疫失衡。该部分的研究重点评估了预测主要不良心血管事件的微生物特征,并且验证了不良预后相关肠菌标志物Bacteroides thetaiotaomicron具有促进血栓形成和刺激血小板活化的潜能。结论:肠道菌群及其代谢物与冠心病严重程度密切相关,冠心病患者肠道微生物组在动脉粥样硬化发生发展中有贡献,肠道菌群中的关键成员及其代谢物可能成为预测冠心病预后的生物标志物。本论文为了解宿主-肠道菌群在动脉粥样硬化发病机理中的相互作用以及日后开展个体化的精准二级预防诊疗提供了思路。
林秋玉[4]（2021）在《正电子显像剂11C-Fethypride化学合成、放射性标记及在帕金森氏病的应用》文中研究说明有机合成化学作为化学的基础及核心部分,在医学、农业、工业等领域广泛应用,是人类生活和历史进程中不可缺少的一部分。随着生命科学的不断发展,有机合成技术渗透到医学的各个领域,如生理学、病理学、药理学、影像医学等,极大推动了医学的发展。分子影像作为新兴的影像技术,可以用无创技术对人体进行诊断,极大地提高了诊断准确率,为患者带来福音。其中,放射性显像剂以其与靶器官或组织特异性结合等优点,被临床医学领域中广为采用,将来的影像医学将会是分子影像技术的世界,特异性显像剂的研发会是最热门的领域。化学合成是利用简单的试剂作为基础原料,通过有机反应连上一个官能团或一段碳链,再利用中间体上的官能团加以辅助进行反应,最后合成出目标化合物。每一步反应条件应比较温和,并具有较高的反应产率,所使用的原料应是低毒、低污染、廉价易得的,合成反应应快速、便捷,废弃物污染少。正电子显像剂是将正电子核素标记到目标化合物,在体外探测生物体内靶组织的生理、病理过程的一种放射性显像剂,因其对特定靶组织分子特异性高,阳性检测率高,极大推动了分子影像技术的发展,已成为核医学领域的“顶梁柱”。1.目的自行设计、研发一种新型的正电子显像剂11C-Fethypride,用于帕金森氏病的早期诊断。对合成中的每种产物进行表征分析,质量控制;对正电子显像剂11C-Fethypride进行临床前一系列实验:脂溶性测定、急性毒性实验、生物学分布实验和药代动力学实验等,探讨11C-Fethypride在临床应用的可行性;建立帕金森氏病大鼠动物模型,静脉注射正电子显像剂11C-Fethypride后进行PET/CT扫描,探讨11C-Fethypride作为PET/CT多巴胺受体显像剂诊断帕金森氏病的可行性,进一步探索11C-Fethypride作为帕金森氏病病因学研究评估及药物筛选平台的可行性。2.方法2.1 11C-Fethypride前体化合物合成与放射性标记:以香草酸甲酯（Methyl vanillate）作为起始原料,经4步常规反应和1步放射性11C标记合成了一种新型的正电子显像剂11C-Fethypride,该化合物具有合成方法简单、环保,原料价廉易得,不影响构效等优点。用回旋加速器生产11C正电子,将其引入到碳-11多功能合成模块,对前体物进行自动化放射性标记,再经过纯化、淋洗后最重获得目标显像剂11C-Fethypride。11C-Fethypride合成因素分析:（1）溶剂对合成效率的影响:取11C-Fethypride前体量0.5 mg,分别取0.2 m L丙酮、乙腈、丙酮与乙腈混合溶剂（体积比1:1）、DMSO及DMF作为甲基化溶剂,3.5 ul 0.2 mol/L Na OH溶液,反应温度为室温,反应时间1 min,比较不同溶剂的合成效率。（2）温度对合成效率的影响:取11C-Fethypride前体量0.5 mg,3.5 u L 0.2 mol/L Na OH溶液,分别在0℃、室温（25℃）、50℃、80℃和100℃下与11CH3-Triflate反应,反应时间1 min,比较不同温度时的合成效率。（3）前体用量对合成效率的影响:取不同前体量（0.3～1.1mg）溶于0.2 m L丙酮中,碱当量固定为0.7 eq,分别与11CH3-Triflate在室温下反应,比较不同前体量对合成效率的影响。2.2 11C-Fethypride质量控制:物理学鉴定:（1）澄清度检测:通过比浊法检测11C-Fethypride溶液的澄清度,不超过0.5号浊度标准液的浊度为澄清,即合格。（2）比活度应不小于37GBq/mmol,半衰期应为20 min,放射性核纯度应大于98%。化学鉴定:（1）p H值检测:p H试纸检测11C-Fethypride溶液的p H值。（2）稳定性实验:将11C-Fethypride溶液室温下静置,分别于合成后5 min、15 min、30 min、60 min、90 min、120 min测定放射性化学纯度并进行分析,评价11C-Fethypride的稳定性,放化纯度应不低于90%。（3）放射化学纯度检测:用高效液相色谱法（HPLC）和薄层色谱法（TLC）检测11C-Fethypride溶液的放射化学纯度。生物学鉴定:（1）无菌实验:11C-Fethypride溶液分别接种于2种不同培养基中,放置不同温度培养14天后,各管培养基均无杂菌生长,判定合格。（2）细菌内毒素检测:用鲎试剂法检测11C-Fethypride溶液的细菌内毒素,细菌内毒素含量<10 EU/m L,判定合格。（3）异常毒性实验:小鼠腹腔注射不同剂量的放射性药物11C-Fethypride,观察7天,观察期间动物应全部健存,无异常反应,到期后每只体重应增加,则供试品判定合格。2.3 11C-Fethypride的生物学分布实验:脂溶性测定实验:采用脂水分配系数测定法,用γ-计数器分别测定放射性药物11C-Fethypride在正丁醇相和水相的放射性计数,两者计数比值的对数,即为脂水分配系数（Log P）。急性毒性实验:小鼠尾静脉注射不同浓度的11C-Fethypride溶液,观察7天,处死,病理切片,检查主要脏器是否正常。11C-Fethypride在大鼠主要脏器生物学分布实验:大鼠尾静脉注射放射性药物11C-Fethypride溶液,分别于注射后5、15、30、60、90 min处死,取适量的脑、心、肺、肝、脾、胃、肠、肾、肌肉等样本,生理盐水冲洗干净,滤纸吸干水分,天平测量样本的质量,γ-计数仪测量放射性计数,计算每克注射剂量百分比（%ID/g）。11C-Fethypride在大鼠脑组织生物学分布实验:大鼠尾静脉注射放射性药物11C-Fethypride溶液,分别于在注射后5、15、30、60、90 min处死大鼠,分别取大脑额叶、顶叶、颞叶、枕叶、纹状体、海马、丘脑和小脑等样本,生理盐水冲洗干净,滤纸吸干水分,天平测量样本的质量,γ-计数仪测量放射性计数,计算每克注射剂量百分比（%ID/g）。2.4 11C-Fethypride药代动力学实验:大鼠尾静脉注射放射性药物11C-Fethypride溶液,分别于注射后不同时间尾尖部取血50μl,所得的血药浓度—时间数据,用DAS 3.0药代动力学软件处理,求得各有关体内代谢动力学方程系数及代谢动力学参数并进行分析。2.5帕金森氏病大鼠PET/CT扫描:帕金森氏病大鼠模型的建立:腹腔注射MPTP（30 mg/Kg）,每日一次,共注射7天,建立亚急性PD模型;阴性对照组腹腔注射相同剂量生理盐水,用旋转杆测试评价建模成败。PET/CT扫描:正常大鼠与帕金森氏病大鼠分别尾静脉注射放射性药物11C-Fethypride溶液,10%水合氯醛麻醉、固定,置检查床中心视野进行PET/CT扫描。2.6帕金森氏病大鼠生物学研究与PET/CT相关性研究:帕金森氏病大鼠LncRNA HOTAIR表达与PET/CT显像相关性研究:进行q RT-PCR、CCK-8试验、流式细胞试验,观察正常大鼠与帕金森氏病大鼠中脑细胞中LncRNA HOTAIR的表达、细胞增殖及凋亡情况,并探讨与11C-Fethypride PET/CT显像结果的相关性。PET/CT显像对红曲霉素治疗帕金森氏病大鼠的疗效评价研究:将帕金森氏病大鼠随机分成红曲霉素治疗组和阴性对照组,治疗组大鼠在建立帕金森氏病模型第1天开始腹腔注入红曲霉素溶液（400 mg/kg）共7天,随后尾静脉注射11C-Fethypride,进行PET/CT显像。PET/CT扫描结束后,将正常大鼠、PD治疗组、PD对照组大鼠麻醉后处死,取新鲜大鼠中脑组织,进行免疫组化,观察酪氨酸羟化酶免疫阳性（TH+）细胞,分别对比治疗组和对照组PET/CT图像及TH+细胞,并探讨其相关性。3.结果3.1 11C-Fethypride放射性标记与合成因素进行分析全自动合成11C-Fethypride,耗时10～20 min,前体用量10 mg,总放射性活度为1536 MBq,合成产率33.8%,总体积2 m L,比活度为714 MBq/m L。放化纯度HPLC法达到99%,TLC法达到100%,完全符合标准,该合成方法简单、快捷、省时、省力,适宜推广。11C-Fethypride合成因素分析:DMSO溶剂中合成效率最高,为（73.61±0.98）%;室温时合成效率最高,为（62.33±1.28）%;为保证合成效率,控制产品中的前体含量,同时降低合成成本,故认为使用0.4～0.6 mg的11C-Fethypride前体为宜。3.2 11C-Fethypride质量控制:物理学鉴定:放射性标记物11C-Fethypride为无色、澄清、透明,无杂质溶液。放射性活度823.3 MBq,放射性浓度为112 MBq/m L,比活度为60.2 Bq/mmol;用时间衰减法测定11C半衰期为20±5 min。核纯度的测定应用半衰期计算法,半衰期在20±5 min范围内。化学鉴定:11C-Fethypride溶液的p H值为6.8±0.3,符合规定。室温放置120min后,TLC法测得放化纯度仍大于95%。可见,放射性标记物11C-Fethypride稳定性很好,适合临床应用。放射化学纯度检测结果:TLC法测得的放化纯度为100%,11C-Fethypride的Rf值为0.665。HPLC法测得的放化纯度为99%,11C-Fethypride的保留时间t（R）为3.09 min,游离12C的保留时间t（R）为1.26 min。冷产物12C-Fethypride和放射性标记物11C-Fethypride紫外吸收峰的保留时间t（R）分别为3.04 min和3.08 min,基本相符。生物学鉴定:追溯性无菌试验结果显示,两种不同培养基在不同的培养温度（20-25℃和30-35℃）无菌试验均合格,未有杂菌生长,说明放射性标记物11C-Fethypride是合格且安全的。鲎试剂法检测细菌内毒素含量<5 EU/m L,低于限值（10 EU/m L）,符合标准。7天后小鼠均健康存活,体重增加,无异常反应,说明放射性标记物11C-Fethypride未污染外源性的有毒物质和不安全的因素。3.3 11C-Fethypride的生物学分布实验:脂溶性测定:在p H=7.0和p H=7.4的磷酸盐缓冲液中,显像剂11C-Fethypride的脂水分配系数分别为2.3和2.1。说明11C-Fethypride脂溶性大,有利于通过血脑屏障进入脑组织。急性毒性实验:三个不同浓度实验组小鼠健康状态与对照组无显着性差异。最大剂量组小鼠肝脏、肾脏HE染色病理切片均未见明显改变;小鼠的最大注射剂量相当于人用注射剂量的500倍,表明放射性标记物11C-Fethypride毒性作用较小,安全可用。11C-Fethypride在大鼠主要脏器生物学分布:注射放射性药物5 min后大鼠体内放射性分布即可达到高峰,随后快速下降,给药后60 min时各脏器内放射性摄取均有显着下降。药物主要分布在肝脏、肾脏且清除速率较慢,说明11C-Fethypride通过肝脏代谢,肾脏排泄,符合苯甲酰胺类化合物的代谢和排泄途径。11C-Fethypride在脑中摄取与排泄有相对“快进慢出”的特点。11C-Fethypride在大鼠脑组织生物学分布实验:大鼠各脑区均有较多的放射性分布,其中纹状体放射性分布最为显着,海马次之。说明11C-Fethypride能与纹状体中的多巴胺受体特异性结合,且亲和力高。3.4 11C-Fethypride药代动力学实验:权重1/cc时AIC值-15.36为最小,拟合优度0.1087为最小,回归系数平方为1,根据AIC最小,R2最大原则,判定拟合结果为二室模型。11C-Fethypride分布半衰期T1/2alpha为1.453±0.312 min,消除半衰期T1/2beta为25.245±3.892min,表观分布容积V（c）为0.403±0.064 m L/mg,药物清除率CL（s）为0.072±0.030m L/min/mg,说明11C-Fethypride体内分布迅速,消除较快,在体内的分布与消除为一级线性动力学过程。3.5帕金森氏病大鼠PET/CT扫描:旋转杆测试结果提示:MPTP处理组和阴性对照组在运动平衡能力上有显着性差异（P<0.05）,提示MPTP处理组帕金森氏病大鼠建模成功。PET/CT扫描显示:11C-Fethypride在体内迅速吸收,主要在脑、肝脏、肾脏摄取较多,体内有快速清除的特点,并再次验证了肝脏、肾脏为11C-Fethypride的主要代谢及排泄器官。11C-Fethypride通过血脑屏障迅速进入脑组织,在纹状体位置有特异性摄取,清除速率较慢。说明放射性显像剂11C-Fethypride可以与纹状体中的多巴胺受体特异性结合。3.6帕金森氏病大鼠生物学研究与PET/CT相关性研究:帕金森氏病大鼠LncRNA HOTAIR表达与PET/CT显像相关性研究:q RT-PCR结果提示帕金森氏病大鼠中脑细胞LncRNA HOTAIR表达明显高于正常组;CCK-8试验结果示HOTAIR明显降低细胞增殖能力;流式细胞试验结果表明HOTAIR过表达会增加细胞凋亡。以上结果提示LncRNA HOTAIR通过基因调控在帕金森氏病的发病、进展中起到一定的作用,符合11C-Fethypride PET/CT显像结果,反映了11C-Fethypride在一定程度上可以很好的揭示帕金森氏病潜在的（病理）生理机制以及其与分子靶点之间的相互作用。PET/CT显像对红曲霉素治疗帕金森氏病大鼠的疗效评价研究:PD对照组TH+细胞数量明显少于正常大鼠;而PD治疗组TH+细胞数量明显多于PD对照组,接近正常大鼠数量,提示红曲霉素对酪氨酸羟化酶起到保护作用,继而对帕金森氏病有一定的疗效。PD对照组大鼠纹状体区域对11C-Fethypride摄取略低,PD治疗组大鼠纹状体区域对11C-Fethypride摄取增高,提示治疗组纹状体区域病变较对照组明显有改善,再次证明了红曲霉素对帕金森氏病有一定的疗效,也明确了我们自主研发的11C-Fethypride可以很好的与多巴胺受体结合,用无创的方法对帕金森氏病治疗药物进行疗效评价。4.结论4.1以香草酸甲酯为原料,经4步常规反应,并对每步产物进行核磁共振和高分辨质谱表征分析,成功合成11C-Fethypride前体化合物3-allyl-N-（（1-ethylpyrrolidin-2-yl）methyl）-4-hydroxy-5-methoxybenzamide。4.2使用碳-11多功能合成模块,成功标记放射性11C-,合成正电子放射性药物11C-Fethypride,质量控制实验表明其安全、合格。4.3正电子放射性药物11C-Fethypride脂溶性强,能快速通过血脑屏障,并与相应受体特异性结合;该放射性药物稳定、对动物毒性作用小,适合应用于临床静脉注射。4.4正电子放射性药物11C-Fethypride能与纹状体中多巴胺受体特异性结合,亲和力高,清除速率较慢,是理想的帕金森氏病特异性显像剂。4.5正电子放射性药物11C-Fethypride在大鼠体内的药物动力学过程符合二室模型;主要通过肝脏代谢,肾脏排泄;体内分布迅速,消除较快,分布及消除呈现一级线性动力学过程。4.6 11C-Fethypride在一定程度上可以很好的揭示帕金森氏病潜在的病理生理机制以及其与分子靶点之间的相互作用,用无创的方法对帕金森氏病治疗药物进行疗效评价,是理想的药物筛选平台。本课题完成了正电子放射性药物11C-Fethypride的前体设计、化学合成、放射性标记、质量控制、生物学分布、药代动力学实验、PET/CT扫描及生物学研究等一系列临床前实验工作,为其应用于临床帕金森氏病的诊断奠定了实验基础。
郭冬花[5]（2021）在《11C-胆碱PET/CT对颅内占位性病变良恶性鉴别诊断的价值》文中指出目的:广泛应用的18F-氟代脱氧葡萄糖(18F-FDG)显像剂因在脑组织摄取高,限制了PET在颅内占位性病变的诊断,而11C-胆碱(11C-CHO)在脑组织中摄取本底较低。现为研究11C-胆碱PET/CT对颅内占位性病变良恶性鉴别诊断的价值。方法:选取就诊我院核医学科怀疑有颅内占位性病变的患者29例,入选患者在3 d内同期做18F-FDG及11C-胆碱脑代谢显像,采用定性分析及半定量分析方法,半定量以用靶组织/非靶组织（T/NT）的SUVmax>1作为阳性诊断标准,统计分析两种方法所得的病灶良恶性结果并与病理做对比,统计两种不同诊断方法的诊断效能,并绘制ROC曲线,对比两种方法曲线下面积的大小（AUC值）;另外选取11C-胆碱所得假阳性病例单独进行分析。结果:1、47个病灶中应用18F-FDG和11C-胆碱两种方法所得的良恶性病灶数分别为25和22,9和38,病理所得的良恶性病灶数目分别为13和34;2、11C-胆碱和18F-FDG的灵敏度、特异度分别为100%、50%和69.2%、61.5%;3、18F-FDG SUVmax、11C-胆碱SUVmax曲线下的面积分别为0.93、0.74;4、11C-胆碱假阳性病例4例。结论:11C-胆碱PET/CT对颅内占位性病变的诊断尽管存在一定的假阳性,但其诊断率要高于18F-FDG,在颅内占位良恶性鉴别诊断上具有较好的临床应用价值。
韩勖[6]（2020）在《大豆油份相关性状与脂质代谢物的多维遗传网络研究》文中研究说明大豆（Glycine max L.Merr.）是世界上重要的油料作物。大豆油具有丰富的营养价值,是人类主要的植物食用油的来源。因此,研究大豆的油份性状具有理论与实践意义。目前,大豆种子油份合成的遗传基础已有很多报道,但是大多数集中在性状（或代谢物）与基因间的关系,而油份性状-代谢物-基因的遗传网络关系乃至油份性状-基因-代谢物-非编码RNA的多维遗传网络的关系少有报道。因此,研究大豆种子油份性状及相关代谢物的遗传基础,并剖析油份性状的多维遗传网络关系,将促进大豆油份相关性状的遗传育种改良。针对以上科学问题,本研究结合基因组学、代谢组学、脂质组学和转录组学等多组学分析,构建了大豆油份相关性状、代谢物、脂质、基因、小RNA（micro RNA,miRNA）和基因间长链非编码RNA（long intergenic non-coding RNA,lincRNA）之间的多维遗传网络。首先,以398份大豆重组自交家系（recombinant inbred line,RIL）在武汉（2014年）、鄂州（2015年）和南京（2015年）测定的6个油份相关性状、GC-TOF MS测定的249个代谢物（南京,2016年）和Q Exactive orbitrap测定的214个脂质（南京,2016年）数据及其基因型数据,检测了主效QTL、QTL×环境互作和QTL×QTL互作,以期发掘与种子油份和代谢物相关的候选基因、miRNA和lincRNA。同时,利用高斯图解模型（Gaussian graphical model,GGM）、最小最大凹惩罚（minimax concave penalty,MCP）、绝对偏差的平滑缩减（smoothly clipped absolute deviation,SCAD）分析和t检验,检测了代谢物-脂质、代谢物-代谢物、脂质-脂质、代谢物-性状和脂质-性状间的遗传关系;其次,利用候选基因、miRNA和lincRNA,构建了共表达、内源性竞争RNA（competing endogenous,ce RNA）和蛋白质-蛋白质互作（protein-protein interaction,PPI）网络;最后,将代谢物、性状和基因三者间的遗传关系整合到上述三类网络,构建了多维遗传网络,并发掘枢纽基因、重要代谢物和“管家”脂质,以获得重要的大豆油份相关性状的多维子网络。为验证这些重要子网络,利用5个高油RILs和5个低油RILs代谢物与性状数据集,检测代谢物和性状节点的差异显着性。其主要结果如下:1)利用GGM模型、MCP、SCAD分析和t检验,检测到67对性状-代谢物显着遗传关系,186对性状-脂质、93对代谢物-脂质、551对代谢物-代谢物和885对脂质-脂质的显着遗传相关关系,其中24对性状-代谢物和43对性状-脂质的显着关系在性状平均值和最佳线性无偏预测（best linear unbiased predictions,BLUP）值中重复检测到。2)在三环境和BLUP值的主效QTL检测中,共检测到1,222个与油份相关性状显着关联的QTL,其中至少两种方法和/或两个环境中重复检测到175个稳定QTL,分别包括32个控制棕榈酸、21个控制硬脂酸、23个控制油酸、40个控制亚油酸、38个控制亚麻酸和21个控制油份含量的QTL以及32个多效性QTL。在QTL×环境互作检测中,发现36个显着的环境互作QTL,其中棕榈酸、硬脂酸、油酸、亚油酸、亚麻酸和油份含量的环境互作QTL分别有7、6、7、5、9和2个。在QTL×QTL互作检测中,棕榈酸、硬脂酸、油酸、亚油酸、亚麻酸和油份含量的QTL间互作分别有2、6、2、2、6和1个。利用GCIM、ICIM和多位点GWAS方法检测了398份大豆RIL代谢物/脂质QTL（简称m QTL）,249个代谢物一共定位到1,826个m QTL,214个脂质定位到3,098个m QTL,其中上述三种方法分别定位到674、1,092和1,332个m QTL。所有的m QTL共整合成339个m QTL簇,包括31个脂肪酸m QTL簇、57个磷脂QTL簇和251个甘油酯QTL簇。在这些m QTL簇中,75个与稳定的油份性状相关的主效QTL一致,30个与环境互作QTL一致;112个与Qi等（2018）中的元QTL相一致,包括39个脂肪酸、59个油份含量和46个蛋白质含量的元QTL,这里不同性状间共同的元QTL有28个。3)在175个油份相关性状QTL和339个mQTL簇附近分别鉴定到142个油份合成和326个脂质代谢候选基因,31和44个miRNA,以及494和1,226个lincRNA,其中Gm DGAT1a、Gm OLEO1、Gm PLDα1和Gm PDCT/ROD1等共75个候选基因同时被油份相关性状和代谢物/脂质所检测到,揭示了油份相关性状和代谢物/脂质的相关性。4)根据这些候选基因、miRNA和lincRNA,构建了共表达、ce RNA和PPI共3类网络。共表达网络中有6个关于种子发育不同脂质代谢途径及表达模式的模块和175个枢纽脂质代谢候选基因,包含Gm FBPase、Gm WRI1、Gm LEC1b和Gm FUS3等16个枢纽候选基因的深绿色模块与种子营养物质积累相关。ce RNA网络包含97个酰基脂质代谢基因、57个miRNAs和49个lincRNA之间的转录后调控关系,Gm PLDγ、Gm PLDβ4、Gm SPT和Gm PAH等10个基因为枢纽基因。PPI网络包含了参与5种主要脂质代谢途径的上述6个共表达模块的97个枢纽候选基因;Gm DGAT1a、Gm PDAT1、Gm PLDδ3和Gm LPAAT5等20个PPI枢纽基因展现出“date”特性。5)将代谢物、性状和基因三者间的遗传关系整合到上述三类网络中,构建了包含代谢物、油份相关性状、基因、miRNA和lincRNA的多维遗传网络。通过网络节点的拓扑特征分析,共鉴定到10个重要的油份相关代谢物、23个管家脂质、88个三维和13个四维遗传子网络。在所有子网络中,有53个子网络的大部分节点有分子实验证据支撑,如Gm KAS-油酸性状-TG（18:0/18:1/18:1）子网络;同时,子网络中所有性状节点和61个代谢物/脂质节点在5个高油RILs和5个低油RIL中存在显着差异;本研究与本实验室已发表的大豆油份三维遗传网络中的11个脂质代谢物、18个脂质候选基因和5个性状-基因关系相同。Gm FAD2、Gm DGAT1a、Gm LEC1a和Gm DGAT1c子网络揭示了TAG/DAG与油份相关性状间的遗传基础;Gm LPD1（E3）和Gm KAR子网络揭示了枢纽基因Gm NADP-MDH与脂肪酸间的遗传关系;miR167、miR1513和miR172与其靶基因Gm LEC1a、Gm LEC1b、Gm PLDγ、Gm SPT和Gm KAS揭示了脂质代谢的调控关系和与油份性状的遗传关系。本研究将为脂质代谢调控机制研究和大豆油份改良提供了丰富的信息。
孙宇飞[7]（2020）在《基于PK-PD关联分析研究定志小丸治疗阿尔茨海默病的药效物质基础及作用机制》文中研究表明中药配伍作为中药复方的基本特征,在中药现代化研究中具有重要意义。在中医理论中,配伍是指根据临床情况和药性,将两种或两种以上的中药结合起来,以增强治疗效果,抵消毒副作用。人们似乎普遍认为,中药的协同治疗作用源于中药和/或中药配方中多种生物活性成分之间复杂的相互作用。而中药复方的生物学过程本质上体现为“干预系统（中药复方）-应答系统（生物机体）”的相互作用。一方面,中药复方的化学物质组在生物机体中发生吸收、代谢、分布和排泄（ADME）,药代动力学（pharmacokinetics,PK）研究是明晰中药复方ADME规律的重要手段。另一方面,生物机体受到复方中化学物质的影响产生药效或者毒性作用。生物机体系统受中药复方作用后将会在内源性代谢物组上产生应答。基于代谢组学策略对基因和蛋白功能活动的最下游内源性代谢产物进行研究,可表征生物机体在复方化学物质作用下的整体功能状态的应答。越来越多的研究将代谢组学的生物标志物作为药效动力学（pharmacodynamics,PD）的研究指标,用于从微观分子水平上有效表征中药复方的药/毒效。PK-PD致力于药物的体内过程、药物效应及其两者之间的关联分析,有助于全面系统的解答中药复方药效物质基础和作用机制等科学问题。定志小丸（DZXW）源于孙思邈所着《备急千金要方》,具有多种活性成分。作为一种传统的中药复方,在中医临床上多用于治疗失眠、抑郁、阿尔茨海默病（AD）等病症。其中,AD是一种多病因的疾病,其特征包括胆碱神经元缺失,细胞外Aβ沉积、细胞内神经纤维缠结、神经炎症、氧化过激以及神经递质缺失等。随着分析技术的不断发展,越来越多的研究表明,DZXW可以通过多途径、多靶点治疗AD。因此,本论文建立一系列的分析方法,通过PK-PD关联分析来阐明DZXW治疗AD的药效物质基础及作用机制。1.建立了一种基于超高液相色谱串联质谱（UPLC-MS）的新型拟多反应监测（PMRM）策略,以扩大质谱对无标准品中药成分的定量范围。此方法用于对比分析DZXW复方及其单味药的PK行为。选择人参皂苷、远志皂苷、远志口山酮、远志寡糖脂和茯苓三萜酸作为PK标记物。通过比较DZXW以及单味药中活性成分的平均血药浓度-时间曲线和PK参数来考察中药-中药相互作用机制。定量结果显示,定志小丸复方配伍前后PK行为发生了改变。中药配伍可以提高活性成分的生物利用率,降低潜在的毒副作用,体现了复方配伍的科学性。2.APP/PS1小鼠模型可以模拟人类AD绝大多数的病理特征,被广泛应用于AD的病理研究中。本章采用APP/PS1模型小鼠,从行为学,胆碱能损伤,Aβ蛋白沉积,tau蛋白磷酸化,氧化应激,神经炎症等角度对DZXW治疗AD的疗效和配伍机制进行了研究。结果表明,人参和茯苓在改善学习记忆能力、胆碱能损伤、神经炎症、降低Aβ蛋白沉积及tau蛋白磷酸化等方面都发挥着主要作用,是定志小丸的主要活性药味。远志和石菖蒲主要通过中药配伍后的协同作用促进人参与茯苓两味药的治疗效果。3采用代谢组学方法,结合病理学和靶向代谢组学研究DZXW对APP/PS1小鼠的保护作用。给予DZXW后,Aβ沉积减少,突触密度增加,神经炎症等病理特征得到改善。从粪便中识别出24个与DZXW治疗APP/PS1小鼠相关的潜在生物标记物。它们主要涉及胆汁酸和脂肪酸的代谢。通过对这24种代谢生物标志物进行生物学功能分析,推断DZXW可能通过抑制神经炎症等途径发挥治疗AD的作用。4近期的一些研究表明,肠道菌群的改变与AD的发展密切相关。且胆汁酸（BA）等代谢物在肠道菌群与AD间起着重要的媒介作用。茯苓中的茯苓酸,茯苓新酸B等三萜酸类化合物是治疗AD的主要活性成分,绝大多数活性成分可在粪便和血液中检测到。因此,这些分布在粪便中的活性成分可能是肠道菌群的潜在底物。本研究通过行为学实验、免疫组化（IHC）和16S rRNA测序实验来评价PC对APP/PS1小鼠的多靶点治疗效果。利用靶向代谢组学方法研究了BA代谢谱。进一步验证PC是否可以通过调节脑-肠-菌群轴和多靶点协同调节网络来改善APP/PS1小鼠的病理状态。结果表明,PC给药可以通过抑制α分泌酶和β分泌酶以及改善神经炎症反应和小胶质细胞和星型胶质细胞的吞噬和清除能力来减少Aβ沉积。同时,PC可以在肠道菌群中同时调节益生菌和抑制致病菌,从而逆转BA等代谢物的代谢紊乱来治疗AD。5我们使用三位点微透析结合液相色谱耦合三重四极杆串联质谱仪（MD-UPLC-QQQ-MS）直接检测AD大鼠海马、血浆和肠道中与疗效相关的外源性活性化合物和内源性活性物质,从而建立了一种DZXW治疗AD的PK与PD关联的可视化表征方法。结果表明PK指标与PD指标之间的关系并非呈现了简单的线性相关,而是表现出了复杂的相互关系和PK指标的延迟效应。海马组织和血液中内源性代谢产物的含量变化趋势是高度一致的。人参皂苷PK3（Re）和PK4（Rf）与茯苓三萜PK5（DDTA）和PK6（PAB）的PK指标表现出了调节PD指数的相似机制。而远志口山酮PK1（PIII）和寡糖脂PK2（SA6）的PK指标则可能采用另一种调节机制。人参皂苷和茯苓三萜对内源性标志物的扰动维持时间更长。此方法为阐明DZXW的活性物质及其治疗AD的机制提供了一个新的视角。
甘霖[8]（2020）在《阴虚“上火”的生物组学分析及“上火”的中药干预研究》文中研究说明中医学认为“上火”是在人体受“邪气”侵袭后,引起全身或局部出现一系列以“热证”为表现的症状。根据成因和特点的不同,“上火”被分为“实火”和“虚火”,“虚火”被进一步细分为阴虚“上火”和气虚“上火”。人体阴虚质是一种常见的亚健康状态,临床缺乏客观量化的诊断指标,导致阴虚质不能及时得到治疗,常常发展为“上火”状态。因此应用现代生物学技术揭示阴虚“上火”的生物学本质,寻找生物学标志物,使其得到客观、定量的描述尤为迫切。本研究应用转录组学中的二代测序技术和高效液相色谱-质谱联用的非靶向代谢组学技术分别研究阴虚质、阴虚“上火”和知柏地黄丸治疗阴虚“上火”后血液上清的差异信使核糖核酸（message ribonucleic acid,m RNA）表达谱和差异代谢谱,并对差异表达的m RNA和差异代谢物进行基因本体（Gene Ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）分析,发现功能集中在能量代谢和脂代谢。用实时荧光定量聚合酶链式反应（Real-time Quantitative polymerase chain reaction,QPCR）验证阴虚质受试者和阴虚“上火”受试者的血清m RNA,发现在阴虚“上火”人群血清中线粒体基因编码的还原性辅酶Ⅰ脱氢酶2（mitochondrially encoded nicotinamide adenine dinucleotide dehydrogenase 2,MT-ND2）基因的m RNA存在差异表达,且可以作为从阴虚人群中筛选阴虚“上火”个体的潜在标志物（85.7%的灵敏性和60.0%的特异性）,可以使临床更准确地使用滋阴降火药。我们还发现在阴虚质人群血浆中存在8个差异代谢物、阴虚“上火”人群血浆中存在12个差异代谢物、知柏地黄丸治疗阴虚“上火”后受试者血浆中存在3个差异代谢物,并用接受者操作特征（receiver operating characteristic,ROC）曲线构建诊断模型。甘氨酸、鞘磷脂和异柠檬酸联合可以较好地诊断阴虚质（灵敏性和特异性分别达到了85.3%和80%）,左旋癸酰基肉碱、十二酰基肉碱、磷脂酰胆碱和寡肽（Asp Arg Pro）可以作为诊断阴虚“上火”人群潜在标志物组合（灵敏性和特异性分别为87.8%和81.8%）。在知柏地黄丸治疗阴虚“上火”后,葡萄糖和左旋癸酰基肉碱两个指标呈现治疗后转归趋势,次黄嘌呤呈现差异代谢。阴虚“上火”系列诊断模型的建立,为临床诊断和治疗阴虚“上火”提供了潜在标志物,为中医诊疗的定量化、客观化提供了新的思路。几个世纪以来,穿心莲（Andrographis paniculata,AP）在中国被用来治疗多种疾病,尤其是“实火”引发的炎症,炎症是病原体感染、精神因素及不良生活习惯等多种原因引发的“实火”的共同生物学特征。二萜内酯是穿心莲中发挥主要抗炎作用的化合物。但是,多种穿心莲二萜内酯的抗炎活性及活性结构（比如关键的药效团）还不清楚。在本研究中,对19种二萜内酯进行构效关系分析,研究了其中两个化合物的抗炎作用机制。通过酶联免疫吸附反应（Enzyme Linked Immunosorbent Assay,ELISA）,发现大多数化合物可以降低脂多糖（Lipopolysaccharide,LPS）刺激的RAW 264.7细胞中的肿瘤坏死因子α（Tumor necrosis factor-α,TNF-α）和白细胞介素6（Interleukin-6,IL-6）的水平。通过三维定量构效关系（three dimensional quantitative structure-activity relationship,3D-QSAR）发现了二萜内酯的抗炎药效基团。此外,化合物（AP-1和AP-4）可以抑制LPS显微注射的斑马鱼的炎症反应,以及抑制LPS刺激的RAW 264.7细胞核因子κB（Nuclear factor kappa-B,NF-κB）p65从细胞质到细胞核的转位。本研究从药物化学的角度,对未来穿心莲内酯抗炎作用的结构修饰及药物设计提供了引导,也对穿心莲治疗“实火”进行了进一步地描述。
张志扬[9]（2020）在《胆碱酯酶及α-葡萄糖苷酶抑制剂的结合模式及输运机制的分子动力学研究》文中研究指明酶是由活细胞产生的一类具有催化作用的蛋白质,研究酶和底物的相互作用,不仅有助于了解其催化机理,而且对药物研发以及药物作用机制的研究也具有十分重要的意义。随着各类蛋白质数据库的不断丰富,一些传统的生物实验方法已经难以满足人们对生物酶结构和功能的预测和药物设计的需要。目前,分子动力学（Molecular Dynamics,MD）已经发展成为研究生物酶功能的有效手段,该方法主要根据牛顿力学来模拟分子体系的运动,从分子体系的不同状态构成的系统中抽取样本来计算体系的构型积分,在构型积分的结果的基础上,计算体系的热力学性质和其他宏观性质。本论文主要采用分子动力学模拟,结合MM/GBSA、SMD、RAMD MD、伞形采样等多种方法和技术,对几类酶的底物输运及相关抑制剂作用机制进行理论研究,主要研究内容如下:1:丁酰胆碱酯酶（Butyrylcholinesterase,BCh E）是由肝脏合成的一种非特异性酯酶,在阿兹海默症发病后期对乙酰胆碱水解起着非常关键的作用,是一个潜在的阿兹海默症治疗靶标。他克林是一个经典的药效团,可以同时抑制丁酰胆碱酯酶和乙酰胆碱酯酶,它作为曾经治疗阿兹海默症的有效药物,现在成为相关抑制剂合成的骨架分子。我们采用多种分子动力学模拟方法及技术,对他克林在BCh E中的结合及传输机制进行研究。探索有利于配体结合的关键残基以及一些重要的非共价相互作用,探明他克林释放可能通道,获取其传递机制及热动力学性质,发现传递过程中的“门控机制”,为基于他克林为母核的衍生物的设计提供理论支持。2:乙酰胆碱酯酶（Acetylcholinesterase,ACh E）在生物神经传导中发挥十分关键的作用,该酶能降解胆碱能突触间的乙酰胆碱,停止神经递质对突触后膜的兴奋作用,保证神经信号在生物体内的正常传递。作为一个具有高选择性、可逆性和竞争性乙酰胆碱酯酶抑制剂,氢溴酸加兰他敏是目前临床上治疗轻度至中度阿默症（AD）的有效药物。我们通过MM MD方法,结合伞形采样等多种技术,对加兰他敏在ACh E中的结合模式和释放过程进行了探究,发现影响加兰他敏结合至ACh E的关键残基,获取加兰他敏释放优势通道,并对配体由该通道释放机制及热动力学性质进行探究,进一步分析验证释放过程中的蛋白构象变化和关键残基对释放的影响。该工作不仅有助了解ACh E抑制剂的作用机理,而且对理解ACh E抑制剂传输机制具有重要意义。3:油茶树（Camellia oleifera Abel）是我国的特有工业树种,从油茶的种子或壳中提取的多种油茶多糖已被证实在体内具有抗氧化及抗肿瘤活性,而且油茶多糖对葡萄糖苷酶有抑制作用,可以起到降血糖的作用。油茶多糖可在体内降解为4种二糖分子和2种三糖分子。为了筛选最易作用于葡萄糖苷酶的多糖分子,我们基于油茶多糖降解可能形成的多糖分子,建立六个葡萄糖苷酶与多糖分子复合物模型,获取它们的结合自由能及结合模式。选取酶-二糖和酶-三糖复合物中结合能最强的体系,对其多糖分子输运机制进行计算模拟,探明可能的传递通道,并对最优通道传递机制进行研究,对其热动力学性质进行探讨对比,确定关键残基,筛选最易作用于葡萄糖苷酶的多糖分子形式。我们的期望该部分研究有助于进一步理解多糖与葡糖糖苷酶的作用机理,为葡萄糖苷酶抑制剂的设计开发提供一定的理论指导。
牛逸群[10]（2020）在《张洪春教授治疗支气管哮喘用药探析及网络药理学分析》文中提出目的:对张洪春教授治疗支气管哮喘的中药方剂进行全面数据挖掘,系统分析用药规律,探究处方中的药物特性、高频药物、药物间关系等,得出张洪春教授治疗支气管哮喘的核心处方及经验。建立核心处方药物成分、作用靶点和支气管哮喘的疾病靶点的网络关系,探索张洪春教授治疗支气管哮喘核心处方的关键化合物、靶点及作用机制。方法:研究一:采集张洪春教授治疗支气管哮喘的病历资料,运用中医传承辅助平台,采用频次统计法,得出处方中药的性味、归经频次;采用关联规则分析法得出药物组合使用频次及药物之间的关联规则,得出张洪春教授治疗支气管哮喘的核心处方;采用复杂系统熵聚类的核心组合分析得到新处方。研究二:在数据库中查询核心处方药物成分和作用靶点,与支气管哮喘的疾病靶标取交集,利用Cytoscape 3.7.2软件构建中药-化合物-疾病靶标网络图,经过拓扑性质分析得到初步核心药物、化合物、靶点,随后将核心靶点导入STRING构建PPI网络,得到更为有效的关注基因,随后利用CLUEGO和DAVID对有效基因进行富集分析和KEGG通路分析,得到张洪春教授治疗支气管哮喘的可能关键靶点和作用通路。结果:研究一:本研究纳入病例59人,处方252个。处方药物分四气析结果为温性药物出现频率最高,寒性其次,五味以辛、苦、甘为主,三者比重相当;药物归经主要脏腑为肺、脾、胃、肝;药物频次由高到低排序前6名为:甘草、紫苏、款冬花、黄芩、紫苏子、炙麻黄;将支持度个数设置为150（即支持度=60%）,置信度设置为0.9,得到常用药物组合31个,在剔除含有甘草的关联规则后,出现频度最高的3个药物模式为:紫苏子-紫苏、紫苏-款冬、紫苏-蝉蜕;结合上述药物用量频次分析,得到张洪春教授治疗支气管哮喘的核心处方:炙麻黄10g、款冬花15g、紫苏子15g、紫苏15g、紫菀15g、蝉蜕8g、黄芩15g、牛蒡子10g、茯苓15g、甘草3g;使用无监督熵层次聚类的方法,相关度为8以及惩罚度为2的约束条件,得到疗支气管哮喘新处方:1.炙麻黄、鱼腥草、紫菀、山药、地龙。2.桔梗、石斛、玄参、炒白术、淫羊藿。3.白茅根、橘红、柴胡、补骨脂。4.防风、玄参、柴胡、炙麻黄、紫菀、地龙。5.橘红、牛蒡子、补骨脂、当归、淫羊藿。6.五味子、山茱萸、当归、辛夷、太子参、淫羊藿、牛蒡子。研究二:基于研究一的处方分析结论,提取炙麻黄、款冬花、紫苏、紫苏子、紫菀5味中药用于网络药理学分析,在经过中药系统药理学研究平台（TCMSP）查询,设置OB≥30%及DL≥0.18的筛选机制,得到核心处方药物的有效成分共91种,其中麻黄23种,款冬花22种,紫苏14种,紫苏子16种,紫菀19种;成分对应靶点785个,其中麻黄210个、款冬花166个、紫苏99个、紫苏子126个、紫菀184个;将支气管哮喘病名经Pubmed平台规范化后,在DisGeNET、GeneCards、TTD平台进行靶点查询,三库取并集,得到支气管哮喘相关靶点451个;将化合物靶点和疾病靶点取交集,得到核心靶点53个;使用Cytoscpae 3.7.2软件构建核心药物-成分-疾病靶标的网络可视化模型并进行拓扑性质分析,得到核心最中药为麻黄,排名前3的核心化合物为槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇,排名前3的核心靶点为HSP90AB1、PIK3CG、BCL2L1;将核心靶点导入STRING数据库,进行PPI网络分析,得到排名前3的核心靶点为CXCL8、VEGFA、MAPK1。通过ClueGO得到关注基因的富集基因功能分析,主要分为12大组,包含141个具体功能;使用DAVID工具对关注基因进行pathway分析,得出Estrogen signaling pathway（雌激素信号途径）、Cholinergic synapse（胆碱能突触）和 Progesterone-mediated oocyte maturation（孕酮介导的卵母细胞成熟）是较为关键的通路,其中雌激素信号途径最为重要,而该通路过程中的PI3K-Akt信号通路含有10个关注基因,是张洪春教授治疗支气管哮喘作用机制的预测重要通路之一。结论:张洪春教授治疗支气管哮喘的思路在继承晁恩祥教授经验的基础上,兼顾哮病“风”与“痰”两方面的病因、肺失宣肃与气道痉挛的病机,病位上肺嗌喘痉共治、肺脾子母同调,依据病性用药上寒热并重,辛苦合施,使肺之气机宣降得宜,宣发不至太过耗伤肺气,降气不抑升发祛痰,肺复宣肃,气顺挛解,具有个人的独到特色。在网络药理方面化合物槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇;基因靶点CXCL8、VEGFA、MAPK1;通路Estrogen signaling path way（雌激素信号途径）、Cholinergic synapse（胆碱能突触）和Progesterone-mediated oocyte maturation（孕酮介导的卵母细胞成熟）较为关键,且雌激素信号途径中的PI3K-Akt信号通路与支气管哮喘的主要病理过程（气道慢性炎症、气道高反应性及气道重塑）有着极大的相关性,有理由推测以上数据为张洪春教授治疗支气管哮喘的关键化合物、基因靶点、信号通路。
二、新型胆碱自动合成模块用于临床（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、新型胆碱自动合成模块用于临床（论文提纲范文）
（1）探讨α7nAChR和CISH在大肠杆菌诱发败血症和脑膜炎中的正负调控作用及机制（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 1 细菌性败血症和脑膜炎的现状 |
| 2 抗生素的应用现状和弊端 |
| 3 基于宿主-病原菌相互作用靶点是研发抗感染药物的新策略 |
| 4 CISH对常见感染性疾病的负向调控作用及机制 |
| 5 生物信息学是研究感染性疾病的有效手段 |
| 第一章 应用生物信息学方法分析细菌性败血症和脑膜炎关键差异基因及意义 |
| 第一节 材料和方法 |
| 第二节 结果 |
| 第三节 讨论 |
| 第二章 探究α7nAChR/JAK2/STAT5b在E.coli K1感染细菌性败血症和脑膜炎中的正向调控作用 |
| 第一节 材料和方法 |
| 第二节 结果 |
| 第三节 讨论 |
| 第三章 探究CISH介导信号在E.coli K1感染诱发败血症和脑膜炎中的负向调控作用 |
| 第一节 材料和方法 |
| 第二节 结果 |
| 第三节 讨论 |
| 第四章 基于α7nAChR-CISH轴验证抑制α7nAChR小分子改善细菌性败血症和脑膜炎的作用机制 |
| 第一节 材料和方法 |
| 第二节 结果 |
| 第三节 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 中英文对照词汇 |
| 发表论文 |
| 致谢 |
（2）有机磷酸酯毒性预测及其与AChE作用机理分子模拟（论文提纲范文）
| 缩略语表 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 前言 |
| 1.1 选题依据 |
| 1.2 研究目的和意义 |
| 1.3 国内外研究现状 |
| 1.3.1 有机磷酸酯及其毒性预测 |
| 1.3.2 乙酰胆碱酯酶及其与有机磷酸酯的作用机理 |
| 1.3.3 定量构毒关系毒性预测技术 |
| 1.3.4 酶催化机理分子模拟技术 |
| 1.4 研究内容及整体技术路线 |
| 1.4.1 研究内容 |
| 1.4.2 整体技术路线 |
| 第二章 有机磷酸酯数据库构建及分子描述符计算 |
| 2.1 有机磷酸酯数据收集及数据库系统构建 |
| 2.1.1 有机磷酸酯数据收集及预处理 |
| 2.1.2 有机磷酸酯数据库系统构建 |
| 2.1.3 小结 |
| 2.2 有机磷酸酯分子描述符的计算 |
| 2.2.1 量子化学描述符的计算 |
| 2.2.2 二维分子描述符的计算 |
| 2.2.3 小结 |
| 2.3 本章小结 |
| 第三章 有机磷酸酯的毒性预测 |
| 3.1 大鼠小鼠多给药途径急性毒性预测 |
| 3.1.1 引言 |
| 3.1.2 材料与方法 |
| 3.1.3 结果与讨论 |
| 3.1.4 小结 |
| 3.2 体内口服急性毒性与体外酶抑制活性预测 |
| 3.2.1 引言 |
| 3.2.2 材料与方法 |
| 3.2.3 结果与讨论 |
| 3.2.4 小结 |
| 3.3 基于KNIME平台的QSTR建模流程搭建 |
| 3.3.1 引言 |
| 3.3.2 KNIME数据挖掘平台简介 |
| 3.3.3 QSTR建模流程的搭建 |
| 3.3.4 小结 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 有机磷酸酯与乙酰胆碱酯酶作用机理分子模拟 |
| 4.1 模拟体系选择及初始模型构建 |
| 4.1.1 作用机理分子模拟体系选择 |
| 4.1.2 作用机理分子模拟初始模型准备 |
| 4.1.3 QM/MM MD计算模拟流程构建 |
| 4.2 磷酰化反应机理模拟 |
| 4.2.1 Anatoxin-a(s)不同结构模型及其磷酰化反应过程 |
| 4.2.2 不同有机磷酸酯的磷酰化反应过程 |
| 4.2.3 小结 |
| 4.3 老化反应机理模拟 |
| 4.3.1 老化反应路径探索 |
| 4.3.2 不同有机磷酸酯的老化反应过程 |
| 4.3.3 小结 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 结论与创新点 |
| 5.1.1 结论 |
| 5.1.2 创新点 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录A 各种定量构毒关系模型对应的数据集及预测结果 |
| 附录B 有机磷酸酯与人源乙酰胆碱酯酶复合物的晶体结构 |
| 作者在学期间取得的学术成果 |
| 主要简历 |
| 致谢 |
（3）肠道菌群及循环代谢产物与冠心病严重程度及其不良预后的相关机制研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 中英文对照缩略词 |
| 第一部分 冠心病患者肠道微生物及血清代谢组特征 |
| 引言 |
| 一、材料与方法 |
| 1. 研究方案设计和人口信息学采集 |
| 1.1 冠心病各亚型的定义 |
| 1.2 冠状动脉粥样硬化严重程度测量 |
| 1.3 临床数据收集 |
| 1.4 临床数据的统计分析 |
| 2. 非靶向代谢组学研究 |
| 2.1 样品前处理及液相色谱-质谱串联分析 |
| 2.2 非靶向代谢组数据分析 |
| 2.3 代谢组数据降维聚类方法 |
| 3. 16SrRNA基因测序及分析流程 |
| 3.1 DNA提取和16S rRNA基因V3-V4区域测序 |
| 3.2 测序数据分析 |
| 3.3 使用SparCC生成微生物共丰度簇 |
| 4. Spearman多组学相关性分析 |
| 5. 使用随机森林模型进行特征选择 |
| 二、实验结果 |
| 1. 受试者临床基本信息 |
| 2. 探索不同严重程度冠心病患者血清非靶向代谢组学特征的变化 |
| 3. 冠心病各亚型患者之间肠道菌群的结构及组成变化 |
| 4. 通过多组学分析揭示冠心病患者中肠道菌群与血清代谢物关系 |
| 5. 基于前期发现的微生物及相关代谢产物在另一独立队列中验证其诊断效能 |
| 三、讨论 |
| 四、结论 |
| 第二部分 冠心病患者肠道菌群影响无菌小鼠代谢稳态和血管功能 |
| 引言 |
| 一、材料与方法 |
| 1. 动物和饮食 |
| 2. 粪便的收集和移植方法 |
| 3. 小鼠血清和肝脏组织脂质检测 |
| 4. 酶联免疫吸附测定相关实验(ELISA) |
| 5. 使用UPLC-MS/MS方法定量分析胆汁酸代谢物水平 |
| 5.1 代谢物提取 |
| 5.2 标准溶液配制 |
| 5.3 上机检测 |
| 5.4 标准曲线 |
| 5.5 方法检出限及定量限 |
| 6. 宏基因组学数据分析 |
| 6.1 微生物DNA提取和宏基因组测序 |
| 6.2 De novo非冗余宏基因组基因目录构建 |
| 6.3 功能和物种分类注释 |
| 6.4 多样性分析 |
| 7. 总RNA的提取和定量逆转录PCR (RT-qPCR)分析 |
| 8. 转录组测序 |
| 9. 小鼠脾脏细胞和肠道固有层淋巴细胞(LPLs)悬液制备 |
| 9.1 小鼠脾脏细胞悬液制备 |
| 9.2 小鼠小肠固有层淋巴细胞提取 |
| 9.3 细胞计数 |
| 10. 流式细胞术 |
| 10.1 流式细胞术样品染色及制备 |
| 10.2 流式细胞仪标本检测 |
| 11.脉搏波传导速度测量 |
| 12. 免疫组化和活性氧的检测 |
| 13. 统计分析 |
| 二、实验结果 |
| 1. 冠心病相关微生物移植引起小鼠胆固醇代谢紊乱 |
| 2. 冠心病患者的粪便微生物移植导致小鼠动脉僵硬和血管功能障碍 |
| 3. 冠心病患者的微生物移植导致无菌小鼠胆汁酸代谢紊乱 |
| 4. 冠心病患者的肠道菌群具有继发性胆汁酸生物转化潜能 |
| 5. 冠心病患者的肠道微生物群可促进系统性和肠道免疫激活 |
| 三、讨论 |
| 四、结论 |
| 第三部分 探索与不良心血管疾病预后相关的肠菌标记物 |
| 引言 |
| 一、材料与方法 |
| 1. 人群研究 |
| 1.1 基线队列 |
| 1.2 随访和不良心血管结局定义 |
| 2. 肠道菌群宏基因组分析 |
| 2.1 DNA提取和文库构建 |
| 2.2 元基因组测序和数据质量控制 |
| 2.3 元基因组组装和分箱 |
| 2.4 PcoA多样性分析 |
| 2.5 使用SparCC生成MAG的共丰度组CAG(co-abundance groups) |
| 2.6 De novo进行非冗余宏基因组目录构建和基因丰度计算 |
| 2.7 功能注释 |
| 2.8 微生物KEGG代谢功能模块与冠心病表型进行关联分析 |
| 2.9 寻找驱动微生物KEGG代谢模块功能的driver CAG (Leave-one outanlysis) |
| 2.10 随机生存森林分析 |
| 3. 血清代谢组学分析 |
| 3.1 血清非靶向代谢组数据处理 |
| 3.2 靶向色氨酸代谢通路定量分析 |
| 4. 伪无菌SPF ApoE-/-小鼠实验 |
| 4.1 抗生素处理建立伪无菌动物模型和造模饮食 |
| 4.2 粪菌移植 |
| 4.3 受体小鼠和供体受试者粪便16S rRNA测序 |
| 4.4 小鼠生化指标、LPS和炎性因子检测 |
| 4.5 小鼠主动脉和结肠组织免疫组化分析(IHC) |
| 4.6 小鼠结肠Western Blotting |
| 4.7 小鼠主动脉转录组分析 |
| 5. 无菌ApoE-/-小鼠模型建立和实验 |
| 5.1 悉生ApoE-/-小鼠培育 |
| 5.2 流式细胞术单细胞悬液制备 |
| 5.3 流式细胞术策略 |
| 6. 单菌定植和血栓表型实验 |
| 6.1 B. thetaiotaomicron单菌灌胃无菌小鼠的干预研究 |
| 6.2 颈动脉FeCl_3损伤血栓模型 |
| 6.3 血小板悬液的制备 |
| 6.4 通过流式细胞术检测体外血小板活化 |
| 6.5 血小板粘附实验 |
| 7. 统计分析 |
| 二、实验结果 |
| 1. 基线期PUMCH-CAD队列的临床特征 |
| 2. 微生物的多样性和组成与冠心病的严重程度密切相关 |
| 3. 综合血清代谢组学、肠道微生物组与冠心病严重性指标之间的多重相关性分析 |
| 4. 冠心病相关微生物定植能够通过LPS-TLR4介导的炎症途径引起动脉粥样硬化斑块形成 |
| 5. 肠道微生物预后标记物与主要不良心血管事件的关联 |
| 6. 心血管预后标志物B.thetaiotaomicron具有增强血栓形成的潜力 |
| 三、讨论 |
| 四、结论 |
| 参考文献 |
| 结束语 |
| 文献综述 肠道菌群干预治疗为代谢综合征疾病提供新的机遇 |
| 代谢综合征定义 |
| 代谢综合征相关的肠道菌群研究 |
| 靶向新型益生菌的干预措施 |
| 益生元一来源和应用 |
| 个性化的益生菌和益生元 |
| 粪便菌群移植纠正代谢紊乱 |
| 未来发展方向 |
| 参考文献 |
| 攻读博士期间发表文章 |
| 致谢 |
（4）正电子显像剂11C-Fethypride化学合成、放射性标记及在帕金森氏病的应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 正电子放射性药物 |
| 1.2.1 正电子核素 |
| 1.2.2 正电子核素的特点 |
| 1.2.3 正电子核素种类 |
| 1.2.4 正电子放射性药物特点及分类 |
| 1.3 正电子放射性药物的合成 |
| 1.3.1 前体化合物的设计 |
| 1.3.2 前体化合物的合成 |
| 1.3.3 放射性标记 |
| 1.4 正电子发射断层显像(PET/CT) |
| 1.4.1 PET/CT的成像原理 |
| 1.4.2 PET/CT的临床应用 |
| 1.5 正电子放射性药物在帕金森氏病的应用 |
| 1.5.1 帕金森氏病(Parkinson's disease,PD) |
| 1.5.2 诊断帕金森氏病的正电子显像剂 |
| 1.6 立题依据 |
| 第二章 ~(11)C-Fethypride前体化合物的合成 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验部分 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 methyl 4-(allyloxy)-3-methoxybenzoate(1)的合成 |
| 2.2.3 methyl 3-allyl-4-hydroxy-5-methoxybenzoate (2)的合成 |
| 2.2.4 3-allyl-4-hydroxy-5-methoxybenzoic acid (3)的合成 |
| 2.2.5 3-allyl-N-((1-ethylpyrrolidin-2-yl)methyl)-4-hydroxy-5-methoxybenzamide(4)的合成 |
| 2.2.6 (S)-3-allyl-N-((1-ethylpyrrolidin-2-yl)methyl)-4, 5-dimethoxybenzamide(5)的合成 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 ~(11)C-Fethypride放射性标记和质量控制 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验部分 |
| 3.2.1 实验材料 |
| 3.2.2 放射性标记方法 |
| 3.2.3 ~(11)C-Fethypride放射性合成因素分析 |
| 3.2.4 ~(11)C-Fethypride质量控制(Quality Control)方法 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 放射性标记 |
| 3.3.2 ~(11)C-Fethypride放射性合成因素分析 |
| 3.3.3 生物学鉴定 |
| 3.3.4 讨论 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 ~(11)C-Fethypride的生物学分布和药代动力学 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验部分 |
| 4.2.1 实验材料 |
| 4.2.2 ~(11)C-Fethypride脂溶性测定 |
| 4.2.3 急性毒性实验 |
| 4.2.4 ~(11)C-Fethypride在大鼠体内的生物学分布 |
| 4.2.5 ~(11)C-Fethypride在大鼠脑组织生物学分布 |
| 4.2.6 ~(11)C-Fethypride药代动力学实验 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 ~(11)C-Fethypride脂溶性测定 |
| 4.3.2 急性毒性实验 |
| 4.3.3 ~(11)C-Fethypride在大鼠体内的生物学分布 |
| 4.3.4 ~(11)C-Fethypride在大鼠脑组织的生物学分布 |
| 4.3.5 ~(11)C-Fethypride药代动力学 |
| 4.3.6 讨论 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 帕金森氏病大鼠模型PET/CT显像与生物学研究 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 实验部分 |
| 5.2.1 实验材料 |
| 5.2.2 帕金森氏病大鼠模型的建立 |
| 5.2.3 PET/CT扫描 |
| 5.2.4 帕金森氏病大鼠LncRNA HOTAIR表达与PET/CT显像相关性研究 |
| 5.2.5 PET/CT显像对红曲霉素治疗帕金森氏病大鼠的疗效评价研究 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 帕金森氏病大鼠建模结果 |
| 5.3.2 PET/CT扫描结果 |
| 5.3.3 帕金森氏病大鼠LncRNA HOTAIR表达与PET/CT显像相关性研究 |
| 5.3.4 PET/CT显像对红曲霉素治疗帕金森氏病大鼠的疗效评价研究 |
| 5.3.5 讨论 |
| 5.4 本章小结 |
| 第六章 结论 |
| 参考文献 |
| 作者简介及在学期间发表文章 |
| 致谢 |
（5）11C-胆碱PET/CT对颅内占位性病变良恶性鉴别诊断的价值（论文提纲范文）
| 中英文缩略词对照表 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 研究内容与方法 |
| 1 研究对象 |
| 2 内容与方法 |
| 2.1 显像剂的合成和质量控制 |
| 2.2 ~(18)F-FDG和 ~(11)C-CHO的显像原理 |
| 2.3 ~(18)F-FDG及 ~(11)C-胆碱PET/CT显像方法 |
| 2.4 图像处理 |
| 3 技术路线图 |
| 4 质量控制 |
| 4.1 纳入标准 |
| 4.2 排除标准 |
| 4.3 制药与成像控制 |
| 5 统计学分析 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 小结 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 综述 ~(11)C-胆碱PET/CT在脑肿瘤诊断及疗效评价中的应用进展 |
| 参考文献 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 |
| 新疆医科大学硕士研究生学位论文导师评阅意见表 |
（6）大豆油份相关性状与脂质代谢物的多维遗传网络研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 缩略词表 |
| 1 前言 |
| 1.1 研究问题的由来 |
| 1.2 油料作物种子油份相关性状、脂质代谢物及其重要性 |
| 1.2.1 油料作物种子油份相关性状及其重要性 |
| 1.2.2 油料作物种子脂质代谢物及其重要性 |
| 1.3 油料作物种子油份相关性状的遗传研究进展 |
| 1.3.1 油料作物种子油份相关性状的遗传研究进展 |
| 1.3.2 油料作物种子油份相关性状的代谢途径 |
| 1.3.3 大豆种子油份相关性状的遗传研究进展 |
| 1.3.4 植物数量性状和代谢物遗传关系的研究进展 |
| 1.4 植物代谢组学和脂质组学的研究进展 |
| 1.4.1 代谢组学和脂质组学的概念及其重要性 |
| 1.4.2 代谢组学的研究方法 |
| 1.4.3 脂质组学的研究方法 |
| 1.4.4 植物脂质代谢的研究进展 |
| 1.4.4.1 植物甘油酯的代谢途径 |
| 1.4.4.2 植物磷脂的代谢途径 |
| 1.4.4.3 植物脂质酰基流的代谢途径 |
| 1.4.4.4 植物脂质代谢的遗传学研究进展 |
| 1.4.5 大豆代谢组学和脂质组学的研究进展 |
| 1.5 植物数量性状QTL定位和GWAS的研究进展 |
| 1.5.1 QTL定位及其重要性 |
| 1.5.2 QTL定位的方法与软件包 |
| 1.5.2.1 主效QTL定位 |
| 1.5.2.2 QTL×环境互作定位 |
| 1.5.2.3 QTL×QTL上位性互作检测 |
| 1.5.2.4 QTL定位的常用软件包 |
| 1.5.3 GWAS及其重要性 |
| 1.5.4 GWAS的方法与软件包 |
| 1.5.5 植物重要性状QTL定位和GWAS的研究进展 |
| 1.5.6 大豆油份相关性状QTL定位和GWAS的研究进展 |
| 1.6 植物重要性状非编码RNA的研究进展 |
| 1.6.1 非编码RNA的种类 |
| 1.6.2 植物重要性状miRNA的研究进展 |
| 1.6.3 植物重要性状lncRNA的研究进展 |
| 1.6.4 大豆非编码RNA的研究进展 |
| 1.7 植物复杂网络的研究进展 |
| 1.7.1 复杂网络的概念及重要性 |
| 1.7.2 复杂网络重要节点的鉴定 |
| 1.7.3 基因共表达网络的研究进展 |
| 1.7.3.1 基因共表达网络及其构建方法 |
| 1.7.3.2 植物基因共表达网络的研究进展 |
| 1.7.4 蛋白质互作网络的研究进展 |
| 1.7.4.1 蛋白质互作网络及其构建方法 |
| 1.7.4.2 植物蛋白质互作网络的研究进展 |
| 1.7.5 植物内源性竞争RNA网络的研究进展 |
| 1.7.6 大豆复杂网络的研究进展 |
| 1.8 本研究的意义、目的及主要内容 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 大豆材料来源 |
| 2.2 大豆种子油份相关性状的测定 |
| 2.3 大豆种子代谢物的GC-TOF MS测定 |
| 2.3.1 化学试剂 |
| 2.3.2 所用主要仪器 |
| 2.3.3 代谢物萃取 |
| 2.3.4 代谢物衍生化 |
| 2.3.5 代谢物种类及其含量的确定 |
| 2.4 大豆种子脂质Q Exactive orbitrap的测定 |
| 2.4.1 化学试剂 |
| 2.4.2 仪器条件和参数 |
| 2.4.3 脂质萃取 |
| 2.4.4 上机检测 |
| 2.4.5 脂质种类及其含量的确定 |
| 2.5 代谢物、脂质与油份相关性状间的相关分析 |
| 2.5.1 代谢物与脂质的相关分析 |
| 2.5.2 代谢物/脂质与油份相关性状间的相关分析 |
| 2.5.3 代谢物间的遗传相关分析 |
| 2.6 QTL定位与候选基因鉴定 |
| 2.6.1 主效QTL、环境互作和上位性的检测 |
| 2.6.2 mQTL定位 |
| 2.6.3 mQTL簇合并 |
| 2.6.4 候选基因、miRNA和 lincRNA鉴定 |
| 2.7 候选基因及非编码RNA的网络构建 |
| 2.7.1 加权基因共表达网络构建与分析 |
| 2.7.2 竞争性内源RNA(ceRNA)互作网络构建与分析 |
| 2.7.3 蛋白质互作网络构建与拓扑特征分析 |
| 2.8 3D和4D子网络性状和代谢物节点在5 种高油和5 种低油RILs的差异显着性检验 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 大豆种子油份相关性状的描述性统计学分析 |
| 3.2 大豆种子代谢物及脂质的描述性统计学分析 |
| 3.2.1 大豆种子代谢物的分布特征 |
| 3.2.2 大豆种子脂质的分布特征 |
| 3.3 398份大豆RILs代谢物与脂质的遗传关系 |
| 3.4 398份大豆RILs油份相关性状与代谢物/脂质的遗传关系 |
| 3.5 398份大豆RILs油份相关性状各种QTL检测及其候选基因 |
| 3.5.1 大豆油份相关性状的主效QTL检测及其候选基因 |
| 3.5.2 大豆油份相关性状的QTL×环境互作检测及其候选基因 |
| 3.5.3 大豆油份相关性状的QTL×QTL互作检测及其候选基因 |
| 3.5.4 大豆油份性状相关的非编码RNA |
| 3.6 398份大豆RILs代谢物及脂质的QTL定位、候选基因和初级代谢网络 |
| 3.6.1 代谢物和脂质的mQTL定位 |
| 3.6.2 大豆代谢物和脂质性状相关的非编码RNA |
| 3.6.3 大豆代谢物和脂质的初级代谢网络 |
| 3.7 大豆油份相关性状候选基因、转录因子、miRNA和 lincRNA复杂网络构建 |
| 3.7.1 6个共表达网络模块和175个枢纽候选基因 |
| 3.7.2 基于候选基因、miRNA和lincRNA的 ceRNA互作网络构建 |
| 3.7.3 蛋白质互作网络构建与分析 |
| 3.8 大豆油份相关性状、代谢物、脂质、候选基因和miRNA的多维遗传网络构建 |
| 3.8.1 与大豆油份性状关联的重要代谢物和“管家”脂质 |
| 3.8.2 基因-非编码RNA-代谢物及脂质-油份相关性状三维和四维遗传网络及其验证 |
| 4 讨论 |
| 4.1 本研究的主要进展 |
| 4.2 大豆油份相关性状与代谢物相关性的遗传基础解析 |
| 4.3 Gm FAD2、Gm DGAT1a、Gm LEC1a和 Gm DGAT1c构成的子网络揭示了TAG/DAG与油份相关性状的遗传关系 |
| 4.4 Gm LPD1(E3)和Gm KAR构成的三维回路子网络揭示了枢纽基因Gm NADP-MDH与脂肪酸相关性状的遗传关系 |
| 4.5 miR167的ceRNA子网络揭示了其对脂质和油份性状转录因子的调控 |
| 4.6 miR1513、miR172和miR169的ceRNA子网络揭示了其对脂质和油份性状基因的调控 |
| 4.7 展望 |
| 5 全文结论与创新点 |
| 5.1 主要结论 |
| 5.2 创新点 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读博士学位期间发表及待发表的论文 |
（7）基于PK-PD关联分析研究定志小丸治疗阿尔茨海默病的药效物质基础及作用机制（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第1章 引言 |
| 1.1 阿尔茨海默病 |
| 1.1.1 阿尔茨海默病概述 |
| 1.1.2 阿尔茨海默病发病机制 |
| 1.1.3 阿尔茨海默病常用模型研究 |
| 1.2 定志小丸及其单味药研究进展 |
| 1.2.1 人参 |
| 1.2.2 远志 |
| 1.2.3 茯苓 |
| 1.2.4 石菖蒲 |
| 1.3 质谱及其联用技术 |
| 1.3.1 UPLC-Q-TOF-MS |
| 1.3.2 UPLC-TQ-MS |
| 1.4 药代动力学研究 |
| 1.5 代谢组学 |
| 1.5.1 代谢组学概论 |
| 1.5.2 代谢组学研究方法 |
| 1.5.3 代谢组学在中医药研究中的应用 |
| 1.6 PK-PD关联研究 |
| 1.7 本论文研究目的及内容 |
| 第2章 定志小丸及其单味药的药代动力学研究 |
| 2.1 介绍 |
| 2.2 实验 |
| 2.2.1 试剂 |
| 2.2.2 中药提取物制备 |
| 2.2.3 血浆样品和标准溶液制备 |
| 2.2.4 液相色谱与质谱 |
| 2.2.5 PK研究 |
| 2.2.6 方法验证 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 方法验证 |
| 2.3.2 样品前处理 |
| 2.3.3 LC条件优化 |
| 2.3.4 MRM参数优 |
| 2.3.5 PK研究 |
| 2.4 小结 |
| 第3章 基于APP/PS1小鼠模型研究定志小丸治疗阿尔茨海默病的作用机制及配伍机制 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验 |
| 3.2.1 试剂 |
| 3.2.2 中药提取物 |
| 3.2.3 动物实验 |
| 3.2.4 行为学实验 |
| 3.2.5 苏木精伊红(Hematoxylin and eosin,HE)染色 |
| 3.2.6 免疫组化（IHC)实验 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 行为学实验 |
| 3.3.2 乙酰胆碱酯酶(AChE) |
| 3.3.3 Aβ蛋白 |
| 3.3.4 Tau蛋白沉积 |
| 3.3.5 HE染色 |
| 3.3.6 氧化应激 |
| 3.3.7 神经炎症 |
| 3.4 结论 |
| 第4章 定志小丸治疗阿尔茨海默病的代谢组学研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 定志小丸提取物制备 |
| 4.2.2 APP/PS1小鼠 |
| 4.2.3 动物实验 |
| 4.2.4 样品前处理 |
| 4.2.5 LC-MS |
| 4.2.6 统计学分析 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 DZXW治疗APP/PS1小鼠的免疫组化检测 |
| 4.3.2 DZXW治疗APP/PS1小鼠的非靶向代谢组学研究 |
| 4.3.3 DZXW治疗APP/PS1小鼠的靶向代谢组学研究 |
| 4.3.4 DZXW抑制APP/PS1小鼠炎症反应 |
| 4.4 讨论 |
| 第5章 茯苓可通过调节脑-肠-菌群轴改善APP/PS1小鼠的认知功能障碍 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 方法 |
| 5.2.1 试剂 |
| 5.2.2 茯苓提取物制备 |
| 5.2.3 APP/PSA小鼠 |
| 5.2.4 行为学实验 |
| 5.2.5 组织病理学检查 |
| 5.2.6 脑酶联免疫吸附试验(enzyme-linked immunosorbent assay, ELISA) |
| 5.2.7 BAs定量分析 |
| 5.2.8 16S rRNA测序实验 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 PC可以改善APP/PS1小鼠的认知障碍 |
| 5.3.2 PC通过减少APP异常的蛋白裂解,减少APP/PS1小鼠过度的A β沉积 |
| 5.3.3 PC通过恢复小胶质细胞和星形胶质细胞的吞噬能力,减少APP/PS1小鼠过度的Aβ沉积 |
| 5.3.4 PC可改善神经元丢失和突触功能障碍 |
| 5.3.5 PC逆转APP/PS1小鼠的异常肠道菌群组成 |
| 5.3.6 PC改善了APP/PS1小鼠的BA代谢紊乱 |
| 5.4 小结 |
| 第6章 定志小丸治疗阿尔茨海默病的药动学和药效学关联分析 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 实验 |
| 6.2.1 目标待测物的确定 |
| 6.2.2 试剂 |
| 6.2.3 仪器设备 |
| 6.2.4 标准溶液配制 |
| 6.2.5 微透析探针的体外回收率 |
| 6.2.6 Aβ25-35诱导AD大鼠模型的建立 |
| 6.2.7 样品的采集与处理 |
| 6.2.8 色谱质谱条件 |
| 6.2.9 数据处理 |
| 6.3 结果与讨论 |
| 6.3.1 质谱色谱条件的优化 |
| 6.3.2 探针回收率 |
| 6.3.3 方法学验证 |
| 6.3.4 PK分析 |
| 6.3.5 PD分析 |
| 6.3.6 PK-PD关联分析 |
| 6.4 小结 |
| 第7章 结论 |
| 1 定志小丸及其单味药的比较药代动力学研究 |
| 2 定志小丸治疗阿尔茨海默病的作用机制及配伍机制 |
| 3 定志小丸治疗阿尔茨海默病的代谢组学研究 |
| 4 茯苓可通过调节脑-肠-菌群轴改善APP/PS1小鼠的认知功能障碍 |
| 5 定志小丸治疗阿尔茨海默病的药动学和药效学关联分析 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 |
（8）阴虚“上火”的生物组学分析及“上火”的中药干预研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 绪论 |
| 1 引言 |
| 2 “上火”的研究现状及进展 |
| 3 清热药穿心莲中二萜内酯的研究现状及进展 |
| 4 生物学标志物研究与应用概述 |
| 4.1 生物标志物定义 |
| 4.2 生物标志物分类 |
| 4.3 有效生物标志物 |
| 4.4 生物标志物的类型 |
| 5 中医证候的组学研究进展 |
| 6 定量构效关系概述 |
| 第一部分 阴虚“上火”的生物组学分析 |
| 第一章 阴虚质的生物标志物筛选 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 材料与方法 |
| 1.2.1 材料 |
| 1.2.2 设备 |
| 1.2.3 试剂 |
| 1.2.4 分离血液上清 |
| 1.2.5 高效液相色谱联用质谱检测血浆分子代谢物 |
| 1.2.5.1 血浆代谢物提取 |
| 1.2.5.2 数据采集 |
| 1.2.6 数据处理与分析 |
| 1.2.6.1 谱图检查 |
| 1.2.6.2 数据预处理 |
| 1.2.6.3 主成分分析 |
| 1.2.6.4 偏最小二乘法-判别分析 |
| 1.2.6.5 差异代谢物筛选和鉴定 |
| 1.2.6.6 代谢通路分析 |
| 1.2.6.7 差异代谢物ROC曲线评价 |
| 1.2.6.8 多元逻辑回归分析 |
| 1.2.7 二代测序测序检测血清mRNA |
| 1.2.7.1 样本池的构建 |
| 1.2.7.2 用于建立文库的总RNA样本的制备 |
| 1.2.7.3 文库的构建 |
| 1.2.7.4 高通量测序 |
| 1.2.7.5 生物信息学分析 |
| 1.3 结果 |
| 1.3.1 临床样本基本信息 |
| 1.3.2 检测系统稳定 |
| 1.3.3 阴虚质组和平和质组区分充分 |
| 1.3.4 能量代谢相关的8个差异代谢物 |
| 1.3.5 寡肽(Arg Gln Ser)可以单独诊断阴虚质 |
| 1.3.6 甘氨酸、鞘磷脂和异柠檬酸可以联合诊断阴虚质 |
| 1.3.7 阴虚质组和平和质组间血清mRNA转录变化 |
| 1.3.8 差异基因生物信息学分析 |
| 1.4 讨论 |
| 1.5 本章小结 |
| 第二章 阴虚“上火”生物学标志物的筛选 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 材料 |
| 2.2.2 设备 |
| 2.2.3 试剂 |
| 2.2.4 分离血液上清 |
| 2.2.5 高效液相色谱联用质谱检测血浆分子代谢物 |
| 2.2.5.1 血浆代谢物提取 |
| 2.2.5.2 数据采集 |
| 2.2.6 代谢组学数据处理与分析 |
| 2.2.6.1 谱图检查 |
| 2.2.6.2 数据预处理 |
| 2.2.6.3 主成分分析 |
| 2.2.6.4 偏最小二乘法-判别分析 |
| 2.2.6.5 差异代谢物筛选和鉴定 |
| 2.2.6.6 代谢通路分析 |
| 2.2.7 二代测序测序检测血清mRNA |
| 2.2.7.1 样本池的构建 |
| 2.2.7.2 用于建立文库的总RNA样本的制备 |
| 2.2.7.3 文库的构建 |
| 2.2.7.4 高通量测序 |
| 2.2.7.5 生物信息学分析 |
| 2.2.8 差异代谢物的标志物评价 |
| 2.2.8.1 差异代谢物ROC曲线评价 |
| 2.2.8.2 多元逻辑回归分析 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 液质联用检测系统稳定 |
| 2.3.2 阴虚“上火”组和平和质组区分充分 |
| 2.3.3 差异代谢的12个化合物及其生物信息学分析结果 |
| 2.3.4 左旋癸酰基肉碱和寡肽(Asp Arg Pro)可单独诊断阴虚“上火” |
| 2.3.5 左旋癸酰基肉碱、十二酰基肉碱、磷脂酰胆碱和寡肽(Asp Arg Pro)的联合诊断筛选阴虚“上火”人群 |
| 2.3.6 阴虚“上火”组相较平和质组血清mRNA转录变化 |
| 2.3.7 差异基因生物信息学分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 本章小结 |
| 第二部分 指导知柏地黄丸用药的生物标志物筛选 |
| 第一章 知柏地黄丸适应证标志物的筛选 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 材料与方法 |
| 1.2.1 材料 |
| 1.2.2 设备 |
| 1.2.3 试剂 |
| 1.2.4 分离血清 |
| 1.2.5 二代测序测序检测血清mRNA |
| 1.2.5.1 样本池的构建 |
| 1.2.5.2 用于建立文库的总RNA样本的制备 |
| 1.2.5.3 文库的构建 |
| 1.2.5.4 高通量测序 |
| 1.2.5.5 生物信息学分析 |
| 1.2.6 确定SYBR green实时荧光定量PCR引物和模板理想工作浓度 |
| 1.2.6.1 用于PCR预实验的总RNA样本的制备 |
| 1.2.6.2 cDNA第一链合成 |
| 1.2.6.3 PCR引物合成 |
| 1.2.6.4 QPCR预实验 |
| 1.2.7 SYBR green QPCR分析基因表达 |
| 1.2.7.1 用于PCR的总RNA样本的制备 |
| 1.2.7.2 cDNA第一链合成 |
| 1.2.7.3 QPCR对单个样本的检测 |
| 1.2.7.4 相对定量数据处理 |
| 1.2.8 差异基因的标志物ROC曲线评价 |
| 1.3 结果 |
| 1.3.1 阴虚“上火”组相对阴虚质组血清mRNA转录变化 |
| 1.3.2 差异基因生物信息学分析 |
| 1.3.3 荧光定量PCR检测潜在生物学标志物MT-ND2 转录水平 |
| 1.3.4 MT-ND2基因的转录本可作为从阴虚人群筛选“上火”个体的标志物 |
| 1.4 讨论 |
| 1.5 本章小结 |
| 第二章 知柏地黄丸疗效的生物标志物筛选 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 材料 |
| 2.2.2 设备 |
| 2.2.3 试剂 |
| 2.2.4 分离血液上清 |
| 2.2.5 高效液相色谱联用质谱检测血浆分子代谢物 |
| 2.2.5.1 血浆代谢物提取 |
| 2.2.5.2 数据采集 |
| 2.2.6 代谢组学数据处理与分析 |
| 2.2.6.1 谱图检查 |
| 2.2.6.2 数据预处理 |
| 2.2.6.3 主成分分析 |
| 2.2.6.4 偏最小二乘法-判别分析 |
| 2.2.6.5 差异代谢物筛选和鉴定 |
| 2.2.6.6 代谢通路分析 |
| 2.2.7 二代测序测序检测血清mRNA |
| 2.2.7.1 样本池的构建 |
| 2.2.7.2 用于建立文库的总RNA样本的制备 |
| 2.2.7.3 文库的构建 |
| 2.2.7.4 高通量测序 |
| 2.2.7.5 生物信息学分析 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 液质联用检测系统稳定 |
| 2.3.2 知柏地黄丸治疗组和阴虚“上火”组区分充分 |
| 2.3.3 差异代谢的3个化合物及其生物信息学分析结果 |
| 2.3.4 知柏地黄丸治疗组相较阴虚“上火”组血清mRNA转录变化 |
| 2.3.5 差异基因生物信息学分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 本章小结 |
| 第三部分 实火的穿心莲干预研究 |
| 多种穿心莲二萜内酯的抗炎作用 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 细胞系 |
| 2.1.2 转基因斑马鱼 |
| 2.2 主要设备 |
| 2.3 试剂 |
| 2.3.1 主要试剂配制方法 |
| 2.4 细胞培养 |
| 2.4.1 复苏细胞 |
| 2.4.2 细胞传代 |
| 2.5 细胞活力试验检测二萜内酯细胞毒性 |
| 2.6 酶联免疫吸附实验检测细胞上清液IL-6和TNF-α含量 |
| 2.7 共聚焦显微成像观测细胞中NF-κB的活化 |
| 2.8 3D-QSAR模型的建立 |
| 2.9 斑马鱼的饲养和胚胎的收集 |
| 2.10 LPS诱导的炎症模型和化学治疗 |
| 2.11 斑马鱼幼体的组织病理学检查 |
| 2.12 统计学方法 |
| 3 结果 |
| 3.1 19种二萜内酯体外抗炎作用评价 |
| 3.1.1 10μmol/L的二萜内酯无明显细胞毒性 |
| 3.1.2 二萜内酯预处理的RAW264.7 细胞经LPS诱导后,IL-6 水平的变化 |
| 3.1.3 二萜内酯预处理对LPS诱导的RAW264.7 细胞中TNF-α水平的影响 |
| 3.2 二萜内酯构效关系分析 |
| 3.3 AP-1和AP-4 抑制LPS干预的RAW264.7 细胞中NF-κB的活化 |
| 3.3.1 DAPI染色展示的细胞核形态变化 |
| 3.3.2 NF-κBp65标记后,细胞形态的变化 |
| 3.3.3 NF-κBp65从细胞质到细胞核的迁徙受到抑制 |
| 3.4 AP-1和AP-4在斑马鱼体内的抗炎症作用 |
| 3.4.1 AP-1和AP-4 可以降低注射LPS斑马鱼死亡率 |
| 3.4.2 AP-1和AP-4抑制炎症细胞的浸润 |
| 3.4.3 AP-1和AP-4抑制了中性粒细胞的招募和迁徙 |
| 4 讨论 |
| 5 本章小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读博士学位期间取得的研究成果 |
| 致谢 |
| 附件 |
（9）胆碱酯酶及α-葡萄糖苷酶抑制剂的结合模式及输运机制的分子动力学研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 绪论 |
| 2 计算方法 |
| 2.1 计算机辅助药物设计 |
| 2.2 分子动力学模拟 |
| 2.3 随机加速分子动力学 |
| 2.4 自由能计算 |
| 2.4.1 MM/GBSA |
| 2.4.2 伞型采样 |
| 2.5 分子对接 |
| 3 他克林在丁酰胆碱酯酶(BChE)中的抑制以及释放机制的理论计算 |
| 3.1 研究背景及意义 |
| 3.2 计算方法 |
| 3.2.1 酶-底物复合物模型的构建 |
| 3.2.2 分子力学水平的分子动力学模拟 |
| 3.2.3 MM/GBSA方法计算自由能 |
| 3.2.4 通过RAMD MD方法探究他克林的释放通道 |
| 3.2.5 伞形采样 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 平衡态结构分析 |
| 3.3.2 他克林结合至BChE的关键残基 |
| 3.3.3 RAMD MD探究他克林的释放通道 |
| 3.3.4 伞形采样探究他克林释放过程的热力学动力学性质 |
| 3.4 本章小结 |
| 4 加兰他敏在乙酰胆碱酯酶(AChE)中的结合及释放过程研究 |
| 4.1 研究背景及意义 |
| 4.2 计算方法 |
| 4.2.1 酶-底物复合物体系的构建 |
| 4.2.2 分子动力学模拟 |
| 4.2.3 MM/GBSA |
| 4.2.4 RAMD MD模拟 |
| 4.2.5 伞形采样模拟 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 分子动力学模拟结果分析 |
| 4.3.2 MM/GBSA以及残基能量分解 |
| 4.3.3 加兰他敏可能的输运通道 |
| 4.3.4 P1释放通道的热力学特征和释放机制 |
| 4.4 本章小结 |
| 5 油茶多糖在α-葡萄糖苷酶中的结合,释放过程 |
| 5.1 研究背景 |
| 5.2 计算方法 |
| 5.2.1 分子对接以及体系准备 |
| 5.2.2 分子动力学模拟 |
| 5.2.3 MM/GBSA计算 |
| 5.2.4 随机加速分子动力学 |
| 5.2.5 伞形采样 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 HaGα-葡萄糖苷酶活性位点以及分子对接分析 |
| 5.3.2 分子动力学模拟结果分析 |
| 5.3.3 多糖分子结合模式及能量分解 |
| 5.3.4 二糖与三糖可能的释放通道分析 |
| 5.3.5 多糖沿P1/C1通道释放的热力学特征和释放机制 |
| 5.4 本章小结 |
| 6 全文总结 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 |
| 致谢 |
（10）张洪春教授治疗支气管哮喘用药探析及网络药理学分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 符号说明 |
| 前言 |
| 文献综述 |
| 综述一 支气管哮喘的西医研究概况 |
| 1. 支气管哮喘的西医病因病机 |
| 2. 支气管哮喘诊断分型进展 |
| 3. 支气管哮喘的西医治疗进展 |
| 综述二 支气管哮喘的中医研究概况 |
| 1. 古代医家对支气管哮喘的认识 |
| 2. 近现代医家对支气管哮喘的认识 |
| 3. 晁恩祥教授支气管哮喘辨治特色 |
| 4. 张洪春教授支气管哮喘防治观点 |
| 综述三 数据挖掘技术及网络药理学在中医处方研究中的应用 |
| 1. 数据挖掘在中医处方研究中的应用 |
| 2. 网络药理学在中医处方研究中的应用 |
| 参考文献 |
| 研究一: 基于数据挖掘的张洪春教授治疗支气管哮喘经验总结 |
| 1. 资料与方法 |
| 1.1 病例来源 |
| 1.2 诊断标准 |
| 1.3 病例纳入标准 |
| 1.4 病例排除标准 |
| 1.5 数据挖掘 |
| 2. 结果 |
| 2.1. 病例一般资料 |
| 2.2 药物基本信息分析 |
| 2.3 基于关联规则的组方规律分析 |
| 2.4 核心处方药物用量分析 |
| 2.5 基于复杂系统熵聚类的药物核心组合分析 |
| 3. 讨论 |
| 3.1 病例一般资料 |
| 3.2 药物基本信息分析 |
| 3.3 基于关联规则的组方规律讨论 |
| 3.4 基于无监督熵聚类的新方讨论 |
| 研究二: 基于网络药理的张洪春教授治疗支气管哮喘核心处方机制研究 |
| 1. 资料与方法 |
| 1.1 中药有效成分筛选 |
| 1.2 中药成分靶点预测 |
| 1.3 支气管哮喘相关靶点筛选 |
| 1.4 中药-成分-靶点网络构建 |
| 1.5 核心靶点筛选及网络构建 |
| 1.6 关键靶标功能预测及与富集分析 |
| 2. 结果 |
| 2.1 中药化合物成分分析 |
| 2.2 中药成分靶点预测 |
| 2.3 支气管哮喘靶点的筛选 |
| 2.4 药物-成分-疾病靶标网络构建 |
| 2.5 核心靶点筛选及PPI网络构建 |
| 2.6 靶点生物功能及基因通路富集分析 |
| 3. 讨论 |
| 3.1 中药有效成分分析和靶点预测 |
| 3.2 支气管哮喘相关靶点筛选简述 |
| 3.3 中药-成分-靶点网络关键节点分析 |
| 3.4 核心靶点筛选及PPI网络分析 |
| 3.5 关键靶标功能预测与富集结果分析 |
| 参考文献 |
| 总结 |
| 致谢 |
四、新型胆碱自动合成模块用于临床（论文参考文献）
- [1]探讨α7nAChR和CISH在大肠杆菌诱发败血症和脑膜炎中的正负调控作用及机制[D]. 龚泽龙. 南方医科大学, 2021(02)
- [2]有机磷酸酯毒性预测及其与AChE作用机理分子模拟[D]. 王亮亮. 军事科学院, 2021(02)
- [3]肠道菌群及循环代谢产物与冠心病严重程度及其不良预后的相关机制研究[D]. 刘红宏. 北京协和医学院, 2021(02)
- [4]正电子显像剂11C-Fethypride化学合成、放射性标记及在帕金森氏病的应用[D]. 林秋玉. 吉林大学, 2021(01)
- [5]11C-胆碱PET/CT对颅内占位性病变良恶性鉴别诊断的价值[D]. 郭冬花. 新疆医科大学, 2021(09)
- [6]大豆油份相关性状与脂质代谢物的多维遗传网络研究[D]. 韩勖. 华中农业大学, 2020
- [7]基于PK-PD关联分析研究定志小丸治疗阿尔茨海默病的药效物质基础及作用机制[D]. 孙宇飞. 中国科学技术大学, 2020(01)
- [8]阴虚“上火”的生物组学分析及“上火”的中药干预研究[D]. 甘霖. 华南理工大学, 2020(01)
- [9]胆碱酯酶及α-葡萄糖苷酶抑制剂的结合模式及输运机制的分子动力学研究[D]. 张志扬. 河南大学, 2020(02)
- [10]张洪春教授治疗支气管哮喘用药探析及网络药理学分析[D]. 牛逸群. 北京中医药大学, 2020(04)