一、病原微生物向人类挑战（论文文献综述）
周旭明[1]（2020）在《发展疫源动物融合科学的思考与建议》文中研究说明新型冠状病毒肺炎等大型传染病的全球暴发对人类健康、社会经济、生物安全等造成了严重威胁和危害.动物作为天然的病原微生物储存库,在公共卫生安全预防和治理方面占有举足轻重的地位.然而目前针对其生物学背景的系统性研究却非常匮乏,此时开创疫源动物融合科学具有不可替代的紧迫性和重要性.
刘吉洛[2]（2020）在《重要新发传染病（SFTS和COVID-19等）的流行病学、临床以及病毒基因进化特征》文中进行了进一步梳理研究目的:随着全球气候变化、生态环境改变和人类活动增加,自然界循环的病原体更频繁地向人类生活环境溢出,形成自然疫源性疾病。自然疫源性疾病是新发传染病的主要来源,对人类生存发展产生重大威胁。本研究旨在通过分析重点新发传染病发热伴血小板减少综合征（severe fever with thrombocytopenia syndrome,SFTS）和新型冠状病毒肺炎（coronavirus disease 2019,COVID-19）的相关流行病学、临床和病原体进化特征从而探明新发传染病的流行特点和特异性防治要点。同时希望通过高通量测序等手段探索威胁东南沿海地区居民健康的病原体,对自然疫源性疾病进行实时监测和提供预警技术方法。研究方法:1.第一部分通过广义相加模型评估气象因素对SFTS流行的影响,以地理遥感分析方法探索地理环境与SFTS的关系。在SFTS流行区域进行野外动物样本收集以寻找潜在宿主。收集患者临床症状和实验室检查指标数据,使用独立样本t检验、Cox比例风险模型和广义估计方程等统计方法总结SFTS患者临床特征。实时定量PCR法对患者进行血清核酸诊断并确定病毒载量,患者特异性抗体Ig M通过ELISA法测得。收集SFTS患者急性期血清标本,通过感染工具细胞并培养、分离和鉴定得到SFTS病毒株。随后以公共数据库参考序列为模板,设计正反引物,完成病毒的全基因组测序。通过系统发育分析方法,结合测序结果和已发布的SFTS病毒参考序列信息,分析其基因进化规律。2.第二部分纳入研究的病例为中国人民解放军总医院第五医学中心收治的北京COVID-19确诊患者。收集、整理了患者发病时间、暴露史和实验室诊断等资料。通过Cox回归分析筛选影响疾病预后的因素。为探索新型冠状病毒（SARS-Co V-2）潜在的自然来源,收集公共数据库已经上传的冠状病毒序列进行重组分析。单倍型网络分析用于分析SARS-Co V-2的基因进化特征。通过计算病毒刺突蛋白和受体结合能力的改变评估病毒基因变异产生的影响。3.第三部分鼠类、蝙蝠、鸟类生物样本于东南沿海地区岛屿捕获,并收集血液、器官组织、咽拭子和肛拭子等。对相应样本肺组织核酸进行抽提、质检和二代高通量测序,并以拼接、比对等生物信息学手段筛查病毒序列信息,从而确定样本体内的病原体。结果:1.第一部分纳入宁波和舟山SFTS患者136例,河南地区患者1574例。总体上,死亡组患者年龄高于非死亡组（P<0.001）,而性别和发病到入院时间无明显差异。浙江地区SFTS患者发病多集中在夏季（7-9月）,在岱山等岛屿上生活的患者来源病毒基因型主要为E型（P=0.002）,降水量、日照时长和大气温度与SFTS发病时间有统计学关联（P<0.05）。浙江SFTS非死亡组患者多出现肌肉酸痛和乏力症状（P<0.05）,河南地区死亡患者多出现呼吸系统、神经系统和出血症状（P<0.05）。浙江地区患者入院时血尿素氮（BUN）升高是预后不良的独立危险因素（P=0.006）,风险比为1.073（95%置信区间,1.021-1.128）;而早期出现乏力症状为保护性因素（P=0.010）,风险比为0.190（95%置信区间,0.053-0.675）。两地患者实验室检查项目入院时总体上乳酸脱氢酶（LDH）、谷草转氨酶（AST）、BUN和血肌酐（CREA）在死亡患者组显着高于非死亡患者组（P≤0.001）。浙江地区患者除白细胞（WBC）指标外,其余实验室检查项目和病毒载量动态变化趋势在死亡组和非死亡组患者间有显着差异（PGEE<0.05）。河南地区病例除WBC和肌酸激酶（CK）外,其余实验室检查项目动态变化趋势在死亡组和非死亡组患者间有显着差异（PGEE<0.05）。两地实验室检查指标动态趋势不同的项目为非死亡患者的谷丙转氨酶（ALT）以及死亡患者的CREA（PGEE<0.05）。累计收集舟山地区90只鼠类样本,SFTS病毒核酸检查均为阴性。分离174条患者来源毒株并完成全基因组测序,河南地区均为A型（117/117例）,舟山（52/57例）和宁波（14/25例）地区多为E型,舟山和宁波分别发现9例和1例病毒重组。进化分析表明,病毒起源于河南并于1990-2005年由江苏输送至浙江和韩国,2005-2012年传播至日本并由韩国反向输入浙江。2.第二部分研究共计纳入55名COVID-19患者。患者平均潜伏期为8.42天,无症状携带者可能传播SARS-Co V-2,疾病的病程约为2周。与无肺炎表现的患者相比,有肺炎表现的患者年龄多15岁（P<0.001）,有更高的比例患有高血压（有肺炎表现组为32.4%,无肺炎表现组为0%,P=0.004）,更高比例出现发热（94.1%和71.4%,P=0.043）、咳嗽（61.8%和33.3%,P=0.040）症状。有肺炎表现患者入院时体内白细胞介素-6（14.61和8.06pg/m L,P=0.040）、B淋巴细胞比例（13.0%和10.0%,P=0.024）和红细胞沉降率（17.00和6.00m/60min,P=0.006）更高,而CD8+T显着降低（<190/μL）（33.3%和0%,P=0.019）。自发病至随后20天内的疾病发展过程中,与有肺炎表现患者相比,无肺炎组患者体内T淋巴细胞以及CD8+T细胞含量更高（PGEE<0.001）并且差距逐渐增加,表明CD8+T细胞介导的免疫功能需要更长的恢复时间。与穿山甲来源的冠状病毒序列相比,云南蝙蝠来源的Ra TG-13冠状病毒序列与新型冠状病毒（SARS-Co V-2）的相似性更高。单倍型网络分析表明,SARS-Co V-2病毒株在世界范围内可分为5组（A-E）。武汉来源的病毒株主要属于C组,而美国来源的病毒株包含全部的5种类型。V367F和N354D突变使SARS-Co V-2刺突蛋白与受体的结合能力比以往的冠状病毒更高。3.第三部分舟山市岱山岛共计收集动物样本44只,检测到长尾病毒科（Siphoviridae）、多瘤病毒科（Polyomaviridae）和逆转录病毒科（Retroviridae）等多种病毒。南海岛屿共计收集鼠类样本16只、鸟类样本31只;各调查点的平均鼠密度为3.7%,各调查点中最高鼠密度为10%;鸟类样本种类多样。结论:气候、地理环境因素与SFTS发病时空分布相关,河南与浙江地区SFTS临床特征略有区别但总体相似,都可以引起广泛的器官损伤,在疾病防治过程中应当遵循普遍规律并注重差异。进化分析结果表明韩国、日本地区SFTS病毒由浙江传入,这有助于寻找潜在的动物宿主。在舟山发现多种以往当地未报道的病原体,可为新发传染病的预防提供帮助。在南沙群岛,动物物种日渐丰富,应当积极预防自然疫源性疾病的威胁。武汉地区以外的COVID-19患者多有武汉暴露史。对于有基础疾病的老年人和其他易感人群而言,接触无症状携带者和医院导致的感染是发病的危险因素。SARS-Co V-2导致的淋巴细胞减少引起肺炎的发生。研究结果可以为流行源头外地区的疾病防治提供借鉴。病毒基因进化分析结果不支持武汉是SARS-Co V-2由自然界向人类溢出的发源地。V367F和N354D突变可以提高病毒的传播、致病能力。
孙隽[3]（2019）在《基于多信息融合的结核病相关基因预测及其网络分析》文中进行了进一步梳理结核病（Tuberculosis,TB）是由结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis,MTB）感染引发的致死率最高的传染病之一。目前已经有许多研究从不同角度探索了结核病的发病机理,但对相应的宿主免疫反应仍缺乏系统层面的认识。其主要原因可能是结核病相关的宿主基因尚未完全发现,所以无法全面地揭示结核分枝杆菌侵染宿主的分子机制。研究跨物种蛋白相互作用可以探索结核分枝杆菌与宿主之间的联系,进而发现重要的宿主靶标基因并有助于深入了解结核分枝杆菌诱导的免疫反应。但由于检测跨物种蛋白相互作用的实验方法耗时费力,现有的结核分枝杆菌-人类蛋白相互作用数据非常稀缺,因而急需开发有效的计算方法用于指导或帮助实验技术鉴定结核分枝杆菌-人类蛋白相互作用。此外,据报导全世界有超过20亿人感染MTB,其中85-90%的患者为潜伏期（Latent TB,LTB）感染。在潜伏期患者中,约10%将会发展为活动期肺结核（Pulmonary TB,PTB）。虽然已经有大量工作致力于研究潜伏期和活动期结核病,但对这两种状态下宿主免疫反应的相似性和特异性的差异仍知之甚少。由于大多数宿主基因在潜伏期展现出不显着的表达变化,导致传统研究手段（如差异表达分析）难以识别该时期中的关键宿主基因,从而阻碍了对两种状态进行比较。因此,迫切需要一种新的研究策略或框架,尤其是从计算的角度来比较活动期和潜伏期的结核分枝杆菌感染。为了解决上述问题,本论文的第一部分通过联合模板方法、结构域相互作用方法和机器学习方法开发了一种整合算法,用于预测结核分枝杆菌-人类蛋白相互作用。因此,本研究计算识别了13758对结核分枝杆菌-人类蛋白相互作用,涉及451个结核分枝杆菌蛋白和3167个人类蛋白。通过广泛的验证,不仅证实了所构建的跨物种蛋白质相互作用网络在很大程度上是可靠的,而且表明采用整合的预测策略可以有效地排除假阳性数据。与已知的各种病原体的人类靶标相比,预测的人类靶标在网络拓扑特性和重要功能基因的富集方面均展现出类似的趋势。此外,这些人类靶标通常具有更长的序列、更多的蛋白质结构域、更多的无序残基、更低的进化速率和更老的蛋白质年龄。功能富集分析表明人类靶标蛋白主要参与磷酸化、激酶活性和信号转导等生物过程,而通路分析表明这些蛋白与疾病和免疫通路紧密相关。对排名靠前的通路间的相互作用进行比较分析,发现癌症通路可能在结核分枝杆菌感染的过程中发挥桥接作用。三联体分析表明成对的靶标蛋白在种内互作网络中彼此相邻近并具有相似的基因表达模式。最后,通过整合已知的药物靶标信息和蛋白质的分子特性,确定了36个潜在的抗结核病的人类靶标蛋白。本论文的第二部分开发了基于一致性差异表达网络的计算框架,通过整合芯片表达数据和蛋白相互作用数据来识别结核病相关的基因对。该算法主要依赖于基因对在不同疾病状态下是否具有表达相关性差异,从而有效避免了传统方法的局限性。在活动期（PTB）和潜伏期（LTB）状态下,本研究分别获得了774和693对基因,并在节点、边和模块这三个层次对PTB和LTB的一致性差异表达网络进行了系统的比较。通过比较分子特征,发现这两个状态下的共同基因比LTB特异性基因和PTB特异性基因在进化上更保守、在网络拓扑中更重要并且具有更多的翻译后修饰位点,而两类特异性基因在这些方面差异不显着。相较于LTB特异性基因,PTB特异性基因具有更高的表达水平和更显着的表达倍数变化,暗示这些基因的表达情况与结核病的发展进程紧密相关。此外,LTB相关的相互作用通常具有较低的基因表达相关系数并且可能更多地被抑制,而PTB相关的相互作用通常具有较高的基因表达相关系数并且可能更多地被激活。模块分析表明被识别的基因对更倾向于在拓扑模块和功能模块中聚集。功能分析显示这些基因通常富集于病原体感染和免疫反应相关的通路,而且两类特异性基因涉及不同的生物学通路。以NF-κB信号通路为代表,观察到PTB特异性基因倾向于出现在该通路的上游位置,而LTB特异性基因则倾向于出现在下游位置。通过药物重定位,发现了一些基因对中的两个基因都是现有药物的成功靶标,这将为治疗不同阶段的结核病患者提供新的线索。
李映红[4]（2018）在《基于药靶严格确证的可药性发现和药靶预测新型算法构建》文中提出从人类基因组的破译,到基因组学、转录组学、蛋白组学等组学技术的快速发展,都为药物研发与药靶发现提供了机遇和挑战。但是,随着药物、药靶的研究的不断深入,药靶发现进程由于一些关键问题而大大延迟,比如:1)治疗药靶定义模糊,2)临床试验药物及其药靶覆盖率不足,3)耐药性突变信息不足;4)药靶基因表达谱信息和药靶组合信息不足,5)缺乏成功药靶、临床药靶和药靶组合的可药性特征,6)现有药靶预测工具预测能力较弱,等。为了解决这些问题,本研究在药靶严格确证的基础上对药靶可药性进行了系统性分析,并构建了药靶预测新型算法,具体讨论如下。第一,提出了严格的基于药、靶、病三者关联的药靶确证新策略。药靶的确证不仅需要考虑药物对药靶的活性,更要先通过活体实验（基因敲除等）验证药靶在疾病模型中的作用,再找到药物对药靶的作用会在疾病模型（细胞、体外或活体）中产生疗效的证据。第二,在药靶严格确证新策略的基础上,确证了大量批准和临床药物的药靶,并收集了多种对药靶研究有重要作用的信息。这些信息包括:大量的临床药物和临床药靶数据;药物及其药靶与生物通路的交叉信息;耐药性突变信息;药靶基因表达谱信息;药靶组合信息。在完成对以上信息的收集与计算后,将其整合进治疗药靶数据库（TTD）中,方便其他科研人员使用。同时从网络技术层面重新构建了TTD数据库,使用更先进的网站技术、更合理的底层架构,从而提升数据库的使用效率。第三,完成了对创新药靶的研究进展及其特征分析。本文以2004-2017年间成功的创新药靶为基础,开展了药靶可药性研究。具体分析了药靶类型,药物类型,靶向疾病类型,政府调控政策等对这些药靶的临床试验进展的影响。对这些药靶在疾病过程中所起到的作用,药物与药靶结合的差别,生物化学,结构,序列,生物系统因素等也进行了进一步分析,得到了能显着区分临床试验进展快和慢的量化特征。第四,深入到激酶组,针对FDA批准的多靶点药物和组合药物的药靶组合开展了药靶组合的可药性研究。通过对多靶点药物和组合药物所构建的药物-药靶网络和系统进化树的分析,确定了多靶点药物和组合药物中最受偏好性的药靶,并且揭示多靶点药物和组合药物在药靶组合方式上面的不同。同时,还比较了批准的多靶点药物和组合药物在作用机制上的差异。这将有助于利用下一代网络药理学思路探索发现更多有效的新型药靶组合。第五,基本完成了对药靶预测算法的构建。在完成药靶严格确证和TTD数据库的升级之后,有足够数量的准确数据为后续的药靶预测提供数据支撑。在此基础上,应用了基于Pfam的虚拟负数据集构建新方法,构建了药靶预测新型算法,显着降低了模型的假阳性。同时在完成对创新药靶的特征分析之后,得到了能显着区分临床进展快慢的特征,这些特征包括生物系统特征（相似蛋白数量,所分布的人体组织数量,所参与生物通路的数量）和蛋白质网络特征等。计划在后面的药靶预测工具开发中应用这些特征谱,进一步提高药靶预测准确性。药靶的可药性作为一种特殊且更复杂的蛋白质功能,为此本研究在完成药靶预测新型算法构建的基础上,对蛋白质预测工具SVM-Prot进行了重要升级,大大提高了SVM-Prot的预测准确性,为后续药靶预测工具的开发做好了铺垫。综上所述,本文从当前药靶发现中存在的问题出发,建立了药靶严格确证新策略,之后收集并计算得了到对药靶研发有重要作用的数据（临床药物及临床药靶;药物及其药靶与生物通路的交叉;耐药性突变;药靶基因表达谱;药靶组合）,再整合到TTD数据库中。在完成药靶严格确证,和药靶相关重要信息的整合后,开展了药靶可药性研究。以近十四年的创新药靶出发,分析得到了能显着区分药靶临床进展快慢的特征,为药靶可药性判断标准的建立打下了基础。以FDA批准的靶向激酶的多靶点药物和组合药物为基础,在药物-药靶网络和系统进化树等方面系统分析比较了多靶点药物和组合药物的共性与差别。最后在药靶严格确证,和药靶可药性发现的基础上构建了药靶预测新型算法,并将所构建的药靶预测新型算法应用于蛋白质功能预测,并表现出良好的预测性能,为后续药靶预测工具的建立做好了准备。
张金飞[5]（2017）在《动物肉源沙门氏菌头孢菌素、多粘菌素耐药基因的流行和传播机制研究》文中研究说明动物肉是人类摄取蛋白的主要来源,但由于动物养殖过程中,头孢抱类和多粘菌素类等抗生素的大量和长期使用,因动物肉源细菌耐药水平的升高导致的人类健康风险不断提升。沙门氏菌是人类主要的食源性致病菌,由于其耐药性的产生,造成了人类治疗沙门氏菌感染疾病的困难。因此了解动物肉源沙门氏菌污染情况和耐药性传播机制,对有效控制耐药沙门氏菌的传播和治疗食源性沙门氏菌疾病具有重要意义。本文主要围绕深圳地区猪肉、牛肉、鸡肉、虾肉动物肉源样品中沙门氏菌的分离方法,CTX-M型ESBLs和mcr-1耐药基因的污染情况和传播机制展开研究,旨在为更好的分离检测动物肉源食品中沙门氏菌,以及动物养殖中抗生素的合理使用和临床预防、治疗食源性沙门氏菌疾病提供一定的理论依据。1.不同分离方法获得的动物肉源沙门氏菌的特征本研究旨在了解目前深圳市动物肉源沙门氏菌的流行和分布情况以及不同分离方法对动物肉源沙门氏菌分离情况的影响,为动物肉源中沙门氏菌的分离和鉴定,以及深圳地区合理控制动物肉源中沙门氏菌的传播提供一定的理论依据。首先,我们对采集自深圳地区的1055个动物肉源样品进行沙门菌的分离鉴定。结果显示,样品总的阳性率为21.71%（229/1055）,其中鸡肉的阳性率为29.19%（61/209）、猪肉26.01%（148/569）、牛肉 15.00%（15/100）、虾肉 2.82%（5/177）;其中,85%（195/229）的沙门阳性样品通过TT增菌液获得,30%（69/229）是通过RV增菌液获得。其次,通过MIC方法去掉重复的沙门氏菌,共得到376株非重复沙门菌株。其中290（77.13%）株非重复沙门菌株来自于TT增菌液,只有86（22.87%）株来自于RV作为增菌液处理过的样品;60%的菌株来源于XLT4平板,31%来源于含有环丙沙星药板和7%的头孢噻肟药板,仅有1.6%来源于BGA平板。第三,通过血清鉴定技术,对获得的376株沙门氏菌进行血清型鉴定与分析。共得到38种血清型及329株确定血清型的非重复沙门氏菌,最为流行的血清型包括Derby、1,4,[5],12:i:-、Rissen、Agona和8,20:z23,z4:-。38种血清型中,35种可以通过TT肉汤选择性增菌后分离得到,几乎是RV肉汤的两倍（35/19）,特别是最主要的几种血清型,包括Derby、Agona和Risseen。综上所述,深圳地区动物肉源沙门氏菌污染比较严重,血清型以Derby、1,4,[5],12:i:-、Rissen、Agona和8,20:z23,z4:-为主;并且TT相比于RV肉汤,以及XLT4平板相比于BGA平板,在分离沙门氏菌的过程中更加有效,TT和XLT4平板的结合使用可以在沙门氏菌的分离中有更好的表现。2.沙门氏菌CTX-M型ESBLs耐药基因的检测及其行流性传播机制研究为了解动物肉源沙门氏菌CTX-M型ESBLs的流行和传播,本研究首先对定点采集两年的深圳市不同地区超市和市场的新鲜动物肉样品进行沙门氏菌的分离和耐药性监测,结果共检出沙门氏菌阳性肉样217个,分离非重复沙门氏菌336株,分离率为20.91%,其中沙门氏菌在鸡肉中分离率最高,为26.4%。药敏试验表明,深圳地区动物肉源沙门氏菌多重耐药现象严重,但是对氨基糖苷类的阿米卡星和碳青霉烯类的美罗培南仍然较为敏感,对头孢类抗生素有一定的耐药性。其次,对336株沙门氏菌进行blaCTX-M基因检测和PFGE分型分析,结果共检出16株blaCTX-M 阳性菌株,只含有CTX-M-14和CTX-M-15两种基因,两种基因中以Indiana和O4,O12:i:-血-清型为优势血清型;PFGE分析显示CTX-M-14和CTX-M-15两种基因在深圳地区动物肉源沙门氏菌中的传播主要以水平传播为主,在同种肉源中存在克隆传播现象。最后,对blaCTx-M阳性菌株进行接合转移实验和对原菌以及接合子进行S1-PFGE分析,结果表明,接合成功的7株沙门氏菌全部来自于猪肉,O4,O12:i:-血清型在可转移接合沙门氏菌中为优势血清型;S1-PFGE结果显示可转移质粒大小在～30kb-～250kb之间,说明blaCTX-M在不同大小质粒中分布范围较广;PFGE分型表明,7株沙门氏菌同源性较低,说明深圳地区动物肉源沙门氏菌blaCTX-M基因的传播主要以水平传播为主。综上所述,深圳地区动物肉源沙门氏菌检出率较高,分离菌株的多重耐药现象较严重;blaCTX-M基因在动物肉源沙门氏菌中主要以CTX-M-14和CTX-M-15两种形式存在,Indiana和O4,O12:i:-为两种基因的优势血清型;沙门氏菌中含有CTX-M-14和CTX-M-15基因的质粒均存在接合转移现象,以水平传播为主,同种肉源样品内部也存在克隆传播现象。3.动物肉源沙门氏菌mcr-1耐药基因的检测及其流行病学研究为了解目前深圳市乃至全国动物肉源沙门氏菌多粘菌素耐药基因mcr-1的携带情况,及mcr-1随质粒接合转移的能力,以指导动物养殖中多粘菌素的合理使用,及给临床预防多粘菌素耐药性的传播提供一定的理论依据。首先,我们对来自深圳市的830株非重复沙门氏菌和全国其他20余省市的230株非重复的沙门氏菌,进行mcr-1耐药基因的筛选和mcr-1 阳性沙门氏菌的血清型鉴定,结果共得到mcr-1阳性菌株16株,全部来自猪肉样品,分离率分别为1.4%（12/830）和1.7%（4/230）;血清型以Derby（n=9）和 Typhimurium（n=6）为主,也有 Weltevreden（n=1）血清型的存在;Typhimurium血清型耐药谱一般比Derby和Weltevreden两种血清型宽,表现出更加明显的多重耐药性。第二,对这些菌株采用CLSI推荐的琼脂稀释法进行13种药物的药敏试验,结果表明16株菌均对多粘菌素有较高的耐药（8μg/mL-16μg/mL）,并且对四环素、氨苄西林全部耐药,对氯霉素耐药率（75%）也较高,仅有4株表现出敏感性,对阿莫西林/克拉维酸（12.5%）和环丙沙星（18.75%）等其他抗生素敏感性较好,另外对阿齐霉素全部敏感;大部分多粘菌素耐药沙门氏菌为多重耐药,一般为四重以上,最多为八重耐药。第三,采用PFGE分型方法对mcr-1阳性沙门氏菌进行分型,结果显示,所有菌株可以分为6个基因型,基因型呈现多样化;来自深圳地区的9株Derby和2株Typhimurium相似度为100%,来自全国其他省市的3株Typhimurium和1株Weltevreden同源性较低,且仅有1株与深圳地区的2株Typhimurium同源性为100%。最后,对所有mcr-1阳性沙门氏菌采用接合转移方法,用J53作为受体菌进行接合转移,结果表明16株菌全部接合成功,接合成功率为100%;原菌和接合子的药敏试验结果表明,所有接合子均获得了对多粘菌素4μg/mL-8μg/mL的耐药值,对其他抗生素的耐药性也有不同程度的提升,并且也有部分接合子对头孢噻肟和头孢曲松产生了较高的耐药值。综上所述,深圳市乃至全国动物肉源mcr-1阳性沙门氏菌检出率相对较低,但是绝大多数表现出四重以上的耐药性,接合转移成功率较高,血清型以Typhimurium和Derby为主;全国范围内动物肉源沙门氏菌mcr-1耐药基因的传播以水平传播为主,但深圳地区动物肉源沙门氏菌mcr-1耐药基因的传播以克隆传播较多,可能与样品采集范围有关。4.动物肉源沙门氏菌mcr-1耐药基因传播机制的研究为探讨动物肉源沙门氏菌mcr-1耐药基因的传播机制,首先,利用S1-PFGE和Southern Blot技术对接合成功的沙门氏菌及其接合子进行质粒分析。结果表明,mcr-1基因主要存在～30kb和～244kb大小的两种质粒中,分别在14株和2株沙门氏菌中检出,没有在一株菌中发现同时含有两种mcr-1质粒的情况。其次,对具有代表性的SA258、SA618、SA655三株接合子中的质粒进行提取,并利用质粒测序技术对提取到的三个质粒进行测序,然后利用质粒分析软件对所得序列进行分析,再与其他参考序列进行比对。结果显示,所测质粒中,～30kb质粒为IncX4类型,～244kb质粒为IncHI2类型。分别将这两种类型质粒与GenBank中的参考序列比对分析,结果显示两种质粒与参考序列都具有很高的相似度,都含有与转移相关基因tra等;其中～33kb质粒与参考质粒pOW3E1相似度在99%以上,～244kb质粒与pHNSHP45-2参考质粒相比除了缺少一个主干区域外,还含有耐药基因blaCTX-M-14和fosA3等,这也解释了含有此质粒沙门氏菌对头孢和磷霉素耐药的现象。综上所述,mcr-1基因在动物肉源沙门氏菌中的传播主要以水平传播为主,范围较广;全国不同地区动物肉源沙门氏菌mcr-1基因集中分布在IncX4和IncHI2两种类型质粒中,携带mcr-1基因的质粒与已报道的同类型质粒序列高度相似,但是携带了更多的耐药基因。
许世伟[6]（2015）在《特大城市市政污泥的理化特性与深度脱水减量化》文中指出城镇污水厂污泥是生活废水处理的产物。北京作为一个特大城市,每天产生的污泥量巨大,解决这个问题非常必要。污泥深度脱水是适应中国国情快速发展的污泥脱水主流工艺,影响污泥脱水性的主要因素有污水厂泥龄、胞外聚合物、污泥粒径、表面电荷和阳离子等；为了改善污泥的脱水性的污泥调质研究主要包括：化学调质、物理调质、生物调质和联合调质,而药剂选取需要结合当地实际情况以及调质前的污泥性质进行,同时也要考虑污泥后续利用方式,北京重点应用在林地、园林绿化和沙荒地改良方向。本文通过实验分析了北京市四座代表性污水处理厂不同处理工艺剩余污泥泥性及影响脱水性的因素,结果表明污水厂剩余污泥脱水性主要与溶解性胞外聚合物（以下简称EPS）的总量和蛋白质含量有关,粘液层生物聚合物不利于细胞黏附导致污泥絮凝能力变差,引起较差的生物絮凝性、较多的细胞腐蚀和较差的泥水分离性能；同一时期,不同污水处理工艺剩余污泥EPS组成类似,且变化趋势相同；LB-EPS层有机物浓度最低,Slime层有机物浓度较高；从脱水性整体来讲,夏季时剩余污泥脱水性能最好,随着温度降低,污泥脱水性逐渐恶化,这主要是由于污泥体系中溶解性EPS的含量的影响；无机混凝剂和有机絮凝剂联合作用调理污泥后脱水性能明显改善,污泥EPS中蛋白质含量减少,多糖和脱氧核糖核酸（DNA）含量增加。经过热水解处理后的污泥脱水性能明显改善。依据前期研究成果,在北京某污水处理厂对剩余污泥进行了污泥深度脱水生产性实验,分别采用化学调理加高压板框以及电渗透两种工艺方式,对比出泥效果和投资运行成本,结果表明通过精心调试高压板框和电渗透深度脱水都能使脱水污泥含水率降到60%以下,减量效果达到50%以上；但要从经营角度总体考虑,还是化学调理结合板框脱水更经济,更适合北京的需要。该研究成果己被北京市在2014年重新制订的污泥处理处置工程技术路线中采用,以热水解+板框深度脱水+堆肥+土地利用为主规划建成五个污泥处置中心,高碑店污水处理厂1358吨／天的污泥深度脱水工程将于2015年初建成,加上热水解工艺运行,设计出泥含水率稳定在60%左右。
张振兴,王江权,郑祥[7]（2016）在《水体病原微生物定量风险评价:历史、现状与发展趋势》文中研究指明环境风险评价是成型于1970年代的多学科交叉新兴领域,为环境风险管理提供决策的科学依据.环境风险评价研究的发展经历以意外事故为风险源的事故风险评价,以化学品为风险源和人体健康为风险受体的健康风险评价,以生态系统为风险受体的生态风险评价.以微生物污染为风险源和人体健康为风险受体的定量微生物风险评价（QMRA）也于1990年代开始发展.QMRA确定微生物的摄入量及其对人体产生不良作用概率之间关系的数学描述.作为一种前沿的微生物健康风险评估手段,QMRA为公共卫生政策和标准制定、采取可行的健康干预决策提供有力支撑,已被美国、加拿大、荷兰、澳大利亚等多个国家应用于环境管理.本文梳理了环境风险评价的发展历史,系统详细综述水媒传播病原微生物定量风险评价的研究与应用,同时指出当前QMRA面临的问题并提出针对性的建议.
廖成水[8]（2014）在《旋毛虫核酸酶的性质及其在旋毛虫逃避METs中的作用研究》文中研究表明先天性免疫细胞胞外诱捕（extracellular traps, ETs）是新近发现的一种非吞噬依赖的先天性免疫胞外防御机制，存在于脊椎动物甚至是无脊椎动物的中性粒细胞、嗜酸性粒细胞、肥大细胞和单核细胞/巨噬细胞中，是一种以自身DNA和多种颗粒蛋白组成的纤维状结构，该结构可捕获细菌、真菌、病毒和原虫等病原微生物以限制其在体内扩散，并通过高浓度毒性蛋白将其杀灭，但目前为止尚未见线虫诱发ETs的相关报道。旋毛虫是一种典型的人兽共患寄生线虫，其感染特点之一就是虽然在病灶处可见嗜酸性粒细胞等浸润和募集现象，却无明显可见的炎性反应，即宿主先天性免疫细胞在旋毛虫感染初期呈现免疫功能缺失状态。此外，研究证实了A族链球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌等细菌能够分泌核酸酶降解ETs的主要骨架DNA以逃避ETs杀伤机制。2011年公布的旋毛虫基因组显示，旋毛虫拥有125种庞大的DNase II家族蛋白，并且一半以上的基因被认为编码排泄/分泌产物（excretion/secretion products, ESP）。因此，推断旋毛虫可能通过分泌DNase II降解先天性免疫细胞ETs从而逃避宿主的先天性免疫防御机制。首先，研究小鼠巨噬细胞细胞系J774A.1针对旋毛虫是否也存在ETs现象。利用激光共聚焦显微镜和扫描电子显微镜观察，并没有发现旋毛虫肌幼虫和新生幼虫刺激巨噬细胞向细胞外释放纤维状结构。同时旋毛虫的ESP可显着抑制白色念珠菌刺激巨噬细胞产生胞外纤维状结构。但存在核酸酶抑制剂金精三羧酸（aurintricarboxylic acid, ATA）时旋毛虫可诱导巨噬细胞产生这些结构并被其粘附，且该结构主要成分为DNA，因此确定为巨噬细胞胞外诱捕网（macrophageextracellular traps, METs）。旋毛虫诱导的MET并不依赖细胞坏死、凋亡及ROS产生。METs体外可以杀伤30-40%的旋毛虫。其次，通过琼脂扩散法、琼脂糖凝胶电泳和酸溶法确定了旋毛虫肌幼虫及成虫/新生幼虫混合ESP在酸性（pH4、pH5和pH6）和弱碱性（pH8和pH9）环境下存在核酸酶活性，这种核酸酶活性可被ATA和高浓度阳离子所抑制，而不能被EDTA和G肌动蛋白抑制。在25°C、30°C和37°C时表现出最佳核酸酶活性。利用DNA底物切割实验及切割产物末端基团测定进一步证明了这种活性核酸酶属于DNase II。1D（SDS-PAGE）核酸酶酶谱分析显示，旋毛虫肌幼虫及成虫/新生幼虫ESP分别存在一条和两条活性核酸酶条带。利用2D核酸酶酶谱分析结合NanoLC-ESI-MS/MS分析方法，从旋毛虫肌幼虫及成虫/新生幼虫ESP中均检测到四个核酸酶活性点。且肌幼虫ESP的活性点均为一种DNase II蛋白，而成虫/新生幼虫ESP的活性点来源于两种蛋白的DNase II家族蛋白。最后，对旋毛虫125种DNase II家族蛋白中唯一在C端具有一个典型DNaseII活性位点HKD基序的plancitoxin-1-like进行克隆、原核表达和活性鉴定。测序结果显示，扩增获得的序列比GenBank预测的短210bp，并且相对应的氨基酸序列中在N端和C端都具有HKD基序。Western blot显示，重组蛋白的抗体可识别虫体粗抗原而不能识别ESP，所以2D电泳和质谱分析中未鉴定出该蛋白。Real-time quantitative PCR和免疫定位分析表明该蛋白表达于旋毛虫各个发育时期。利用1D核酸酶酶谱证明了包涵体表达的rTs-Pt经胶内复性表现出不依赖于阳离子的核酸酶活性，并且在酸性环境中（pH4和pH5）和25°C、30°C和37°C时表现出较强活性。总之，旋毛虫ESP中存在典型的DNase II活性酶，利用ATA阻断旋毛虫分泌的核酸酶活性后，巨噬细胞可释放METs捕获并杀死旋毛虫，但抗旋毛虫血清封闭并不能激发这种杀伤机制。利用1D核酸酶酶谱、2D核酸酶酶谱结合NanoLC-ESI-MS/MS方法从ESP分离鉴定出多种DNase II，且具有典型DNase II活性位点的plancitoxin-1-like不属于ESP，而是一种旋毛虫虫体蛋白。本研究结果首次揭示了旋毛虫可通过分泌DNase II逃避宿主METs杀伤机制。
周来新[9]（2012）在《转化医学科研组织模式构建的研究》文中认为近年来，为了解决基础和临床“两张皮”的困境，提高生物医学科技投资效益，促进向生物医学研究为人类健康服务的原始目的回归，“转化医学”的概念被提出。但转化医学作为生物医学发展的新模式和科技管理的新理念，涉及整个医学科研管理体系的变革，目前发展仍然面临着很多问题。当前有关转化医学科研组织模式研究很少开展且多集中于基础到临床、临床到应用障碍的横断面研究，尚未见到基于转化医学整个发展体系的科研组织模式的系统研究。研究符合转化医学发展特征的科研组织管理模式对推动转化医学的快速发展具有重要意义。本研究采用文献研究、个人深入访谈、案例研究和问卷调查等方法，在充分了解转化医学发展现状和存在问题的基础上，剖析影响转化医学发展的理论和实践因素，解析转化医学的本质特征及其对科研组织创新的内在要求，比较分析现有转化医学科研组织模式，总结组织管理经验和策略，现场研究调查科研人员对转化医学科研组织模式的认识和意见，创建符合转化医学发展特征的科研组织模式和转化医学中心建设构想，为推动转化医学的进一步发展提供决策依据和管理参考。论文共分七章：第一章是导论。总结分析转化医学的提出背景、发展现状、面临的挑战、科研组织管理现状，提出本课题的研究意义。通过检索相关文献，归纳国内外对于转化医学、科研组织管理、管理模式、协同创新等的相关概念和理论研究的成果，并阐述研究方法，提出本课题的主要研究内容、研究思路，制定技术路线。第二章是影响转化医学科研组织模式形成及发展的理论因素研究。提出科学管理理论、系统理论、国家创新体系理论和现代管理理论等管理理论为转化医学科研组织模式的创新提供了理论指导和系统借鉴。总结分析当代生物医学发展影响转化医学发展的实践因素，提出了当代生物医学的发展对科研组织管理创新的新要求，为研究转化医学科研组织模式提供理论支撑和实践依据。第三章是转化医学内涵本质及其对管理创新影响的研究。对转化医学概念进行了深化和拓展，认为转化医学是一个致力于克服基础研究与临床和公共卫生应用严重失衡的医学发展新模式，其核心是在“健康问题－基础研究－临床应用－人群健康－卫生政策”（T1-T2-T3-T4）之间，建立“连续、双向、开放和循环”的研究促进过程。提出要从4T模式来认识转化医学的观点，并在此基础上阐述了转化医学发展对科研组织模式创新的要求，明确了转化医学科研管理模式构建应重点关注的内容。第四章是转化医学科研组织管理现状的案例研究。通过中外11个转化医学中心的案例研究，展示国内外转化医学现实运行模式的特征，指出美国已建成“新型医学研究合作的孵化中心”，中国主要是“临床医学研究中心模式”，且尚未建立针对性的管理机制。提出建设转化医学中心是推进转化医学发展的一个有益载体，明确转化医学发展的理念引导、建设途径、政策机制、人才培养等关键问题，为转化医学科研组织模式的构建提供现实参考。第五章是转化医学科研组织管理模式构建的问卷调查研究。从转化医学的理念、组成要素、管理机制等方面对15个单位360名科技人员问卷调查，重点阐述转化医学的理念普及范围、发展体系主要内容、机制创新和改革重点，并以这三个方面要素为主体内容提出了构建转化医学科研组织模式的设想方案，为转化医学科研组织模式的构建提供基本框架和要素。第六章是模式构建。明确提出系统化、开放性、质量效益、可行性和指导性是转化医学科研组织模式构建应遵循的基本原则，并依据转化医学发展内涵确定用综合法构建其组织管理模式；用“管理理念＋管理体系＋管理机制”来认识和理解转化医学科研组织模式的构建框架。综合分析前面几部分研究结果，构建了“全维式交叉协同”转化医学科研组织模式，并提出转化医学中心的建设构想方案，为转化医学的组织管理提供了思维范式和方法参考。并在模式构建的基础上，提出对中国转化医学科研组织模式改革的建议。第七章是全文总结。对全文进行总结和讨论，展望转化医学的发展，总结本研究的创新点和不足之处。本课题从转化医学的基本特征和内涵本质出发，立足于转化医学提出和发展的特定需求，以整体和系统的理论和观点进行课题设计和思考，研究了基于转化医学整个发展体系的科研组织管理要素，对转化医学科研组织管理的目标进行了准确定位，创新提出转化医学科研组织管理模式和转化医学中心建设构想，为转化医学的快速发展提供决策依据和管理参考，也为丰富和完善转化医学的发展理论作出一定贡献。
贺晨[10]（2011）在《多重PCR结合基因芯片技术检测国境口岸蜚蠊携带病原菌的应用研究》文中研究表明蜚蠊是我国在国境口岸地区监测的重要医学媒介生物之一,它在生物分类中属节肢动物门,昆虫纲,蜚蠊目。蜚蠊生存于人类居住的环境中,它不仅骚扰、叮咬、损坏物品,而且是多种病原菌的传播媒介或储存宿主。蜚蠊可以携带并传播细菌、真菌、病毒和寄生虫,能够引起肠道、呼吸道、皮肤等多系统疾病的发生,对人类健康构成严重危害。随着全球经济一体化,国际贸易的不断发展,国际间通行的交通工具和旅客的数量明显上升,媒介生物及其携带的病原体借助交通工具、集装箱、货物、邮件等在不同国家口岸间传播,这给蜚蠊及其携带的病原体在国际间的传播带来了便利条件,虫媒传染病有明显上升的趋势。目前检测病原菌的技术具有一定的局限性。近年来,已发展了多种基于微生物学、化学、免疫学和分子生物学的实验技术用于检测和鉴别病原微生物,但还不能满足同时快速检测多种病原体的需要。本研究建立了多重PCR结合基因芯片技术检测11种病原菌的方法,并在掌握长春龙嘉国际机场口岸内蜚蠊的本底情况基础上,对口岸内蜚蠊携带的病原菌进行了检测,对有效地预防和控制蜚蠊在口岸地区引起疾病的传播具有重要意义。目的：1.建立多重PCR结合基因芯片技术的方法对11种常见病原菌进行检测,为临床疾病诊断、食物中毒检测、进出口食品检验、媒介生物病原菌检测等工作提供有效的检测方法。2.掌握长春龙嘉国际机场口岸蜚蠊的本底情况,为加强国境口岸及出入境交通工具蜚蠊的监测与控制提供科学指导。3.运用多重PCR结合基因芯片技术对长春龙嘉国际机场口岸蜚蠊携带的病原菌进行检测,对蜚蠊传播传染病的风险程度作出科学分析和预测,保障国境口岸和交通工具及货物的卫生安全。方法：1.研制寡核苷酸基因芯片检测常见的11种病原菌。以蜡样芽孢杆菌、大肠杆菌0157、金黄色葡萄球菌、伤寒沙门氏菌、肠炎沙门氏菌、志贺氏菌、变形杆菌、产气荚膜梭菌、空肠弯曲菌、副溶血性弧菌、单核细胞增生李斯特菌为检测的靶细菌,设计特异性引物及探针,制备寡核苷酸芯片。靶细菌特异性基因经多重PCR扩增后,与带有11种特异性探针的基因芯片杂交,用扫描仪扫描,判定病原菌种类。对基因芯片的特异性和灵敏度进行检测。2.掌握长春龙嘉国际机场口岸蜚蠊本底情况。选择口岸内4种不同生境分别为办公区、食品生产厂区、餐饮区、仓储场地为调查区,采用“盒式诱捕法”捕获蜚蠊,调查2008年4月至2009年3月间长春龙嘉国际机场口岸内蜚蠊本底情况,掌握蜚蠊的种群构成、密度和季节消长规律。3.对煮沸法、试剂盒法、SDS法三种提取蜚蠊携带病原菌DNA的方法进行比较。运用已建立的多重PCR结合基因芯片技术对提取的病原菌DNA进行检测,掌握长春龙嘉国际机场口岸蜚蠊携带病原菌的种类。结果：1.将不同的病原菌DNA样本混合,配制成一系列模拟样本,对这些模拟样本采用优化的多重PCR体系和基因芯片杂交体系进行检测分析,结果显示混合样本DNA均能与相对应的探针进行特异性杂交,证明本研究研制的基因芯片具有良好的特异性。基因芯片的检测灵敏度比PCR方法检测灵敏度高10倍。2.2008年4月至2009年3月间,在长春龙嘉国际机场口岸共布放粘捕盒3600盒,有效回收2919盒,共捕获蜚蠊3957只。德国小蠊是长春龙嘉国际机场口岸蜚蠊的优势种属。不同生境下蜚蠊密度不同,餐饮区蜚蠊密度最高,为4.08只/盒；口岸蜚蠊平均密度为1.36只/盒。全年12个月中,蜚蠊密度在1月份和7月份分别达到高峰。3.煮沸法、试剂盒法、SDS法三种方法提取蜚蠊携带病原菌DNA,得到的DNA纯度和浓度有显着性差异,最终确定SDS方法作为本研究提取蜚蠊携带病原菌DNA的方法。4.基因芯片检测蜚蠊携带病原菌结果表明,本研究设定的11种靶细菌均在长春龙嘉国际机场口岸蜚蠊中被检出,各病原菌的检出率分别为金黄色葡萄球菌30%、志贺氏菌100%、大肠杆菌015750%、肠炎沙门氏菌10%、伤寒沙门氏菌45%、蜡样芽胞杆菌15%、空肠弯曲菌100%、变形杆菌80%、单核细胞增生李斯特菌55%、副溶血性弧菌5%、产气荚膜梭菌5%。蜚蠊携带病原菌DNA进行普通PCR扩增得到的产物进行纯化测序,测序结果与GenBank上的标准序列的一致性均达到85%以上。结论：1.多重PCR与基因芯片技术的整合可以实现两种技术的优势互补,通过多重PCR的基因放大作用和基因芯片的探针杂交技术使此种检测体系达到较高的灵敏度和特异度,可实现对多种病原菌、多个样本的同时检测。2.长春龙嘉国际机场口岸内蜚蠊的优势种属为德国小蠊；不同生境的蜚蠊密度不同,餐饮区蜚蠊密度最高；不同季节蜚蠊密度不同,1月份和7月份为蜚蠊密度较高。3.本研究对蜚蠊携带病原菌基因组DNA的提取方法进行了优化。确定了SDS法作为蜚蠊携带病原菌基因组DNA的提取方法,该方法具有操作简单、提取效率高、成本低、易于现场检测等特点。4.本研究运用多重PCR结合基因芯片技术对蜚蠊携带病原菌进行检测。结果显示11种目标病原菌在长春龙嘉国际机场口岸蜚蠊中均被检出。本研究的创新点：1.建立了一种多重PCR结合基因芯片技术的检测方法,能同时对11种常见病原菌进行快速、准确地检测。2.首次对长春龙嘉国际机场口岸的蜚蠊进行本底调查,掌握了该地区蜚蠊的种群构成、密度、季节消长规律等情况；3.首次运用多重PCR结合基因芯片技术对蜚蠊携带的病原菌进行检测,探讨直接从媒介生物样品中同时检测多种病原菌的可行性,为国境口岸媒介生物携带病原菌的检测提供帮助。
二、病原微生物向人类挑战（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、病原微生物向人类挑战（论文提纲范文）
（1）发展疫源动物融合科学的思考与建议（论文提纲范文）
| 1 疫源动物与人类健康 |
| 2 疫源动物与生物安全 |
| 3 疫源动物与生态保护 |
| 4 疫源动物在我国的分布及流行病现状 |
| 5 疫源动物相关研究现状 |
| 5.1 疫源动物基础研究薄弱 |
| 5.2 我国疫源动物研究水平有待提高 |
| 5.3 单一学科不能满足疫源动物研究 |
| 6 建议与举措 |
| 6.1 创建疫源动物融合科学 |
| 6.2 制定重点疫源动物名录 |
| 6.3 开放性国内外合作研究 |
| 6.4 加强疫源动物资源储备 |
| 7 结束语 |
| 推荐阅读文献 |
（2）重要新发传染病（SFTS和COVID-19等）的流行病学、临床以及病毒基因进化特征（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词表 |
| 前言 |
| 第一部分 SFTS流行病学、临床以及病原体基因进化特征研究 |
| 一、引言 |
| 二、材料与方法 |
| 三、结果 |
| 四、讨论 |
| 第二部分 COVID-19流行病学、临床及病原体基因进化研究 |
| 一、引言 |
| 二、材料与方法 |
| 三、结果 |
| 四、讨论 |
| 第三部分 东南沿海地区自然疫源性疾病监测 |
| 一、引言 |
| 二、材料与方法 |
| 三、结果 |
| 四、讨论 |
| 参考文献 |
| 综述 One Health Strategy and its Usage to Prevent Zoonosis in Military Troops |
| References |
| 在读期间发表论文和参加科研工作情况说明 |
| 致谢 |
（3）基于多信息融合的结核病相关基因预测及其网络分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 第一章 前言 |
| 1.1 结核病研究进展 |
| 1.1.1 结核分枝杆菌 |
| 1.1.2 结核病的诊断 |
| 1.1.3 结核病的治疗 |
| 1.2 研究结核病宿主免疫反应的实验方法和计算方法 |
| 1.2.1 研究结核病宿主免疫反应的实验方法 |
| 1.2.2 基于预测的跨物种PPI研究宿主免疫反应 |
| 1.2.3 基于宿主基因表达芯片数据研究宿主免疫反应 |
| 1.3 相关数据库整理 |
| 1.3.1 蛋白质相关数据库 |
| 1.3.2 药物相关数据库 |
| 1.3.3 基因芯片相关数据 |
| 1.4 论文的研究目的和意义 |
| 第二章 基于多信息融合预测结合分枝杆菌-人蛋白质相互作用网络 |
| 2.1 研究背景 |
| 2.2 数据集与方法 |
| 2.2.1 预测方法概述 |
| 2.2.2 基于模板方法预测结核分枝杆菌-人蛋白质相互作用 |
| 2.2.3 基于结构域相互作用预测结核分枝杆菌-人蛋白质相互作用 |
| 2.2.4 基于机器学习算法预测结核分枝杆菌-人蛋白质相互作用 |
| 2.2.5 结核分枝杆菌-人PPI中蛋白质的属性提取 |
| 2.2.6 结核分枝杆菌-人PPI中蛋白质的功能富集 |
| 2.2.7 三联体临近性和共表达分析 |
| 2.2.8 抗结核分枝杆菌药物靶标及其药物化合物的信息提取 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 使用已知的HIV-1-人PPI评估本文的算法 |
| 2.3.2 构建结核分枝杆菌-人PPI网络 |
| 2.3.3 验证结核分枝杆菌-人PPI中的人类靶标 |
| 2.3.4 结核分枝杆菌-人PPI中蛋白质的序列、结构和进化属性 |
| 2.3.5 结核分枝杆菌-人PPI中蛋白质的功能富集 |
| 2.3.6 结核分枝杆菌-人PPI中蛋白质的通路富集分析 |
| 2.3.7 三联体临近性和共表达分析 |
| 2.3.8 潜在的抗结核分枝杆菌可药靶标和化合物 |
| 2.3.9 网络服务 |
| 2.4 总结与讨论 |
| 第三章 基于一致性差异相互作用研究潜伏期与活动期感染的共性和差异 |
| 3.1 研究背景 |
| 3.2 数据集与方法 |
| 3.2.1 蛋白质-蛋白质相互作用和基因表达谱的数据收集 |
| 3.2.2 一致性差异相互作用分析 |
| 3.2.3 一致性差异表达分析 |
| 3.2.4 已知的病原体靶标和功能重要的基因 |
| 3.2.5 CDEN方法识别的基因的特征提取 |
| 3.2.6 识别网络模块 |
| 3.2.7 CDEN基因和基因对应用于不同疾病状态的分类 |
| 3.2.8 T分布随机邻域嵌入(t-SNE)分析 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 CDEN方法识别的LTB和 PTB感染相关基因和基因对 |
| 3.3.2 CDEN方法的可靠性和优势 |
| 3.3.3 LTB和 PTB在节点(基因)水平上的比较 |
| 3.3.4 LTB和 PTB在边(相互作用)和模块(通路)水平上比较 |
| 3.3.5 CDEN中的节点和边在抗TB治疗后表现出动态变化 |
| 3.3.6 潜在的抗结核药物基因对和相关化合物 |
| 3.4 总结与讨论 |
| 第四章 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 附录A 附表 |
| 附录B 攻读博士期间发表的论文 |
| 致谢 |
（4）基于药靶严格确证的可药性发现和药靶预测新型算法构建（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 略缩词列表 |
| 1 绪论 |
| 1.1 药物靶点研究背景 |
| 1.1.1 药物发现的过程 |
| 1.1.2 药物靶点 |
| 1.1.3 药靶识别 |
| 1.1.4 药靶验证 |
| 1.2 药靶研究进展 |
| 1.2.1 成功药靶 |
| 1.2.2 药靶公共数据库 |
| 1.2.3 药靶预测方法 |
| 1.3 药靶发现目前存在的问题 |
| 1.3.1 药靶定义模糊 |
| 1.3.2 临床药物不足,药物及药靶与通路的连接缺失 |
| 1.3.3 辅助精准医疗的药靶相关信息严重缺失 |
| 1.3.4 缺乏对药靶特征及其组合特征的整体认识 |
| 1.3.5 用于药靶发现的预测工具匮乏 |
| 1.4 解决方案 |
| 1.4.1 建立药靶严格确证的新策略 |
| 1.4.2 临床药物的收集及其药靶的确证并建立与通路的交叉连接 |
| 1.4.3 增加用于精准医疗相关药靶研究的重要信息 |
| 1.4.4 尝试建立药靶及其组合的特征规律 |
| 1.4.5 构建可用于药靶发现的新型算法 |
| 1.5 本研究的意义、主要内容和创新点 |
| 1.5.1 本研究的意义 |
| 1.5.2 本研究的主要内容 |
| 1.5.3 本研究的创新点 |
| 2 治疗药靶数据库(TTD)的升级 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 药靶严格确证及临床药物收集 |
| 2.2.1 药靶严格确证新策略 |
| 2.2.2 临床药物的收集 |
| 2.3 药物、药靶与生物学通路的交叉连接 |
| 2.3.1 材料与方法 |
| 2.3.2 结果与讨论 |
| 2.4 耐药性突变 |
| 2.4.1 材料与方法 |
| 2.4.2 结果与讨论 |
| 2.5 药靶组合 |
| 2.5.1 材料与方法 |
| 2.5.2 结果与讨论 |
| 2.6 药靶在特定组织的表达量 |
| 2.6.1 材料与方法 |
| 2.6.2 结果与讨论 |
| 2.7 本章小结 |
| 3 创新药靶的研究进展及其特征分析 |
| 3.1 背景 |
| 3.1.1 近年来FDA药物批准情况 |
| 3.1.2 药靶可药性的初步判断标准缺失 |
| 3.1.3 分析创新药靶的方向 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 数据收集与处理 |
| 3.2.2 人类蛋白质互作网络构建 |
| 3.2.3 网络描述符的计算 |
| 3.2.4 创新药靶系统特性计算 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 创新药靶临床试验进展情况 |
| 3.3.2 反映创新药靶临床试验进展快慢的因素 |
| 3.3.3 创新药靶的主要特征 |
| 3.3.4 区分创新药靶临床进展快慢的特征 |
| 3.3.5 展望 |
| 3.5 本章小结 |
| 4 多靶点药物与组合药物在人类激酶组中的对比研究 |
| 4.1 背景 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 数据收集与预处理 |
| 4.2.4 建立药物与药靶相互作用网络 |
| 4.2.5 成功药靶系统发育树的构建 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 多靶点药物及组合药物在人类激酶组中分布 |
| 4.3.2 批准的多靶点药物和组合药物的药物-药靶相互作用网络 |
| 4.3.3 药靶对在系统发育树和生物化学分类的比较 |
| 4.3.4 分析药物-药靶相互作用的疾病子网络 |
| 4.4 本章小节 |
| 5 基于蛋白质功能预测的药靶预测新型算法构建 |
| 5.1 背景 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 数据收集与数据集构建 |
| 5.2.2 蛋白质描述符计算 |
| 5.2.3 蛋白质功能家族预测模型 |
| 5.2.4 性能评估方法 |
| 5.3 结果和讨论 |
| 5.3.1 预测结果评估 |
| 5.3.2 与其他蛋白质功能预测工具的比较 |
| 5.3.3 整合多种预测方法 |
| 5.3.4 展望 |
| 5.4 本章小节 |
| 6 结论及展望 |
| 6.1 结论 |
| 6.2 对未来工作的展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| A.作者在攻读学位期间发表论文目录 |
| B.作者在攻读学位期间参加的科研项目目录 |
| C.药物临床数据的来源 |
| D.SVMProt覆盖的蛋白质功能族完整列表以及 SVM,kNN和PNN模型在独立测试集上的的预测性能 |
（5）动物肉源沙门氏菌头孢菌素、多粘菌素耐药基因的流行和传播机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 中英文对照表 |
| 引言 |
| 第一章 文献综述 |
| 第一节 畜牧养殖业中抗生素的使用现状 |
| 1.1 抗生素在畜禽养殖中的应用现状 |
| 1.2 β-内酰胺类药物在畜禽养殖中的使用情况 |
| 1.3 多粘菌素在畜禽养殖中的使用情况 |
| 第二节 沙门氏菌的耐药研究概况 |
| 2.1 沙门氏菌耐药的产生和发展状况 |
| 2.2 畜禽肉源沙门氏菌的污染情况概述 |
| 第三节 CTX-M型ESBLs和mcr-1的研究进展 |
| 3.1 CTX-M型ESBLs的研究进展 |
| 3.2 耐多粘菌素mcr-1的研究进展 |
| 第四节 本研究的目的和意义 |
| 4.1 本研究的目的和意义 |
| 4.2 本研究的主要内容 |
| 第二章 不同分离方法获得的动物肉源沙门氏菌的特征 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 沙门氏菌分离、鉴定及药敏试验 |
| 1.3 非重复沙门氏菌血清型鉴定 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 沙门氏菌的流行状况与分析 |
| 2.2 沙门氏菌的血清型分布与分析 |
| 2.3 沙门氏菌的耐药检测结果与分析 |
| 2.4 主要沙门氏菌血清型的耐药特性 |
| 3 讨论 |
| 4 总结 |
| 第三章 动物肉源沙门氏菌CTX-M型ESBLs耐药基因的检测及其流行性传播机制研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 沙门氏菌分离、鉴定及药敏试验 |
| 1.3 CTX-M型ESBLs基因的检测及药敏试验、血清鉴定 |
| 1.4 bla_(CTX-M)阳性沙门氏菌的PFGE分型 |
| 1.5 bla_(CTX-M)阳性沙门氏菌接合实验 |
| 1.6 含有bla_(CTX-M)耐药质粒原菌及其接合子的S1—PFGE |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 深圳地区沙门氏菌分离菌株结果与分析 |
| 2.2 CTX-M型ESBLs基因的检测和药敏试验、血清鉴定结果与分析 |
| 2.3 bla_(CTX-M)阳性沙门氏菌PFGE分型结果与分析 |
| 2.4 接合实验原菌及接合子药敏结果与分析 |
| 2.5 含有bla_(CTX-M)耐药质粒原菌及其接合子的S1-PFGE结果与分析 |
| 2.6 沙门氏菌菌株接合转移情况 |
| 2.7 接合成功沙门氏菌的PFGE同源性分析 |
| 3 讨论 |
| 3.1 沙门氏菌分菌率和耐药性的分析 |
| 3.2 动物肉源沙门氏菌CTX-M型ESBLs耐药基因的检测和PFGE分型研究 |
| 3.3 动物肉源CTX-M型ESBLs流行传播机制的初步探究 |
| 4 总结 |
| 第四章 动物肉源沙门氏菌mcr-1耐药基因的检测及其流行病学研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 沙门氏菌mcr-1耐药基因的检测及药敏试验、血清鉴定 |
| 1.3 mcr-1阳性沙门氏菌的PFGE分型 |
| 1.4 mcr-1阳性沙门氏菌的接合实验 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 mcr-1耐药基因检测、药敏试验和血清鉴定的结果与分析 |
| 2.2 PFGE结果与分析 |
| 2.3 接合实验结果与分析 |
| 3 讨论 |
| 4 总结 |
| 第五章 动物肉源沙门氏菌mcr-1耐药基因传播机制的研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.2 参考菌株 |
| 1.3 主要试剂 |
| 1.4 主要仪器设备 |
| 1.5 mcr-1阳性沙门氏菌及其接合子的S1-PFGE |
| 1.6 Southern Blot |
| 1.7 质粒的提取 |
| 1.8 质粒测序 |
| 2 接合成功沙门氏菌及其接合子的S1-PFGE结果与分析 |
| 2.1 含有mcr-1耐药质粒原菌及其接合子的S1-PFGE和Southern Blot结果与分析 |
| 2.2 16株接合子质粒的S1-PFGE及相关信息 |
| 3 质粒测序结果与分析 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 全文结论 |
| 本论文的创新点 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表以及参与的学术论文 |
（6）特大城市市政污泥的理化特性与深度脱水减量化（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 选题背景 |
| 1.1.1 污泥问题突显 |
| 1.1.2 全国污泥处理现状 |
| 1.1.3 北京污泥处理处置现状 |
| 1.2 国内外研究现状 |
| 1.2.1 污泥来源与分类 |
| 1.2.2 污泥的构成与性质 |
| 1.2.3 影响污泥脱水性能的影响因子 |
| 1.2.4 污泥脱水调质方法 |
| 1.2.5 污泥后续处置及利用 |
| 1.3 科学问题与研究意义 |
| 1.3.1 科学问题认识 |
| 1.3.2 研究目的与研究意义 |
| 1.4 主要内容与技术路线 |
| 1.4.1 主要研究内容 |
| 1.4.2 技术路线 |
| 第2章 污水厂污泥脱水理化性能分析 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 实验方法介绍 |
| 2.2.1 实验内容 |
| 2.2.2 检测指标 |
| 2.2.3 实验材料和方法 |
| 2.3 实验结果及讨论 |
| 2.3.1 各厂剩余污泥特性变化特征 |
| 2.3.2 影响污泥脱水性相关因素分析 |
| 2.3.3 化学药剂对污泥脱水性能影响分析 |
| 2.3.4 热处理对污泥脱水性能影响分析 |
| 2.4 本章小结 |
| 第3章 污水厂污泥深度脱水实验分析 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 实验目的 |
| 3.3 实验方法介绍 |
| 3.3.1 化学调理加高压板框脱水实验 |
| 3.3.2 电渗透深度脱水实验 |
| 3.4 实验结果与讨论 |
| 3.4.1 化学调理结合高压板框 |
| 3.4.2 电渗透深度脱水 |
| 3.4.3 讨论 |
| 3.5 经济性分析 |
| 3.5.1 化学调理运行成本分析 |
| 3.5.2 电渗透运行成本分析 |
| 3.5.3 综合运营成本分析 |
| 3.6 本章小结 |
| 第4章 污水处理厂污泥深度脱水工程实践 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 总体规划 |
| 4.3 深度脱水工程建设的必要性和紧迫性 |
| 4.4 设计参数 |
| 4.4.1 设计泥量 |
| 4.4.2 处理目标和标准 |
| 4.4.3 深度脱水机房设计 |
| 4.5 生产调试数据 |
| 4.6 本章小结 |
| 第5章 结论和展望 |
| 5.1 主要结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 学位论文主要工作（贡献）表 |
| 作者简介 |
| 在学期间(待)发表的学术论文 |
（7）水体病原微生物定量风险评价:历史、现状与发展趋势（论文提纲范文）
| 1引言(Introduction) |
| 2风险评价的发展历史( The history of risk assessment) |
| 3 QMRA主要内容及研究进展( The content and development of QMRA research) |
| 3.1 危害鉴定 |
| 3.2 暴露评价 |
| 3.2.1水中病原体浓度 |
| 3.2.2暴露参数 |
| 3.3 剂量#反应关系评价 |
| 3.4 风险表征 |
| 3.4.1评价终点 |
| 3.4.2不确定性分析 |
| 4 QMRA研究与应用分析( Analysis of QMRA research and applications) |
| 5 结论(Conclusions) |
（8）旋毛虫核酸酶的性质及其在旋毛虫逃避METs中的作用研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 英文缩写词表 |
| 前言 |
| 第一篇 文献综述 |
| 第一章 先天性免疫细胞胞外诱捕网的研究进展 |
| 1.1 中性粒细胞胞外诱捕网 |
| 1.2 中性粒细胞之外的先天性免疫细胞胞外诱捕网 |
| 1.3 ETs 形成的分子机制 |
| 1.4 ETs 在宿主防御中的作用 |
| 1.5 病原体逃避 ETs 防御的策略 |
| 1.6 ETs 与自身免疫和炎性疾病 |
| 1.7 展望 |
| 第二章 细胞凋亡中相关的酸性核酸内切酶的研究进展 |
| 2.1 细胞凋亡的相关 DNase |
| 2.2 DNase I 及其在细胞凋亡中的作用 |
| 2.3 细胞 pH 稳态与细胞凋亡 |
| 2.4 酸性 DNase |
| 2.5 DNase IIα、DNase IIβ和 L-DNase II |
| 2.6 DNase II 功能研究的模型 |
| 2.7 展望 |
| 第二篇 研究内容 |
| 第一章 旋毛虫对小鼠巨噬细胞 METS的诱导作用研究 |
| 1.1 材料与方法 |
| 1.2 实验结果 |
| 1.3 讨论 |
| 1.4 小结 |
| 第二章 旋毛虫核酸酶的性质及鉴定 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.2 实验结果 |
| 2.3 讨论 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 旋毛虫 PLANCITOXIN-1-LIKE基因的性质研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.3 讨论 |
| 3.4 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 导师简介 |
| 作者简介及在学期间取得的科研成果 |
| 致谢 |
（9）转化医学科研组织模式构建的研究（论文提纲范文）
| 缩略语表 英文摘要 中文摘要 第一章 |
| 导论 1.1 |
| 研究背景、目的和意义 1.2 |
| 国内外研究现状 1.3 |
| 相关概念界定 1.4 |
| 研究内容和研究方法 1.5 |
| 研究思路和技术路线 参考文献 第二章 |
| 转化医学科研组织模式构建的理论探讨 2.1 |
| 影响转化医学科研组织模式形成及发展的理论因素研究 2.2 |
| 影响转化医学科研组织模式建立的实践因素研究 2.3 |
| 当代生物医学发展对科研组织管理改革的启示 参考文献 第三章 |
| 转化医学的内涵及其对科研组织管理创新的影响 3.1 |
| 研究目的、方法和技术路线 3.2 |
| 研究结果 3.3 |
| 讨论 3.4 |
| 转化医学发展对科研组织管理模式改革创新的启示 参考文献 第四章 |
| 国内外转化医学科研组织模式案例研究 4.1 |
| 研究目的、方法和技术路线 4.2 |
| 研究结果 4.3 |
| 中美转化医学科研组织模式的对比研究 4.4 |
| 国内外转化医学科研组织模式对比研究的启示 参考文献 第五章 |
| 转化医学科研组织模式调查研究 5.1 |
| 研究目的、方法和技术路线 5.2 |
| 问卷调查结果 5.3 |
| 定性研究结果 5.4 |
| 讨论 参考文献 第六章 |
| 转化医学科研组织模式的构建 6.1 |
| 转化医学科研组织模式的构建原则 6.2 |
| 转化医学科研组织模式的构建方法 6.3 |
| “全维式交叉协同”转化医学科研组织模式的构建 6.4 |
| 转化医学中心的建设构想 6.5 |
| 对中国转化医学科研组织模式改革的建议 参考文献 全文总结 文献综述 参考文献 附件 攻读学位期间发表论文与参加科学研究情况 致谢 |
（10）多重PCR结合基因芯片技术检测国境口岸蜚蠊携带病原菌的应用研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 前言 |
| 第一篇 文献综述 |
| 第一章 国境口岸常见蜚蠊的种类及防控蜚蠊的意义 |
| 1 蜚蠊生物学特征 |
| 2 我国常见的蜚蠊种类及在口岸的分布 |
| 3 蜚蠊的公共卫生危害 |
| 4 蜚蠊的控制措施 |
| 5 口岸防控蜚蠊的意义 |
| 第二章 蜚蠊携带的常见病原菌及其鉴定方法 |
| 1 本研究所涉及的病原菌及其危害 |
| 2 常见病原菌鉴定方法 |
| 第三章 多重PCR技术在病原体检测中的应用及进展 |
| 1 多重PCR技术原理 |
| 2 多重PCR技术的影响因素及条件优化 |
| 3 多重PCR在感染性疾病诊断中的应用 |
| 4 总结与展望 |
| 第四章 基因芯片技术在病原微生物检测中的应用 |
| 1 基因芯片技术简介 |
| 2 基因芯片技术在病原微生物检测中的应用 |
| 3 基因芯片技术展望 |
| 第二篇 研究内容 |
| 第一章 多重PCR结合基因芯片技术检测11种病原菌的研究 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 第二章 基因芯片技术检测国境口岸蜚蠊携带病原菌的应用研究 |
| 1 材料与方法 |
| 2 结果 |
| 3 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间发表的论文及参加的课题 |
| 致谢 |
四、病原微生物向人类挑战（论文参考文献）
- [1]发展疫源动物融合科学的思考与建议[J]. 周旭明. 科学通报, 2020(22)
- [2]重要新发传染病（SFTS和COVID-19等）的流行病学、临床以及病毒基因进化特征[D]. 刘吉洛. 中国人民解放军海军军医大学, 2020(02)
- [3]基于多信息融合的结核病相关基因预测及其网络分析[D]. 孙隽. 华中农业大学, 2019(01)
- [4]基于药靶严格确证的可药性发现和药靶预测新型算法构建[D]. 李映红. 重庆大学, 2018(05)
- [5]动物肉源沙门氏菌头孢菌素、多粘菌素耐药基因的流行和传播机制研究[D]. 张金飞. 南京农业大学, 2017(03)
- [6]特大城市市政污泥的理化特性与深度脱水减量化[D]. 许世伟. 中国地质大学(北京), 2015(07)
- [7]水体病原微生物定量风险评价:历史、现状与发展趋势[J]. 张振兴,王江权,郑祥. 环境科学学报, 2016(01)
- [8]旋毛虫核酸酶的性质及其在旋毛虫逃避METs中的作用研究[D]. 廖成水. 吉林大学, 2014(03)
- [9]转化医学科研组织模式构建的研究[D]. 周来新. 第三军医大学, 2012(06)
- [10]多重PCR结合基因芯片技术检测国境口岸蜚蠊携带病原菌的应用研究[D]. 贺晨. 吉林大学, 2011(09)