一、核结合因子1表达的调控(论文文献综述)
陈子扬,蒲锐,邓爽,刘敏[1](2022)在《m6A甲基化与代谢性疾病调控》文中指出背景:m6A甲基化修饰已逐渐成为生命科学与运动医学的研究热点与新方向,且诸多研究已证实m6A甲基化修饰与各类疾病关系密切,并在代谢类疾病的诊断和治疗中发挥关键作用,但其机制尚未阐明。目的:探讨m6A甲基化与各类代谢性疾病的关系,综述m6A及相关的酶在代谢性疾病调控中的最新研究进展,并对其具体分子机制进行详细概述,旨在为代谢性疾病的诊疗提供新的方向。方法:以"m6A,obesity,type 2 diabetes,nonalcoholic fatty liver disease,osteoporosis"为英文主题词和"m6A,肥胖,2型糖尿病,非酒精性脂肪肝,骨质疏松"为中文主题词,分别在PubMed和CNKI数据库检索m6A甲基化与各种代谢性疾病发生发展的相关国内外最新研究成果。根据纳入及排除标准最终纳入51篇文献进行归纳总结。结果与结论:(1)m6A甲基化可通过各种信号通路广泛参与各类代谢性疾病的发生发展,m6A对RNA的动态调控通过相关的酶调节脂肪生成、葡萄糖和脂质代谢、胰岛β细胞功能、胰岛素抵抗、血糖稳态和骨形成等进程,进而在肥胖症、2型糖尿病、非酒精性脂肪肝和骨质疏松症中发挥关键作用。(2)m6A甲基化酶FTO及相关酶与各类代谢性疾病发生发展关系密切,可作为其诊断的生物标记物。此外,m6A甲基化也可能成为脂肪代谢、脂质分化等进程的有效指标,并为其诊断提供更多的选择。
陈子扬,蒲锐,邓爽,刘敏[2](2022)在《m6A甲基化与代谢性疾病调控》文中指出背景:m6A甲基化修饰已逐渐成为生命科学与运动医学的研究热点与新方向,且诸多研究已证实m6A甲基化修饰与各类疾病关系密切,并在代谢类疾病的诊断和治疗中发挥关键作用,但其机制尚未阐明。目的:探讨m6A甲基化与各类代谢性疾病的关系,综述m6A及相关的酶在代谢性疾病调控中的最新研究进展,并对其具体分子机制进行详细概述,旨在为代谢性疾病的诊疗提供新的方向。方法:以"m6A,obesity,type 2 diabetes,nonalcoholic fatty liver disease,osteoporosis"为英文主题词和"m6A,肥胖,2型糖尿病,非酒精性脂肪肝,骨质疏松"为中文主题词,分别在PubMed和CNKI数据库检索m6A甲基化与各种代谢性疾病发生发展的相关国内外最新研究成果。根据纳入及排除标准最终纳入51篇文献进行归纳总结。结果与结论:(1)m6A甲基化可通过各种信号通路广泛参与各类代谢性疾病的发生发展,m6A对RNA的动态调控通过相关的酶调节脂肪生成、葡萄糖和脂质代谢、胰岛β细胞功能、胰岛素抵抗、血糖稳态和骨形成等进程,进而在肥胖症、2型糖尿病、非酒精性脂肪肝和骨质疏松症中发挥关键作用。(2)m6A甲基化酶FTO及相关酶与各类代谢性疾病发生发展关系密切,可作为其诊断的生物标记物。此外,m6A甲基化也可能成为脂肪代谢、脂质分化等进程的有效指标,并为其诊断提供更多的选择。
薛正莲,王珊,孙俊峰,王芳,周健[3](2021)在《链霉菌形态分化与次级代谢产物合成的研究进展》文中指出链霉菌是一类具有复杂的形态分化周期和强大的次级代谢能力的高GC含量的放线菌,能够利用其初级代谢产生的前体化合物和能量,合成多种结构复杂、功能多样的具有生物活性的次级代谢产物,在农业、食品、畜牧业、工业以及医药研究等领域都具有重要的价值。在链霉菌的形态分化后期常常伴随着次级代谢产物的生物合成,并且两者都受到复杂的网络调控;同时链霉菌的形态对次级代谢产物的产量和种类造成很大影响。对链霉菌生长周期的全面理解将加深对链霉菌形态分化与次级代谢产物合成关系的认识。本文将对链霉菌的形态分化过程、形态分化和抗生素合成两者共同的调控因子以及链霉菌形态与抗生素产量之间的关系进行综述,这将有助于理解抗生素的合成过程,也将会在缩短发酵周期、构建高产工程菌株、新型杀菌剂的研发以及新型抗生素的合成等方面给予我们启发。
李莎莎[4](2021)在《葡萄种子败育因子与无核抗病葡萄种质创制研究》文中研究说明无核性状是国际鲜食葡萄的重要研究和育种方向。胚挽救技术的应用,使种子败育型葡萄作母本进行大田杂交后,不仅提高后代的无核率,而且缩短育种周期。种子败育型葡萄果实发育进程中,种子败育与形成无核果实的相关基因是什么?这些基因表达与调控机理是什么?搞清楚这些基因的作用与相互关系,对无核葡萄育种具有重要的科学意义与实际应用价值。本文首先以种子败育型葡萄‘无核白’为材料,在种子败育过程中观察胚珠的形态和组织解剖结构,并测定其内源激素含量,分析不同基因在‘无核白’和有核葡萄‘黑比诺’的种子败育/发育过程中的差异表达,筛选出种子败育相关基因;同时以种子败育型葡萄作母本,引入抗病的中国野生葡萄及其后代材料作父本杂交后,利用胚挽救技术创制无核抗病新种质。取得的主要结果如下:1.‘无核白’种子败育过程中形态、组织解剖和内源激素水平等发生变化。在32~42 DAF(days after flowering,开花后天数)观察杨凌地区‘无核白’发育的胚珠形态大小不一,在37 DAF其种皮褐变和皱缩。石蜡切片观察‘无核白’从32 DAF开始胚囊皱缩,胚乳细胞降解、退化,且内、外种皮分离,在42 DAF与‘红宝石无核’的球形胚相比,‘无核白’的胚体积小,胚发育延缓。测定‘无核白’胚珠中GA3和ZR含量从36 DAF开始下降,IAA含量从37 DAF开始下降,ABA含量从34 DAF持续升高,(GA3+IAA)/ABA和ZR/ABA含量比率分别从34 DAF和36 DAF开始下降。分析激素合成信号基因的表达情况,从30~45 DAF赤霉素合成基因Vvi GA2ox-3和Vvi GA3ox-1的表达量下降,生长素抑制子Vvi AUX/IAA4和Vvi AUX/IAA8以及脱落酸信号基因Vvi Sn RK2.1和Vvi Sn RK2.2的表达量上升。2.在‘无核白’和‘黑比诺’8个不同败育/发育时期的胚珠中种子发育相关基因、不同转录因子及水杨酸合成和信号途径基因差异表达。从20~55 DAF,8个不同发育时期的胚珠中,种皮发育相关基因Vvi AGL11和胚乳发育相关基因Vvi FIS2和Vvi IKU2的相对表达量均在‘无核白’中持续降低,在‘黑比诺’中升高;胚乳发育相关基因Vvi PHERES1在‘无核白’中先升高后降低,在‘黑比诺’中持续升高;转录因子Vvi WRKY3、Vvi WRKY52和Vvi HB7在‘无核白’中的表达量持续升高,但在‘黑比诺’中变化趋势不明显,Vvi WRKY6的表达量在‘无核白’中先升高后降低,在‘黑比诺’中基本不变。依赖水杨酸合成和信号途径基因Vvi EDS1.2、Vvi NDR1和Vvi SID2的表达量在‘无核白’中升高,引起免疫防御反应,促进种子败育。不同组织表达特性分析,Vvi AGL11、Vvi IKU2、Vvi WRKY3、Vvi WRKY6和Vvi WRKY52在无核葡萄和有核葡萄的胚珠中表达量最高;Vvi PHERES1在有核葡萄的胚珠中表达量最高。3.利用胚挽救技术以种子败育型葡萄为母本分别与中国野生葡萄(杂种)、欧洲无核葡萄作父本杂交,共配置了24个组合,获得2259株无核、抗病新株系。以‘红宝石无核’‘昆香无核’和‘火焰无核’作母本,‘塘尾’‘双优’‘北醇’‘阳光玫瑰’‘红宝石无核’‘无核白’和‘爱神玫瑰’等作父本时胚挽救效率较好。当‘无核白’‘红宝石无核’‘火焰无核’‘昆香无核’和‘克瑞森无核’分别作母本时,最佳取样时间分别为开花后39天、授粉后57~58天、40~41天、50天和42天。通过优化胚挽救技术体系,在‘火焰无核’葡萄开花前外源喷施5 mg/L的油菜素内酯,显着提高其胚发育率,并增加多胚的数量;以ER为基础培养基,添加水杨酸合成抑制剂可提高胚发育率;以WPM为基础培养基,添加1.0μmol TDZ显着提高杂种胚的成苗率。4.通过分子标记辅助选择和田间抗病性调查获得一批无核、抗病新种质。共移栽炼苗成活1662个胚挽救杂种,通过无核性状分子标记GSLP1和SCF27检测杂种后代中携带目的条带有484株;通过抗霜霉病分子标记S382和S294检测杂种后代中携带目的条带有25株。田间抗病性鉴定出杂种后代中抗白粉病51株和抗霜霉病96株。综上所述,‘无核白’种皮发育相关基因Vvi AGL11的转录水平降低,促进种皮褐变、皱缩,内外种皮分离;胚乳发育相关基因Vvi FIS2、Vvi PHERES1和Vvi IKU2的转录水平降低,促进胚乳降解;以及内源GA3、IAA、ZR和ABA之间的含量变化和水杨酸合成和信号基因介导的防御反应等,共同促进葡萄种子败育,且种皮的降解与胚乳的退化同步发生。
汤丽玉[5](2021)在《Csrp2在低氧性肺动脉高压中的作用》文中研究指明肺动脉高压(Pulmonary hypertension,PH)是一种恶性程度很高的疾病,威胁人们健康,病理特征显示肺动脉血管细胞的过度增殖,血管收缩和重构以及肺动脉阻塞等。富含半胱氨酸和甘氨酸的蛋白2(Cysteine and glycine-rich protein 2,Csrp2),属于Csrp基因家族的成员之一,编码一组LIM结构域蛋白。有研究结果表明,Csrp2可促进细胞增殖、迁移,影响细胞周期进程,是一种新的侵袭性肌动蛋白捆绑因子,能显着促进某些癌细胞的侵袭甚至转移,与肿瘤复发和化疗耐药有关。Csrp2可在血管平滑肌细胞(Vascular smooth muscle cell,VSMCs)中表达,与动脉粥样硬化有密切关系,可调节VSMCs的增殖和迁移,防止病理性血管重构,还能在动脉平滑肌细胞的增殖以及去分化中起作用,然而目前Csrp2在PH中有何作用仍不清楚。本课题通过低氧(Hypoxia)建立大鼠PH模型,研究Csrp2的表达以及在PH中作用及其可能的机制。分别从细胞水平和分子水平证明了Csrp2对PH的作用,为研究PH的发病机制提供新的理论依据和治疗靶点。目的:明确Csrp2在肺动脉的表达,探究其在PH疾病的发生发展中的作用。方法:采用低氧和野百合碱(Monocrotaline,MCT)诱导大鼠PH,进行一系列实验研究。(1)血流动力学检测方法测定大鼠右心室收缩压(Right ventricular systolic pressure,RVSP)、右心室质量指数(Right ventricular mass index,RVMI);(2)苏木素伊红染色(Hematoxylin-eosin staining,HE)检测肺血管重构程度;(3)运用蛋白质组学(TMT)测序筛选Csrp2基因;(4)RT-PCR、Western blot、免疫组化以及免疫荧光检测方法测定大鼠肺动脉(Pulmonary arteries,PAs)标本以及肺动脉平滑肌细胞(Pulmonary arterial smooth muscle cells,PASMCs)Csrp2的表达与定位;(5)通过干扰和过表达技术,测定Csrp2对PASMCs增殖的影响;(6)通过STRING数据库预测Ying Yang1(YY1)和Csrp2的相互作用,并结合过表达技术,观察YY1对Csrp2的调节作用;(7)RT-PCR、Western Blot、免疫组化检测方法检测相关因子Wnt3α、LEF1、β-catenin蛋白表达;(8)通过干扰和过表达技术,检测Csrp2对Wnt通路相关因子的调节作用。结果:(1)与正常对照组相比较,低氧组的RVSP及RVMI均明显升高,血管增粗,说明模型成功制备;(2)TMT测序及在PAs和PASMCs的验证结果显示Csrp2在低氧诱导的PH组中表达显着升高;(3)干扰Csrp2能抑制PASMCs的增殖和表型转变,过表达Csrp2后,促进PASMCs的增殖和表型转变;(4)过表达YY1后,Csrp2表达有所降低;(5)Wnt通路抑制剂ICG001以及干扰LEF1表达后,可抑制PASMCs的增殖;(6)干扰Csrp2表达,Wnt3α、LEF1、β-catenin表达较缺氧条件下均有所降低,过表达Csrp2,Wnt3α、LEF1、β-catenin表达较缺氧条件下均有所升高。结论:缺氧使YY1下调,YY1下调可激活Csrp2,通过Wnt通路相关因子Wnt3α、LEF1、β-catenin的表达,从而促进肺血管重构,为研究PH的发病机制提供新的理论依据和治疗靶点。
余敏祥[6](2020)在《水稻抗稻瘟病基因PID3和Pi9的防御信号传导通路研究》文中认为抗病(resistance,R)基因是植物先天免疫的重要组成部分,也是作物育种中极重要的遗传资源。植物的绝大多数R基因编码NLR(nucleotide-binding,leucine-rich-repeat domain-containing)蛋白,用于感受入侵病原菌的效应因子(effector),以引发强烈的免疫反应,从而阻止病原菌生长。R基因的免疫机理是植物生物学研究的一个重要领域,但由其引发的免疫信号传导通路长期以来缺乏一个普遍的认识。水稻(Oryza sativa)是全球主要的粮食作物之一。稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)引起的稻瘟病是水稻最严重的病害之一。水稻中迄今已克隆了20多个与稻瘟病相关的R基因,其中多数编码CNL(CC-NLR)蛋白。稻瘟病菌与水稻的相互作用为探究R基因介导的防御信号传导研究提供了很大的便利。在本论文的前期研究中,已经证实了水稻R基因PID3引发的稻瘟病抗性反应依赖于小G蛋白Os Rac1和下游b HLH(basic helix-loophelix)类转录因子RAI1(Rac immunity1)组成的信号传导链;Os Rac1及其上游鸟苷酸交换因子(guanine nucleotide exchange factor,GEF)Os SPK1在另两个R基因Pit及Pia的免疫反应中的作用也获得了验证。本研究以两个在稻瘟病抗谱上差异较大的R基因PID3和Pi9为例,分别检验Os Rac1及其上下游元件Os SPK1、RAI1在这两个R基因介导的免疫反应中的作用,探索水稻R基因下游一条保守的信号通路,同时还初步探讨了RAI1的表达调控机制,结果如下:1)本研究首先在PID3-TL转基因材料背景下使Os SPK1基因沉默,从遗传学上验证了PID3的稻瘟病抗性同样依赖于Os SPK1;通过GEF抑制剂处理共表达PID3和Os Rac1的水稻原生质体,发现受诱发的细胞死亡数量明显减少,证明Os Rac1在PID3下游的作用依赖于Os SPK1;同时,酵母双杂交(yeast two-hybridization,Y2H)实验还进一步显示PID3和Os SPK1间存在分子互作。由此本研究认为,在PID3对稻瘟病菌的免疫应答中,Os SPK1、Os Rac1和RAI1组成了一条主要的防御信号传导路径。2)鉴于PID3和Pit的相对窄谱抗性,本研究还在稻瘟病抗谱更广、同时与前二者在进化关系上距离较远的R基因Pi9上对以上信号传导元件进行验证。通过在Pi9-TL转基因材料中分别构建Os SPK1和Os Rac1的基因沉默突变,证明了这两个组分同样为Pi9的稻瘟病抗性所必需;接着,通过RNA干扰以及嵌合抑制沉默实验,证明了RAI1对Pi9稻瘟病抗性的重要性;免疫印迹分析发现,Pi9-TL相比稻瘟病易感的背景材料TP309,其体内RAI1水平在侵染前期被快速诱导,而在后期维持较高水平,表明Pi9可能通过影响RAI1的蛋白水平而发挥作用;进一步地,Y2H和双分子荧光互补试验分别证明了Pi9与RAI1在细胞核内的互作;同时,酵母自激活检测和双荧光报告基因体系分别验证了RAI1的转录激活活性。由此表明,Os SPK1、Os Rac1和RAI1分别在水稻R基因PID3和Pi9的免疫体系中具有共通性,它们可能共同构成水稻R基因介导的一条保守的信号传导途径。3)作为具有转录激活活性又是R基因介导抗性的重要调控因子,本研究还对RAI1自身如何受控进行了初步的探究。利用酵母c DNA文库在水稻中鉴定到了RAI1的一个互作子OsRPT2a(regulatory particle AAA+ATPase 2a),它是水稻26S蛋白酶体19S调节组分上的一个亚基,Y2H试验验证了OsRPT2a的羧基末端与RAI1的互作关系;体外磷酸水平检测试验表明OsRPT2a具有一定的ATP水解酶活性;而对胞内分布的统计结果显示,OsRPT2a主要以聚集体形式分布于液泡和内质网腔中,少数在细胞核和胞质中定位,其亚细胞定位部分依赖于氨基端第二个保守的甘氨酸残基;OsRPT2a敲除突变导致水稻植株的抗病性丧失,显示该基因对植物免疫发挥正调控作用;进一步地,体内蛋白降解试验表明,OsRPT2a能够负调控RAI1在胞内的积累,而前者的ATP酶活丧失或在孵育体系中添加蛋白酶体抑制剂均能显着抑制这一调控作用,表明OsRPT2a以依赖于ATP酶活和蛋白酶体活性的方式介导RAI1的体内蛋白降解。本研究因此认为,OsRPT2a通过介导RAI1的表达调控,从而参与控制植物的抗病反应。上述结果表明了水稻NLR下游存在保守信号通路的可能,并初步验证了抗病下游元件RAI1的表达调控机制,为进一步揭示R基因介导的抗病机理提供了参考,同时对生产中的病害防治具有指导意义。
关志炜[7](2020)在《哈氏噬纤维菌类组蛋白HU及IHF的功能研究》文中认为哈氏噬纤维菌(Cytophaga hutchinsonii)属于拟杆菌门(Baacteroidetes),是一种好氧的革兰氏阴性菌。该菌能够通过外膜上的纤维素吸附蛋白与纤维素结合,进而高效地降解纤维素结晶区。C.hutchinsonii不分泌游离的纤维素酶,也无纤维小体结构,研究证实这是一种全新且尚不清楚的纤维素降解策略,揭示C hutchinsonii的纤维素降解策略对纤维素生物质资源的转化及利用具有重要的理论及现实意义。近年来,随着C.hutchinsonii遗传操作方法的建立及不断完善,许多定位在细胞外膜或周质空间的蛋白都被证实在该菌的纤维素降解过程中发挥必需或重要的作用,但这些蛋白的表达受哪些因素调控却知之甚少。C.hutchinsonii中DNA结合蛋白的功能尚未有研究,因此本文以C.hutchinsonii类组蛋白HU及IHF为研究对象,通过基因敲除和异源表达研究了它们各自的功能和生化性质,阐述了它们在菌体形态、拟核结构、细胞运动及生物膜形成等方面的作用,尤其对它们在C.hutchinsonii纤维素降解过程中的作用进行了详细研究。具体研究内容以及取得的主要结果如下:C.hutnchisonii类组蛋白HU的功能研究HU蛋白是最为常见的一种类组蛋白,该蛋白以非序列特异性的方式与DNA结合,从而使DNA弯曲,以有利于DNA-蛋白复合物的形成并调控相应基因的表达。许多细菌的HU蛋白都被报道具有转录调控因子的作用。CHU2750蛋白在NCBI中的注释为histone-like protein HUβ,属于原核的二聚体拟核结合蛋白,亚细胞及拟核的定位显示该蛋白位于细胞中央,戊二醛交联实验发现异源表达的CHU2750蛋白主要以二聚体的活性形式存在。转录水平分析显示,基因chu2750在结晶纤维素的诱导下表达量显着上调,但不能被纤维二糖和无定型纤维素诱导,这说明CHU2750可能与纤维素结晶区的降解有关。为了探索CHU2750的功能以及在C.hutchiinsoni纤维素降解中的作用,实验构建了 chu2750的敲除株Δ2750。A2750菌株表型分析的实验结果表明,虽然chu2750的缺失不影响C.hutchinsonii对无定型纤维素的利用,但在纤维素结晶区降解、细胞运动以及生物膜形成方面存在明显的缺陷。进一步实验发现Δ2750的细胞表面和胞内纤维素内切酶活性显着降低,但β-葡萄糖苷酶活性与野生型相似;此外,Δ2750分泌的胞外多糖明显少于野生型。实验通过实时定量qPCR分析了C.hutchinsonii与纤维素降解和/或细胞运动有关基因的转录水平,发现多个基因在Δ2750中的转录水平显着下调,其中包括部分纤维素内切酶基因和参与纤维素结晶区降解的关键基因chu3220,这可能是Δ2750菌株纤维素结晶区降解能力缺陷的原因。上述结果证实,chu2750虽然不是C.hutchinsonii细胞存活的必需基因,但该基因的缺失抑制了菌体的分裂,导致细胞呈现异常的菌体形态和拟核结构。CHU2750通过调控多个基因的转录影响C.hutchinsonii的纤维素降解、运动以及生物膜形成能力。C.hutchinsonii类组蛋白IHF的功能研究C.hutchinsonii基因组中还有一个与CHU2750具有较高序列一致性的类组蛋白CHU3687,生物信息学分析显示该蛋白是宿主整合因子(IHF)的同源蛋白。实验构建了基因chu3687的敲除株Δ3687,研究发现chu3687的缺失不但影响C.hutchinsonii对纤维二糖和纤维素的利用,还影响C.hutchinsonii在贫瘠环境中的生长以及运动能力。外膜蛋白差异分析显示Δ3687的CHU1277蛋白条带相对野生型明显缺失。CHU1277是已被证实的纤维二糖及纤维素利用的必需蛋白。进一步研究发现异源表达的CHU3687蛋白和chu1277基因上游-250至-550 bp区域存在特异性结合,且CHU3687从转录水平上影响chu1277基因的表达。上述实验结果证实,CHU3687也是通过调控纤维素降解关键基因的转录而影响C.hutchinsonii对纤维素的利用能力。C.hutchinsonii类组蛋白HU及IHF功能的研究为揭示该菌独特的纤维素降解机制提供了帮助,同时也完善了拟杆菌门类组蛋白的功能。
乔豪先[8](2019)在《杀鱼爱德华氏菌关键毒力调控因子EnrR、FabR和EvrA的结构探究》文中研究说明杀鱼爱德华氏菌(Edwardsieiella piscicida)是一种革兰氏阴性病原菌,对全球水产养殖业危害巨大。深入了解该菌的致病机制,对于新型疫苗的研制具有重要意义。Ⅲ型分泌系统(T3SS)和Ⅵ型分泌系统(T6SS)是该菌的关键毒力因子。杀鱼爱德华氏菌中存在多种关键毒力调控因子,包括本课题利用转座子突变文库技术新近鉴定的三种新颖的调控蛋白:FabR、EnrR和EvrA等。其中FabR可受不饱和脂肪酸分子变构,调节脂肪酸合成和T3SS的表达;EnrR是新型的核结合因子,对染色体基因组低G+C区域进行结合,实现对包括T3/T6SS在内菌体毒力的全局性调控;EvrA可能结合甘露糖-6-磷酸,从而反馈调节对宿主来源的甘露糖的转运以及对T3/T6SS毒力因子的表达。本课题分别构建了 FabR、EnrR和EvrA的表达菌株,通过尝试不同的融合蛋白标签、表达质粒、温度以及纯化工艺,获得了纯度较高的FabR、EnrR和EvrA可溶性蛋白。其中在对FabR结构的探索中,通过融合MBP标签成功纯化FabR,并且获得其初步的结晶条件,蛋白分辨率为4.5 A。针对EnrR,通过融合His6标签进行亲和层析纯化,获得其蛋白的结晶条件,经过X-射线衍射后获得分辨率为2.60 A的EnrR蛋白晶体结构数据,尝试了两种方法以确定蛋白质原子坐标相位:1)通过在培养基中加入硒代甲硫氨酸,纯化获得硒代甲硫氨酸蛋白,进行X-射线衍射,获得2.6 A硒代蛋白;2)采用溴代DNA,从而培养获得EnrR与溴代DNA复合物的晶体并进行X-射线衍射,获得1.70 A蛋白与DNA复合物数据,解析出EnrR结构,获得EnrR与DNA复合物结构,从原子水平阐明EnrR与DNA的相互作用,获得EnrR与DNA结合的潜在关键位点R47和R55。针对EvrA,由于该蛋白高聚化并形成包涵体,本课题采用His6-SUMO融合标签,稳定表达了 EvrA中进行小分子结合功能域的截短蛋白,结果表明EvrA始终以高聚化状态存在。本课题通过等温滴定量热法验证了 EvrA与甘露糖-6磷酸(Man-6P)的直接相互作用。本课题通过对上述三种转录因子的表达、纯化和晶体结构探索,为揭示杀鱼爱德华氏菌中关键毒力调控因子对毒力基因表达的分子机制的深入解析打下了较好的基础。
马瑞青[9](2019)在《杀鱼爱德华氏菌新型毒力调控因子的鉴定及功能研究》文中研究指明杀鱼爱德华氏菌(Edwardsiella piscicida)是一种广宿主的肠道致病菌,对多种海水鱼类造成严重感染,给世界各地的水产养殖业造成了重大的经济损失,深入了解其致病机制对防治爱德华氏菌病至关重要。目前已经鉴定出多种与E.piscicida致病过程相关的毒力因子,包括三型分泌系统(T3SS)、六型分泌系统(T6SS)、硫酸软骨素酶、溶血素和鞭毛等。这些大多是在病原菌中普遍存在的毒力因子,在E.piscicida中发挥着类似的功能。本课题组通过转座子插入高通量测序(TIS)筛选出大量杀鱼爱德华氏菌EIB202体内感染必需基因,包括一些功能未知基因或尚未报道与毒力有关的基因。这里面多是E.piscicida的新毒力因子或毒力相关调控因子。本课题对这些因子进行鉴定,分析了它们的功能。采用突变株体内生存必需性模式的分析方法(Pattern analysis of conditional essential loci,PACE),共筛选到89个候选基因。这些基因失活后,细菌在体内定植能力减弱,是潜在的减毒靶点。本课题从这些减毒靶点中选择了保守的假定蛋白ETAE0023作为研究对象。该蛋白属于DcrB蛋白家族,与噬菌体吸附相关,未见与病原菌毒力有关的报道。我们首先通过体内竞争实验验证了 ETAE0023对毒力的影响,发现基因缺失株ΔETAE0023在鱼体内的生存能力明显降低。与已建立的减毒菌株WED和ΔaroC相比,ΔETAE0023在鱼体内被清除得更快,但依然有效激发了宿主免疫反应,尤其是IgM的表达。免疫保护临床试验表明,其免疫保护力高达73.7%。ETAE0023不影响T3SS和T6SS相关蛋白的表达,但是对EIB202侵染鱼类细胞的黏附过程具有重要作用。这些结果表明,ETAE0023是非常有前景的杀鱼爱德华氏菌减毒靶点。在体内感染的必需基因中,ftsH、hfK和hflC的突变都会显着降低EIB202在体内的生存能力,三者分别编码膜蛋白酶FtsH和它的两个调节蛋白HflK和HflC,会在细胞质膜上形成复合物。ftsH在多种肠道病原菌中为生长必需基因,而hflK和hflC尚未发现会对病原菌毒力产生影响,表明三者在杀鱼爱德华氏菌中的功能具有独特性。本课题对FtsH及其调节蛋白在EIB202中的功能进行了分析。通过体内竞争实验,证明了三者的缺失显着降低了 EIB202在体内的定植能力。侵染实验进一步证明,三者对EIB202侵染斑马鱼细胞ZF4的内化过程具有重要作用。ftsH的缺失会增强EIB202在饥饿和高渗透压条件下的生存能力,导致其底物LpxC和YfgM产量的提高,其中LpxC是脂多糖(Lipopolysaccharide,LPS)合成的关键酶。在其他病原菌中,LpxC产量过高会导致菌体损伤,而YfgM则参与了细菌对高渗透压的耐受过程。该研究揭示了 FtsH及其调节蛋白在EIB202中的独特功能。通过水平转移获得的基因岛(Genomic islands,GIs)对细菌的进化起着至关重要的作用,而T3SS和T6SS等赋予细菌致病力的基因岛便是病原菌毒力进化的来源。本课题研究了水平转移的毒力因子EnrR。enrR编码在一个水平转移的基因岛上,存在于多种细菌中,其缺失会显着影响EIB202的毒力,尤其是T3SS和T6SS相关蛋白的表达。EnrR广泛结合并调控EIB202基因组中低G+C含量的GIs区域,通过GI-12中的Cro蛋白调控T3SS和T6SS相关蛋白的表达。作为一个水平转移的调控因子,EnrR调控大肠杆菌(Escherichia coli)原噬菌体的溶原-裂解生活周期转化,还通过激活鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella Typimurium)毒力岛来增强毒力。EMSA、MST和细菌单杂交等实验手段表明,EnrR具有非特异性结合DNA的能力。实验证实,EnrR是一种核结合蛋白(Nucleoid associated protein,NAP),第47位精氨酸是其的关键的氨基酸位点。该研究发现了一种新型的具有普适性DNA结合能力的核结合型的GIs调控因子。总之,本课题通过对体内筛选获得的杀鱼爱德华氏菌中3个重点毒力调控因子进行了较为深入的研究,对该菌的毒力调控机制以及疫苗开发提供了理论基础。
王婧婧[10](2019)在《核结合因子相关急性髓系白血病的临床研究》文中进行了进一步梳理一、单中心416位核结合因子相关急性髓系白血病(CBF-AML)患者临床及实验室特点分析目的回顾性分析2010年1月-2017年6月期间于本血液病研究中心的收治并确诊的核结合因子相关急性髓系白血病(CBF-AML)患者的临床、实验室、细胞遗传学及分子生物学等方面的特点并加以总结,了解本中心CBF-AML患者临床及实验室特征。方法收集2010年1月至2017年6月于苏州大学附属第一医院收治并确诊的CBF-AML患者的临床资料及实验室资料。排除继发性血液病或由其他血液系统疾病转化而来的部分病例,将416例原发的CBF-AML纳入分析,重点统计包含性别、年龄、外周血细胞水平、骨髓原幼细胞百分比、骨髓形态学、流式免疫分型、染色体核型、融合基因、基因突变等资料并结合细胞遗传学特点进行分组比较。结果1、纳入分析的原发CBF-AML患者共416例,按照遗传学异常分为伴t(8;21)/AML1-ETO 异常的患者 283 例(68%),伴 inv(16)/CBFβ-MYH11 异常的患者133例(32%)。该群体中位发病年龄为33岁(范围7岁-71岁),男女比例为(男:女=1.68:1)。2、AML1-ETO组发病时外周血白细胞水平明显低于CBFβ-MYH11组(中位数:10.11×10E9/Lvs 34.8×10E9/L,P<0.001)。AML1-ETO组发病时骨髓原始幼稚细胞也明显低于CBFβ-MYH11组(中位数:46%vs 57.5%,P<0.001)。两组血红蛋白、血小板计数水平无明显差异。骨髓形态学方面,AML1-ETO组患者多见于M2型,占总体的81.6%,其次少见于M1、M4、M5类型(占比分别为1.1%、5.3%、8.5%)。CBFβ-MYH11组患者明显多见于M4型,占69.9%,部分可见于M5、M2型(占比分别为19.5%、9.8%)。AML1-ETO组中,210例(55.4%)为髓系伴淋巴细胞抗原表达,15例(4.0%)同时表达髓系和淋系抗原;CBFβ-MYH11组中,144例(56.3%)伴淋系抗原表达,10例(3.9%)同时表达两系抗原。3、染色体核型分析方面,单纯的t(8;21)/inv(16)/t(16;16)异常重排患者127例(33.2%),201例(51.7%)患者均伴有附加核型异常。AML1-ETO组最常见的附加染色体异常为性染色体缺失-Y或一X,占总体47.0%(124/264),其次为9号染色体长臂删失del(9q)/9q-,占8.7%(23/264)。CBFβ-MYH11组最常见的附加染色体异常为三体异常Trisomy,+22最为多见,占16.8%(20/119)。4、酪氨酸激酶信号通路(TK pathway)家族的基因突变在CBF-AML患者中较为常见,以受体酪氨酸激酶相关突变为主(RTK),其突变率达48.5%,其中又以C-KIT突变较高(35.4%),FLT3突变率相对较低(19.1%),有8例患者伴有C-KIT与FLT3共同突变。RAS(K/NRAS)突变率亦较高,且在CBFβ-MYH11有明显的表达优势(P<0.05)。TK途径的其它成员包括JAK2、JAK3、CBL突变均较为少见。在完善二代测序的患者中还可以观察到核染色体修饰相关基、DNA甲基化相关基因、转录因子相关基因及染色体黏连蛋白复合体相关基因的突变。结论1、纳入分析的原发CBF-AML患者共416例中,男性患者居多,多数为年轻的成人患者。2、AML1-ETO组与CBFβ-MYH11组两遗传学亚型组在外周血、骨髓原幼细胞比例、骨髓细胞形态学、免疫表型上存在共同特征,也存在不同之处。3、半数以上的CBF-AML患者伴有除t(8;21)/inv(16)/t(16;16)重排以外的附加染色体异常。两遗传学亚型组附加核型异常也各有特征,AML1-ETO组主要以性染色体缺失为主,其次9号染色体长臂删失;CBFβ-MYH11组主要三体异常为主,其中+22最为多见。4、CBF-AML患者中最常见的基因突变为酪氨酸激酶通路相关的基因突变,其中C-KIT的突变率高达30%,N/KRAS基因突变、FLT3基因突变,JAK2/3及CBL突变率较低。除此之外,二代测序检查可以发现其它多种涉及不同功能的基因突变,但突变率均不高。二、CBF-AML患者的治疗与预后转归及预后的影响因素分析目的1、分析CBF-AML患者的预后转归,探索影响预后的相关因素,用于早期评估并发现预后不良的CBF-AML患者。2、分析异基因骨髓造血干细胞移植对于CBF-AML患者预后的影响,探讨其作为强化巩固治疗手段所适用的人群及选择的时机。方法1、分析379例经过诱导化疗达到完全缓解的AML患者预后转归,分析包括年龄、性别、初诊时外周血象、髓外浸润、骨髓原幼细胞比例、细胞遗传学、分子学等在内的临床实验室特点对CBF-AML总体及两个遗传学亚型组OS、EFS的影响,并结合治疗分组综合分析其预后价值。2、根据患者的后续治疗将其分成单纯化疗组、自体干细胞移植组(Auto-SCT)、异基因造血干细胞移植组(Allo-SCT),对各组的临床特点、预后转归、OS和EFS进行比较分析,结合遗传分子学特点探讨CBF-AML患者治疗策略的选择。针对异基因造血干细胞移植组分析并比较以不同缓解状态进入移植程序的患者的OS、EFS,分析选择造血干细胞移植的时机对预后的影响。结果1、379例经过诱导达首次完全缓解(CR1)的患者中,存活患者的中位随访时间为46月(范围:18-106月)。5年OS率约为60.2%,5年EFS率为53.9%。年龄>50岁的患者在总体患者及两遗传学亚型组的OS、EFS上均表现出明显的生存劣势(P<0.05)。性别、外周血高白细胞计数、血红蛋白水平、血小板计数、初诊时骨髓原幼细胞比例、髓外浸润、伴淋巴细胞抗原的表达对两遗传学亚型组的OS、EFS均无影响(P>0.05)。细胞遗传学分析中,t(8;21)/AML1-ETO组相较于inv(16)/CBFβ-MYH1 1组在OS、EFS均表现出生存劣势(P<0.05)。伴附加异常染色体异常(包括性染色体缺失,9号染色体长臂缺失、三体异常等)及附加染色体异常的数量不会影响CBF-AML的预后(P<0.05)。分子学的预后分析显示FLT3(FT3-ITD、FLT3-TKD)对OS、EFS均无明显影响。C-KIT突变是明显的预后不良因素(P<0.001)。结合细胞遗传学分析示:C-KIT突变的不良预后影响在AML1-ETO组中更加明显,AML1-ETO伴C-KIT突变患者OS最差(P<0.05),其EFS较无C-KIT突变组明显处于劣势(P<0.05)。C-KIT突变对CBFβ-MYH11组中的预后无明显不良影响(P>0.05)。2、经诱导达到CR1的379例患者根据后续治疗情况可分为三组:异基因造血干细胞移植组(Allo-SCT组)患者199例,自体干细胞移植组43例,单纯化疗组145例。结果显示单纯化疗组的OS、EFS均是最差的(P<0.05)。Allo-SCT组与Auto-SCT组相比,OS、EFS无明显统计学差异(P>0.05)。治疗分组结合遗传学亚型分组的预后分析提示接受单纯化疗的AML1-ETO组患者表现出最差的OS及EFS(P<0.05)。在AML1-ETO组,自体移植和异基因造血干细胞移植在OS、EFS上均无明显差异。在CBFβ-MYH11组患者中,Allo-SCT组显示出较单纯化疗组优越的EFS(P<0.05),其余治疗组在OS、EFS上均无明显统计学差异。治疗分组结合C-KIT突变的预后分析提示,接受单纯化疗的C-KIT突变患者现出最差的OS及EFS(P<0.05)。Allo-SCT相较于单纯化疗可以改善C-KIT突变患者的OS、EFS(P<0.05)。接受单纯化疗的C-KIT突变阴性的患者,虽然较接受单纯化疗的C-KIT突变阳性患者预后要好(P<0.05),Auto-SCT与Allo-SCT仍有助于改善其OS、EFS(P<0.05)。两个移植组在OS、EFS明显差异。对于异基因造血干细胞移植的患者,以CR1状态进入移植的患者与复发后再诱导达缓解后进入移植的患者相比在OS上无明显差别(P>0.05),但是相较于以未缓解状态进入移植程序的患者OS较好的倾向(P=0.065)。而在EFS的分析上,三组间无明显异常(P>0.05)。结论1、年龄是影响CBF-AML患者预后的重要因素。年龄>50岁的CBF-AML患者表现出明显的生存劣势。附加染色体核型异常不影响患者的预后。AML1-ETO组的OS、EFS总体较CBFβ-MYH11组差。分子学因素中,C-KIT突变是预后不良的标志。伴C-KIT突变的AML1-ETO组患者预后最差。2、单纯化疗组与移植组相比,前者OS、EFS均较差,仅接受单纯化疗的AML1-ETO组和C-KIT突变组患者均表现出最差的OS、EFS。移植可以改善CBF-AML患者的预后,而两个移植组间的比较并无明显预后差异。伴C-KIT突变的患者的预后分析提示,相较于化疗,Allo-SCT可以改善C-KIT突变患者的预后。Allo-SCT作为复发的患者的后续治疗的选择,可以改善复发患者的预后。
二、核结合因子1表达的调控(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、核结合因子1表达的调控(论文提纲范文)
(1)m6A甲基化与代谢性疾病调控(论文提纲范文)
0引言Introduction |
1 资料和方法Data and methods |
1.1 资料来源 |
1.1.1 检索人及检索时间 |
1.1.2 检索文献时限 |
1.1.3 检索数据库 |
1.1.4 检索词 |
1.1.5 检索文献类型 |
1.2 资料筛选流程和筛选标准 |
1.2.1 纳入标准 |
1.2.2 排除标准 |
1.3 文献质量评估及检索流程 |
2 结果Results |
2.1 m6A甲基化概述 |
2.1.2 m6A去甲基化酶 |
2.1.3 m6A甲基化阅读蛋白 |
2.2 m6A甲基化在代谢性疾病中的调控作用 |
2.2.1 m6A甲基化与肥胖症 |
2.2.2 m6A甲基化与2型糖尿病 |
2.2.3 m6A甲基化与非酒精性脂肪肝 |
2.3 m6A甲基化可作为代谢性疾病的生物标记物 |
3 总结与展望Summary and prospects |
(2)m6A甲基化与代谢性疾病调控(论文提纲范文)
0引言Introduction |
1 资料和方法Data and methods |
1.1 资料来源 |
1.1.1 检索人及检索时间 |
1.1.2 检索文献时限 |
1.1.3 检索数据库 |
1.1.4 检索词 |
1.1.5 检索文献类型 |
1.2 资料筛选流程和筛选标准 |
1.2.1 纳入标准 |
1.2.2 排除标准 |
1.3 文献质量评估及检索流程 |
2 结果Results |
2.1 m6A甲基化概述 |
2.1.2 m6A去甲基化酶 |
2.1.3 m6A甲基化阅读蛋白 |
2.2 m6A甲基化在代谢性疾病中的调控作用 |
2.2.1 m6A甲基化与肥胖症 |
2.2.2 m6A甲基化与2型糖尿病 |
2.2.3 m6A甲基化与非酒精性脂肪肝 |
2.3 m6A甲基化可作为代谢性疾病的生物标记物 |
3 总结与展望Summary and prospects |
(3)链霉菌形态分化与次级代谢产物合成的研究进展(论文提纲范文)
1 链霉菌生长周期中的形态分化 |
1.1 孢子萌发形成基内菌丝 |
1.1.1 链霉菌的隔膜结构: |
1.1.2 链霉菌的顶端生长: |
1.2 基内菌丝生长形成气生菌丝 |
1.3 气生菌丝发育形成孢子 |
2 链霉菌的形态分化与次级代谢的全局性调控 |
2.1 bld A的调控 |
2.2 双组分系统的调控 |
2.3 拟核结合蛋白的调控 |
2.4 其他 |
3 菌丝形态与次级代谢产物的合成 |
4 总结和展望 |
(4)葡萄种子败育因子与无核抗病葡萄种质创制研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
缩略词 |
第一章 文献综述 |
1.1 葡萄生产与育种的重要性 |
1.2 无核葡萄的类型 |
1.2.1 单性结实型无核葡萄 |
1.2.2 种子败育型无核葡萄 |
1.3 无核葡萄种子败育形成机理 |
1.3.1 无核葡萄种子败育的细胞学研究 |
1.3.2 葡萄无核性状的遗传机制 |
1.3.3 葡萄无核性状形成的分子机制 |
1.3.4 无核葡萄的生理特性 |
1.4 无核葡萄育种现状 |
1.4.1 利用常规杂交培育无核葡萄 |
1.4.2 利用胚挽救技术培育无核葡萄 |
1.4.3 胚挽救技术的影响因素 |
1.4.4 无核抗病葡萄的育种与应用研究 |
1.4.5 无核及其它性状葡萄的育种与应用研究 |
1.5 分子标记在葡萄种质创新中的研究与应用 |
1.5.1 无核性状分子标记的研究与应用 |
1.5.2 抗病性分子标记研究与应用 |
1.6 本研究的目的及意义 |
第二章 葡萄种子败育过程中形态、组织解剖、内源激素及基因表达研究 |
2.1 材料和试剂、仪器 |
2.1.1 试验材料 |
2.1.2 主要试剂 |
2.1.3 仪器设备 |
2.2 方法 |
2.2.1 胚珠和不同组织的采集 |
2.2.2 ‘无核白’胚珠石蜡切片制作与解剖结构观察 |
2.2.3 ‘无核白’胚珠内源激素测定 |
2.2.4 利用外源 IAA、GA_3和 ABA 处理无核葡萄 |
2.2.5 荧光定量PCR检测基因差异表达 |
2.2.6 数据分析 |
2.3 结果与分析 |
2.3.1 ‘无核白’种子败育过程中形态观察 |
2.3.2 ‘无核白’种子败育过程中解剖结构观察 |
2.3.3 ‘无核白’种子败育过程中内源激素变化分析 |
2.3.4 ‘无核白’种子败育过程中种皮和胚乳发育相关基因表达分析 |
2.3.5 ‘无核白’种子败育过程中不同转录因子表达分析 |
2.3.6 ‘无核白’种子败育过程中水杨酸合成和信号途径基因表达分析 |
2.4 讨论 |
2.4.1 葡萄种子败育的解剖结构变化 |
2.4.2 激素在葡萄种子败育中的作用和调控葡萄无核形成 |
2.4.3 葡萄种子败育受种皮和胚乳发育相关基因调控 |
2.4.4 葡萄种子败育过程发生了免疫防御反应 |
2.5 小结 |
第三章 利用胚挽救技术创制无核抗病葡萄新种质 |
3.1 材料和试剂、仪器 |
3.1.1 试验材料 |
3.1.2 主要试剂 |
3.1.3 仪器设备 |
3.2 方法 |
3.2.1 花粉采集与处理 |
3.2.2 田间杂交 |
3.2.3 取样时间 |
3.2.4 离体胚挽救过程 |
3.2.5 不同取样时间对胚挽救的影响 |
3.2.6 外源喷施油菜素内脂对胚挽救的影响 |
3.2.7 不同生长调节剂对胚挽救的影响 |
3.2.8 数据分析 |
3.3 结果与分析 |
3.3.1 母本基因型对杂种胚挽救影响 |
3.3.2 父本基因型对杂种胚挽救影响 |
3.3.3 正反交组合对杂种胚挽救的影响 |
3.3.4 ‘无核白’作母本幼胚珠适宜取样时间的确定 |
3.3.5 不同取样时间对离体胚发育及其成苗的影响 |
3.3.6 外源喷施油菜素内脂对胚挽救的影响 |
3.3.7 水杨酸对无核葡萄离体胚发育影响 |
3.3.8 不同生长调节剂对杂种胚离体萌发的影响 |
3.3.9 不同年份胚挽救结果分析 |
3.4 讨论 |
3.4.1 亲本基因型对无核葡萄胚挽救育种效率的影响 |
3.4.2 适宜取样时间对无核葡萄胚挽救育种效率的影响 |
3.4.3 喷施生长调节剂对无核葡萄胚挽救育种效率的影响 |
3.4.4 培养基中添加物对无核葡萄胚挽救育种效率的影响 |
3.5 小结 |
第四章 分子标记鉴定杂种后代无核与抗病性 |
4.1 材料和试剂、仪器 |
4.1.1 试验材料 |
4.1.2 主要试剂 |
4.1.3 仪器设备 |
4.2 方法 |
4.2.1 胚挽救杂种后代继代扩繁 |
4.2.2 胚挽救杂种后代驯化移栽 |
4.2.3 利用无核和抗病性状标记检测杂种后代 |
4.2.4 胚挽救杂种后代田间抗病性调查 |
4.3 结果与分析 |
4.3.1 胚挽救杂种植株移栽炼苗统计 |
4.3.2 利用分子标记鉴定杂种后代无核性状 |
4.3.3 利用分子标记鉴定杂种后代抗霜霉病 |
4.3.4 胚挽救杂种后代田间抗病性调查 |
4.4 讨论 |
4.4.1 分子标记鉴定胚挽救杂种后代无核性状 |
4.4.2 分子标记鉴定胚挽救杂种后代抗病性 |
4.5 小结 |
第五章 结论 |
5.1 结论 |
5.2 创新点 |
5.3 进一步的研究工作 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
个人简介 |
(5)Csrp2在低氧性肺动脉高压中的作用(论文提纲范文)
中英文缩略词表 |
中文摘要 |
英文摘要 |
前言 |
材料与方法 |
1 实验材料 |
1.1 实验动物 |
1.2 实验仪器 |
1.3 试验试剂、耗材 |
2 实验方法 |
2.1 PH大鼠模型的建立和鉴定 |
2.2 TMT蛋白质组学测序 |
2.3 检测Csrp2 mRNA表达 |
2.4 Western Blot检测蛋白表达水平 |
2.5 细胞的分离、培养 |
2.6 免疫组织化学技术 |
2.7 免疫荧光技术 |
2.8 细胞免疫荧光技术 |
2.9 siRNA转染技术 |
2.10 过表达技术 |
2.11 MTS法 |
2.12 数据处理 |
结果 |
1 Csrp2在PH大鼠中的表达及其作用 |
1.1 低氧诱导PH大鼠模型的鉴定 |
1.2 MCT诱导PH大鼠模型的鉴定 |
1.3 蛋白质组学测序 |
1.4 Csrp2在PH大鼠模型的表达定位 |
2 Csrp2对PASMCs功能的调节 |
2.1 Csrp2 影响PASMCs的表型转变 |
2.2 Csrp2 影响PASMCs的增殖 |
3 Csrp2 调节PH的可能作用机制 |
3.1 YY1对Csrp2 表达的影响 |
3.2 缺氧对Wnt通路的影响 |
3.3 Wnt通路调节PASMCs的增殖 |
3.4 Csrp2对PASMCs Wnt通路的影响 |
讨论 |
结论 |
参考文献 |
综述 Wnt通路在疾病中的作用 |
参考文献 |
致谢 |
(6)水稻抗稻瘟病基因PID3和Pi9的防御信号传导通路研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
1 引言 |
1.1 病原菌的分类 |
1.2 非寄主抗性 |
1.3 植物免疫系统的概述 |
1.3.1 植物的PTI反应 |
1.3.2 植物的ETI反应 |
1.4 植物NLR蛋白 |
1.4.1 NLR的结构与功能特点 |
1.4.2 NLR对Avr的识别 |
1.4.3 NLR的激活调控 |
1.5 NLR介导的信号转导 |
1.5.1 NLR对转录表达的直接调控 |
1.5.2 NLR对转录重编程的间接控制 |
1.5.3 NLR信号链的保守组分 |
1.6 Rac/Rop蛋白在植物免疫中的研究进展 |
1.6.1 Rac/Rop蛋白家族与植物免疫 |
1.6.2 OsRac1与植物免疫 |
1.7 26S蛋白酶体在植物免疫中的研究进展 |
1.7.1 泛素-蛋白酶体系统 |
1.7.2 26S蛋白酶体与植物免疫 |
1.8 水稻抗稻瘟病的机理研究 |
1.8.1 稻瘟病菌的侵染过程 |
1.8.2 水稻抗稻瘟病基因的克隆及功能特点 |
1.9 本论文立题依据及研究目标 |
2 材料与方法 |
2.1 实验材料 |
2.1.1 植物材料 |
2.1.2 菌株 |
2.1.3 质粒 |
2.2 实验试剂 |
2.2.1 常用培养基 |
2.2.2 植物DNA提取液 |
2.2.3 酵母感受态制备与转化实验相关试剂 |
2.2.4 水稻原生质体感受态制备与转化实验相关试剂 |
2.2.5 植物蛋白提取相关试剂 |
2.2.6 蛋白免疫印迹实验相关试剂 |
2.2.7 原核诱导表达及蛋白纯化实验相关试剂 |
2.2.8 其他实验相关试剂 |
2.3 实验方法 |
2.3.1 基因、蛋白序列的获得与分析及系统发生树的构建 |
2.3.2 水稻的种植培养 |
2.3.3 稻瘟病菌的接种与侵染 |
2.3.4 DNA的提取 |
2.3.5 总RNA的提取和反转录 |
2.3.6 实时荧光定量PCR(qRT-PCR) |
2.3.7 半定量PCR |
2.3.8 质粒的提取 |
2.3.9 载体的构建 |
2.3.10 大肠杆菌的转化 |
2.3.11 农杆菌的转化 |
2.3.12 转基因植株的构建与遗传转化 |
2.3.13 酵母感受态的制备与转化 |
2.3.14 水稻原生质体感受态的制备与转化 |
2.3.15 植物总蛋白的提取 |
2.3.16 蛋白免疫印迹 |
2.3.17 原核蛋白的诱导表达与纯化 |
2.3.18 ATPase酶活性检测 |
3 结果与分析 |
3.1 OsSPK1参与PID3介导的稻瘟病抗性反应 |
3.2 OsSPK1和OsRac1分别为Pi9介导的稻瘟病抗性所需 |
3.3 RAI1在Pi9抗病反应中的特异表达模式及与Pi9的相互作用 |
3.4 RAI1在Pi9介导的抗病途径中发挥重要作用 |
3.5 RAI1具有转录激活活性 |
3.6 OsRPT2与RAI1 的相互作用 |
3.7 OsRPT2a具有ATP水解酶活性 |
3.8 OsRPT2a的亚细胞定位 |
3.9 OsRPT2a是植物免疫所必需的 |
3.10 OsRPT2a介导RAI1 的蛋白降解 |
4 讨论 |
4.1 OsSPK1-OsRac1-RAI1可能作为NLR下游保守的信号通路 |
4.2 NLR入核结合RAI1 |
4.3 RAI1受OsRPT2a表达调控 |
4.4 OsRPT2a可能通过调控RAI1的蛋白周转进而参与植物抗病 |
5 结论与展望 |
5.1 主要结论 |
5.2 后续工作展望 |
参考文献 |
附录 |
致谢 |
(7)哈氏噬纤维菌类组蛋白HU及IHF的功能研究(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
缩写词表 |
第一章 研究背景 |
1.1 纤维素资源的开发及利用 |
1.2 纤维素降解微生物 |
1.2.1 纤维素降解真菌 |
1.2.2 纤维素降解细菌 |
1.3 微生物的纤维素降解策略 |
1.3.1 游离纤维素酶协同降解策略 |
1.3.2 纤维素酶复合体降解策略 |
1.3.3 细胞结合型非纤维小体降解策略(第三种降解机制) |
1.4 哈氏噬纤维菌(Cytophaga hutchinsonii) |
1.4.1 C. hutchinsonii简介 |
1.4.2 C. hutchinsonii的研究进展 |
1.5 拟核结合蛋白 |
1.5.1 HU蛋白 |
1.5.2 IHF蛋白 |
1.6 细菌生物膜 |
1.6.1 细菌生物膜的概念、组成和特点 |
1.6.2 生物膜的形成过程 |
1.6.3 生物膜的研究意义 |
1.7 论文的立题依据及思路 |
第二章 C. hutchinsonii类组蛋白HU的功能研究 |
2.1 材料及方法 |
2.1.1 菌种与质粒 |
2.1.2 本章中用到的引物 |
2.1.3 试剂与仪器 |
2.1.4 培养基与缓冲液 |
2.1.5 分子生物学反应体系及操作步骤 |
2.1.6 E.coli感受态的制备及热激转化 |
2.1.7 C. hutchinsonii感受态的制备及电击转化 |
2.1.8 目的蛋白的诱导、表达及纯化 |
2.1.9 蛋白浓度的测定(Bradford法) |
2.1.10 聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE) |
2.1.11 目的蛋白聚合度的测定(戊二醛交联法) |
2.1.12 RNA的提取 |
2.1.13 实时定量PCR(qPCR) |
2.1.14 再生无定型纤维素(RAC)的制备 |
2.1.15 C. hutchinsonii生长曲线的测定 |
2.1.16 C. hutchinsonii纤维素降解能力的检测 |
2.1.17 C. hutchinsonii纤维素酶活的测定 |
2.1.18 C. hutchinsonii菌落在软、硬琼脂表面的扩散 |
2.1.19 显微观察C. hutchinsonii的菌落扩散边缘 |
2.1.20 显微观察C. hutchinsonii在玻璃表面的滑动 |
2.1.21 C. hutchinsonii菌体细胞对纤维素吸附率的测定方法 |
2.1.22 C. hutchinsonii外膜蛋白的提取 |
2.1.23 凝胶阻滞实验(EMSA) |
2.1.24 扫描电子显微镜(SEM)样品的制备方法 |
2.1.25 C. hutchinsonii菌体拟核形态的观察 |
2.1.26 C. hutchinsonii生物膜形成能力的测定 |
2.1.27 C. hutchinsonii胞外多糖的检测 |
2.1.28 C. hutchinsonii胞外DNA (eDNA)和胞外蛋白的检测 |
2.1.29 实验结果的统计分析方法 |
2.2 实验结果 |
2.2.1 C. hutchinsonii CHU_2750蛋白的生物信息学分析 |
2.2.2 CHU_2750蛋白的定位 |
2.2.3 CHU_2750蛋白聚合度的研究 |
2.2.4 不同碳源对chu_2750转录水平诱导的分析 |
2.2.5 chu_2750基因敲除菌株的构建 |
2.2.6 chu_2750基因敲除菌株表型的研究 |
2.2.7 CHU_2750是C. hutchinsonii中与纤维素降解有关的调控蛋白 |
2.2.8 C. hutchinsonii的细胞形态和拟核结构在Δ2750菌株中发生变化 |
2.2.9 chu_2750影响C. hutchinsoni生物膜的形成 |
2.3 讨论 |
2.4 小结 |
第三章 C. hutchinsonii类组蛋白IHF的功能研究 |
3.1 材料与方法 |
3.1.1 菌种与质粒 |
3.1.2 本章中用到的引物 |
3.1.3 试剂与仪器 |
3.1.4 培养基与缓冲液 |
3.1.5 分子生物学反应体系及操作 |
3.1.6 E.coli感受态的制备及热激转化 |
3.1.7 C. hutchinsonii感受态的制备及电转化 |
3.1.8 C. hutchinsonii生长曲线的测定 |
3.1.9 C. hutchinsonii纤维素酶活的测定 |
3.1.10 C. hutchinsonii运动能力的检测 |
3.1.11 C. hutchinsonii外膜蛋白的提取及观察 |
3.1.12 外膜蛋白差异条带的质谱鉴定 |
3.1.13 RNA的提取 |
3.1.14 实时定量PCR(qPCR) |
3.1.15 β-半乳糖苷酶酶活的测定方法 |
3.1.16 目的蛋白的诱导、表达及纯化 |
3.1.17 凝胶阻滞实验(EMSA) |
3.1.18 重组CHU_3687蛋白与chu_1277启动子区域结合位点的分析方法(DNase Ifootprinting反应) |
3.1.19 实验结果的统计分析方法 |
3.2 结果 |
3.2.1 CHU_3687蛋白的生物信息学分析 |
3.2.2 chu_3687基因敲除株的构建 |
3.2.3 chu_3687对不同碳源利用的影响 |
3.2.4 纤维素酶活 |
3.2.5 运动能力 |
3.2.6 外膜蛋白的SDS-PAGE |
3.2.7 CHU_3687影响chu_1277的转录水平 |
3.3 讨论 |
3.4 小结 |
全文总结及展望 |
参考文献 |
附录 |
在读期间发表学术论文 |
致谢 |
学位论文评阅及答辩情况表 |
(8)杀鱼爱德华氏菌关键毒力调控因子EnrR、FabR和EvrA的结构探究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第1章 文献综述 |
1.1 杀鱼爱德华氏菌 |
1.2 杀鱼爱德华氏菌的致病机制 |
1.3 杀鱼爱德华氏菌Ⅲ型分泌系统 |
1.4 杀鱼爱德华氏菌关键毒力调控因子 |
1.4.1 FabR与脂肪酸调节 |
1.4.2 核结合蛋白EnrR |
1.4.3 响应甘露糖调控毒力基因表达的EvrA |
1.5 蛋白结构的发展 |
1.5.1 X-射线晶体衍射技术 |
1.5.2 X-射线晶体衍射技术的建立与发展 |
1.5.3 X-射线晶体学原理 |
1.5.4 冷冻电镜技术 |
1.5.5 核磁共振技术 |
1.6 蛋白质的表达 |
1.6.1 蛋白质表达系统 |
1.6.2 蛋白表达载体的选择 |
1.6.3 蛋白表达标签的选择与应用 |
1.7 本课题的研究内容及意义 |
第2章 EnrR与DNA复合物的结构 |
2.1 引言 |
2.2 实验材料 |
2.3 实验方法 |
2.3.1 菌株构建及蛋白质表达纯化 |
2.3.2 M9培养基配置 |
2.3.3 Se-Met的EnrR-His_6蛋白纯化 |
2.3.4 去除与蛋白结合的生物大分子 |
2.3.5 EnrR-His_6蛋白晶体的考马斯亮蓝检测 |
2.4 实验结果 |
2.4.1 EnrR-His_6蛋白纯化 |
2.4.2 EnrR-His_6蛋白结晶条件初筛与优化 |
2.4.3 EnrR-His_6硒代蛋白纯化 |
2.4.4 EnrR-His_6硒代蛋白结晶条件初筛与优化 |
2.4.5 EnrR-His_6硒代蛋白与底物DNA的结晶 |
2.4.6 EnrR-His_6硒代蛋白与溴代DNA底物的蛋白结晶条件优化 |
2.4.7 EnrR蛋白结构以及EnrR与DNA复合物结构 |
2.4.8 EnrR发挥拓扑异构机制探索 |
2.5 讨论 |
2.6 小结 |
第3章 FabR蛋白的结构 |
3.1 引言 |
3.2 实验材料 |
3.3 实验方法 |
3.3.1 大肠杆菌表达系统菌株构建 |
3.3.2 His_6-MBP-FabR诱导表达条件筛选 |
3.3.3 His_6-MBP-FabR的大批量诱导表达 |
3.3.4 菌体的收集与高压破碎 |
3.3.5 Ni-NTA亲和层析纯化His_6-MBP-FabR |
3.3.6 SDS-PAGE |
3.3.7 凝胶过滤层析纯化蛋白质His_6-MBP-FabR |
3.3.8 晶体自动化筛选 |
3.3.9 结晶条件优化 |
3.3.10 晶体微接种 |
3.3.11 X-射线晶体衍射数据收集 |
3.4 实验结果 |
3.4.1 His_6-MBP-FabR和FabR-MBP-His_6蛋白纯化 |
3.4.2 FabR-MBP-His_6结晶条件初步筛选 |
3.4.3 FabR-MBP-His_6结晶条件优化 |
3.4.4 FabR和底物复合物结晶的尝试 |
3.5 讨论 |
3.6 小结 |
第4章 EvrA蛋白及其复合物的结构 |
4.1 引言 |
4.2 实验材料 |
4.3 实验方法 |
4.3.1 菌株构建与蛋白纯化 |
4.3.2 蛋白标签的去除 |
4.3.3 EvrA的等温滴定量热实验 |
4.4 实验结果 |
4.4.1 EvrA相关蛋白纯化 |
4.4.2 His_6-SUMO-EvrA-v1蛋白纯化 |
4.4.3 EvrA和Man-6P存在直接相互作用 |
4.5 讨论 |
4.6 本章小结 |
第5章 用于基因突变筛选的转座子工具质粒构建 |
5.1 引言 |
5.2 实验材料 |
5.2.1 实验菌株及质粒 |
5.2.2 实验用培养基和相关试剂 |
5.2.3 数据分析软件 |
5.3 实验方法 |
5.3.1 感受态制备 |
5.3.2 钙转 |
5.3.3 电转 |
5.3.4 体外片段构建 |
5.3.5 GFP和mCherry荧光测定 |
5.3.6 实时荧光定量PCR (qRT-PCR) |
5.3.7 沉降表型实验 |
5.4 实验结果 |
5.4.1 质粒构建 |
5.4.2 构建转座子插入文库 |
5.4.3 转座插入文库的验证 |
5.4.4 筛选结果 |
5.5 讨论 |
5.6 本章小结 |
第6章 结论和展望 |
6.1 主要结论 |
6.2 展望 |
参考文献 |
攻读硕士学位期间的论文成果 |
致谢 |
(9)杀鱼爱德华氏菌新型毒力调控因子的鉴定及功能研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第1章 文献综述 |
1.1 杀鱼爱德华氏菌 |
1.1.1 种属类别 |
1.1.2 理化特性 |
1.1.3 致病性 |
1.1.4 感染过程 |
1.1.5 毒力因子 |
1.1.6 防治措施 |
1.2 转座子插入测序 |
1.2.1 转座子插入突变文库 |
1.2.2 高通量测序技术 |
1.2.3 转座子插入测序 |
1.3 细菌基因岛 |
1.3.1 细菌基因岛的特点 |
1.3.2 毒力岛 |
1.3.3 EIB202中的基因岛 |
1.4 细菌蛋白酶FtsH |
1.4.1 ATP依赖型蛋白酶 |
1.4.2 FtsH及其调节蛋白 |
1.4.3 FtsH的底物及其功能 |
1.5 细菌核结合蛋白 |
1.5.1 细菌核结合蛋白的特点 |
1.5.2 几种典型的核结合蛋白 |
1.5.3 核结合蛋白与毒力 |
1.5.4 E.piscicida的核结合蛋白 |
1.6 本课题研究内容与意义 |
第2章 新型体内定植因子ETAE_0023的鉴定与功能研究 |
2.1 前言 |
2.2 实验材料 |
2.2.1 菌株、质粒、引物及细胞系 |
2.2.2 试剂、仪器与培养基 |
2.3 实验方法 |
2.3.1 缺失株构建 |
2.3.2 生长和自聚集能力检测 |
2.3.3 胞外蛋白抽提与检测 |
2.3.4 感染宿主能力检测 |
2.3.5 细胞黏附能力检测 |
2.3.6 减毒株免疫效果测试 |
2.4 实验结果 |
2.4.1 减毒靶点ETAE_0023的筛选 |
2.4.2 ETAE_0023蛋白结构 |
2.4.3 ΔETAE_0023的生存能力 |
2.4.4 ΔETAE_0023的生物安全性 |
2.4.5 ETAE_0023对毒力的影响 |
2.4.6 ΔETAE_0023对免疫反应的激活能力 |
2.4.7 ΔETAE_0023的免疫保护力 |
2.5 讨论 |
2.6 本章小结 |
第3章 FtsH及其调节蛋白在体内定植和应激适应中的作用 |
3.1 前言 |
3.2 实验材料 |
3.2.1 菌株、质粒、引物及细胞系 |
3.2.2 试剂、仪器与培养基 |
3.3 实验方法 |
3.3.1 转座子插入位置分析 |
3.3.2 回补株构建 |
3.3.3 耐受能力检测 |
3.3.4 Western blot |
3.3.5 脂多糖图谱分析 |
3.4 实验结果 |
3.4.1 FtsH及其调节蛋白的功能 |
3.4.2 FtsH及其调节蛋白对体内外生长和毒力的影响 |
3.4.3 FtsH及其调节蛋白对环境适应性的影响 |
3.4.4 FtsH及其调节蛋白影响LpxC的降解 |
3.4.5 LpxC对脂多糖合成的影响 |
3.4.6 FtsH及其调节蛋白控制YfgM的降解 |
3.4.7 YfgM增强对高渗透压的适应性 |
3.5 讨论 |
3.6 本章小结 |
第4章 毒力调控因子EnrR的鉴定 |
4.1 前言 |
4.2 实验材料 |
4.2.1 菌株、质粒及引物 |
4.2.2 试剂、仪器与数据分析软件 |
4.3 实验方法 |
4.3.1 生物被膜分析 |
4.3.2 RNA-seq测试 |
4.3.3 ChIP-seq测试 |
4.4 实验结果 |
4.4.1 毒力调控因子EnrR的发现 |
4.4.2 EnrR蛋白的结构 |
4.4.3 enrR基因在EIB202中的表达 |
4.4.4 EnrR缺失显着降低毒力 |
4.4.5 EnrR激活T3SS和T6SS相关蛋白的表达 |
4.4.6 EnrR在基因组中的结合位置 |
4.4.7 EnrR的调控功能 |
4.4.8 EnrR不能通过直接结合调控基因的表达 |
4.5 讨论 |
4.6 本章小结 |
第5章 EnrR是一种新型核结合蛋白 |
5.1 前言 |
5.2 实验材料 |
5.2.1 菌株、质粒及引物 |
5.2.2 试剂、仪器与培养基 |
5.3 实验方法 |
5.3.1 蛋白表达与纯化 |
5.3.2 DNA与蛋白结合技术 |
5.3.3 核结合蛋白的鉴定 |
5.3.4 蛋白结晶 |
5.4 实验结果 |
5.4.1 EnrR在体内倾向于结合G+C含量相对较低区域 |
5.4.2 EnrR与DNA的结合具有非特异性和长度依赖性 |
5.4.3 EnrR作为核结合蛋白的DNA结合特征 |
5.4.4 EnrR通过调控Cro来影响T3SS和T6SS相关蛋白的表达 |
5.4.5 EnrR的晶体结构 |
5.5 讨论 |
5.6 本章小结 |
第6章 EnrR在其他细菌中的功能 |
6.1 前言 |
6.2 实验材料 |
6.3 实验方法 |
6.3.1 鼠伤寒沙门氏菌感染小鼠 |
6.3.2 噬菌体基因组和噬菌体颗粒抽提 |
6.3.3 扫描电镜 |
6.3.4 透射电镜 |
6.4 实验结果 |
6.4.1 EnrR调控噬菌体裂解性生活周期转化 |
6.4.2 EnrR增强对鼠伤寒沙门氏菌的毒力 |
6.5 讨论 |
6.6 本章小结 |
第7章 结论与展望 |
7.1 主要结论 |
7.2 论文创新点 |
7.3 展望 |
参考文献 |
攻读博士学位期间发表的论文 |
致谢 |
(10)核结合因子相关急性髓系白血病的临床研究(论文提纲范文)
中文摘要 |
Abstract |
第一部分 单中心416位核结合因子相关急性髓系白血病(CBF-AML)患者临床及实验室特点分析 |
引言 |
一、病例资料 |
二、研究方法 |
三、结果 |
四、讨论 |
参考文献 |
第二部分、CBF-AML患者的治疗与预后转归及预后的影响因素分析 |
引言 |
一、病例和方法 |
二、结果 |
三、讨论 |
参考文献 |
结论 |
综述 |
1、基因突变 |
2、利用分子学技术监测微小残留病灶 |
3、结论 |
参考文献 |
中英文缩略词汇表 |
攻读学位期间公开发表的文章 |
致谢 |
四、核结合因子1表达的调控(论文参考文献)
- [1]m6A甲基化与代谢性疾病调控[J]. 陈子扬,蒲锐,邓爽,刘敏. 中国组织工程研究, 2022(20)
- [2]m6A甲基化与代谢性疾病调控[J]. 陈子扬,蒲锐,邓爽,刘敏. 中国组织工程研究, 2022
- [3]链霉菌形态分化与次级代谢产物合成的研究进展[J]. 薛正莲,王珊,孙俊峰,王芳,周健. 微生物学报, 2021(12)
- [4]葡萄种子败育因子与无核抗病葡萄种质创制研究[D]. 李莎莎. 西北农林科技大学, 2021(01)
- [5]Csrp2在低氧性肺动脉高压中的作用[D]. 汤丽玉. 福建医科大学, 2021
- [6]水稻抗稻瘟病基因PID3和Pi9的防御信号传导通路研究[D]. 余敏祥. 福建农林大学, 2020(06)
- [7]哈氏噬纤维菌类组蛋白HU及IHF的功能研究[D]. 关志炜. 山东大学, 2020(11)
- [8]杀鱼爱德华氏菌关键毒力调控因子EnrR、FabR和EvrA的结构探究[D]. 乔豪先. 华东理工大学, 2019(01)
- [9]杀鱼爱德华氏菌新型毒力调控因子的鉴定及功能研究[D]. 马瑞青. 华东理工大学, 2019(01)
- [10]核结合因子相关急性髓系白血病的临床研究[D]. 王婧婧. 苏州大学, 2019(04)