一、Chicken QTL mapping by multiplex PCR（论文文献综述）
黄铭慧[1]（2021）在《大豆对孢囊线虫Heterodera glycines的分子遗传抗性机制研究》文中指出大豆孢囊线虫（soybean cyst nematode,SCN,Heterodera glycines）病是一种世界性的毁灭性大豆（Glycine max）病害。防治大豆孢囊线虫最经济有效的方法是结合抗性品种和非寄主品种轮作,但由于土地的有限性,轮作受到限制;高毒有效的化学杀线虫剂已被禁止或者限制使用;SCN在田间是混合群体,存在多个生理小种;目前大多数抗性品种的抗性单一,东北的抗性资源更有限,仅有的抗线品种对变异线虫的抗性已出现减弱或丧失;已存在的抗线育种系的分子遗传背景及抗性机制未知,使得这些资源不能充分被利用。因此筛选和培育多抗品种是当务之急,解析抗性机制使这些抗性种质资源得到充分利用,加速分子辅助育种。本研究的主要结果如下:1.通过对62个大豆基因型的SCN抗性反应进行评价,SCN包括4号生理小种（SCN4,HG type 1.2.3.5.6.7）和5号生理小种（SCN5,HG type 2.5.7）,结果表明了不同品种之间的表型差异非常显着。对rhg1和Rhg4位点进行特异性引物扩增及测序,在51个黑龙江省地方大豆种质资源中,共鉴定了3种单倍型,发现了新的抗病类型且所检测的东北主栽品种均为感病。进一步通过定量PCR分析证实了rhg1和Rhg4的表达量高低和基因的拷贝数相关,而拷贝数与抗感有关。本研究所鉴定的抗性资源及相关的分子标记有利于加速SCN分子辅助育种。2.基于前期结果,选取抗SCN4但对SCN5感病的新型抗性基因型09-138（单倍型II）与地方感病品种绥农54（单倍型III）进行杂交,形成F2代,并对SCN4表型筛选,结果发现表型雌虫指数（Female Index,FI）分布广泛（FI范围,3-439）且后代的FI超出抗病亲本09-138（FI 9）和感病亲本绥农54（FI 113）,表明多基因参与大豆对SCN抗性调控且表现出超亲遗传现象。通过Graded Pool-seq方法检测到SCN抗性相关的区间位于8、10、11、13及14号染色体,总长度为6.5 Mb。通过靶向测序基因型检测（GBTS）,利用单因素标记Kruskal-Wallis（K*）分析（P<0.005）且多因子MQM定位方法（LOD>2）共鉴定了分布在16条染色体上的21个QTLs对抗性的贡献率范围是5.7-12.6%,双亲对抗性均有贡献,证实了SCN抗性的超亲遗传。同时对Graded Pool-seq与GBTS共同检测到的基因区间进行了功能注释,发现了一些与生物和非生物胁迫有关的转录因子可能与大豆抗SCN有关。3.在QTL定位F2（绥农54×09-138）群体时,发现多个微效基因参与抗性,同时发现一些分离个体的雌虫指数FI低但根重比较小。因此为了进一步完善SCN评价指标,该研究首次利用162个BC3F7-BC7F3大豆染色体代换系群体CSSLs（G.max绥农14×野生型G.soja ZYD00006）开展了每克根重SCN的孢囊数（cysts per gram root,CGR）的抗性评价和QTL定位研究,表型鉴定结果表明表型分布广泛,SCN5 FI和CGR都呈现出了超亲遗传现象,FI与CGR的相关性比较低（R2=0.0018）,CGR与根重的相关性较高（R2=0.5424）。使用K*单标记检测和MQM方法共鉴定得到38个QTLs（FI和CGR）覆盖了大豆20条染色体,双亲对超亲遗传都有贡献。研究发现在缺少SCN主要抗性基因（如rhg1和Rhg4）的情况下,综合考虑FI、CGR及根重三者有利基因的组合可以有效抑制线虫繁殖,同时发现对SCN有耐性并适合于东北种植的具有绥农背景的代换系株系具有潜在的应用价值。4.为了解析09-138对SCN4和SCN5的抗性差异,利用全长转录组（ONT）对侵染和未侵染的大豆根部进行测序。通过基因组结构分析,得到lnc RNA转录本为288个,可变剪接数量均在200个左右;转录因子分析中WRKY、AP2/ERF-ERF、NAC、GRAS转录本的数量均在200个以上;差异表达基因分析中共鉴定了2255个DEG。通过对差异表达基因进行功能注释及富集分析,所有过氧化物酶的GO注释与防御线虫反应相关（GO:000215）,KEGG富集于苯丙烷类生物合成（ko00940）;96%的WRKY转录因子与呼吸爆发防御反应相关（GO:0002679）;VQ（Valine-glutamine）motif基因中,与对照相比Glyma.03G120700与Glyma.19G125300基因表达最高,可能在防御线虫方面存在潜在的功能。同时利用q RT-PCR比较了3个单倍型不同抗感的大豆品种（09-138,抗线12号、11-452和东生1号）在3个时间点（3 d、6 d和8 d）对SCN4和SCN5的表达,同一基因表达量的不同,说明对两个线虫之间防御机制不同,对这些基因功能研究将有助于阐明线虫的抗性或者防御机制。综上,本研究所筛选的抗性种质资源、确定的抗性单倍型、鉴定的分子标记能够加速东北大豆抗孢囊线虫分子辅助育种,通过解析大豆-孢囊线虫复杂的互作机制,从而丰富了线虫-植物互作知识。
张晶晶[2]（2021）在《陆地棉GhHDA5和GhHDA6基因在棉花早熟性中的功能分析》文中研究说明棉花是重要的纤维作物,在我国农业经济中具有重要作用。棉花早熟性是一个复杂的农艺性状,也是棉花育种的重要目标之一。目前对棉花研究大多都集中于棉花纤维品质、产量等,而对于棉花早熟性研究较少,本研究旨在挖掘棉花早熟相关基因,并对其功能进行分析,主要结论如下:1.本研究在实验室之前的基础上,针对一个开花相关主效QTL,从重组自交系群体中挑选RIL174为母本,G2005为轮回亲本构建一个包含有828棵单株的BC1F2次级分离群体。调查该群体的开花期符合正态分布。在候选区段附近筛选到13对多态性SSR标记,对BC1F2群体进行基因型鉴定,利用加性-完备区间作图法进行QTL定位。检测到在D03染色体上存在一个主效QTL（q FT-D03）,位于基因组32.8-34.82 Mb之间,LOD值为17.57,解释表型变异9.87%。对区段内68个基因进行功能注释结合表达模式分析,挑选出来一个棉花开花相关基因Gh HDA6。组织表达模式分析表明Gh HDA6基因在花器官中具有较高的表达水平,而且在两个亲本花芽分化时期存在显着差异。Gh HDA6过表达转基因拟南芥比野生型开花提前,而病毒诱导Gh HDA6基因沉默株系跟对照VA植株相比表现出了晚花的表型。通过筛选早熟相关酵母AD质粒文库,检测到两个基因Gh MSI4和Gh NF-YC2基因与Gh HDA6相互作用,这两个基因表达模式相似,且都在棉花早晚熟材料中差异表达,推测两个基因与Gh HDA6基因相互作用共同调控棉花开花时间。2.为了鉴定棉花早熟性状果枝始节位相关QTL和基因,本研究利用重组自交系RIL182为基础材料,G2005为轮回亲本,构建一个包含有278棵单株的BC4F2群体。在现蕾期调查BC4F2群体的果枝始节位,从中挑选极端单株构建两个DNA混池,结合BSA测序技术,对果枝始节位这一早熟性状进行QTL定位。通过QTL-seq和共定位方法鉴定到两个关键QTL位于果枝始节位的热点区域。通过表达模式分析和VIGS试验鉴定到两个跟果枝始节位和开花相关的基因Gh APL和Gh HDA5,二者在两个亲本花芽分化时期具有显着差异。病毒诱导Gh APL和Gh HDA5基因沉默,相比于对照VA植株,沉默植株表现出了果枝始节位升高,开花延迟的表型。3.本研究鉴定到两个棉花组蛋白去乙酰化酶Gh HDA6和Gh HDA5与早熟性状相关,表明RPD3类型的去乙酰化酶在棉花早熟性方面起重要作用。通过全基因组鉴定,在9个物种中共检测到108个RPD3基因。根据拟南芥的分类,这些基因被分为四个亚组。通过对54个棉花RPD3基因的外显子-内含子结构和保守基序分析,四个亚家族之间存在显着差异,但在同一分支上高度保守。RPD3基因在二倍体棉种和四倍体棉种中的基因数目和染色体分布相对保守。基因表达模式分析显示,大部分Gh RPD3基因在花器官中具有较高的表达水平,而且低温、高温、PEG和Na Cl四种非生物胁迫可以不同程度的诱导RPD3基因的表达。在棉花花芽分化阶段,5个RPD3基因在早熟棉中50的表达水平显着高于晚熟棉国欣11号。此外,Gh RPD3基因可以响应外源激素Me JA和ABA的处理。这些结果为今后分析棉花早熟的遗传机制和选育早熟品种奠定了基础。
朱韶华[3]（2021）在《高山美利奴羊羊毛品质与红细胞性状基因组选择和全基因组关联分析研究》文中认为高山美利奴羊是在高山寒旱生态区育成的羊毛纤维直径主体为19.1～21.5μm的一流毛肉兼用美利奴羊新品种,常年生活在高海拔寒旱地区,具有生产性能高、羊毛综合品质优和高原低氧适应性强等特点。与之突出特点相关的羊毛品质和抗高原缺氧等重要性状的基因组选择和全基因组关联分析研究仍处于起步阶段,如何提高育种值估计准确性来缩短世代间隔、加速遗传进展及挖掘与重要性状关联的候选基因已成为高山美利奴羊选育提高和品种完整结构建设中亟需解决的问题。本研究通过基因组选择和全基因组关联分析方法,以高山美利奴羊为研究对象,结合不同密度SNP微阵列数据,以GBLUP（Genomic Best Linear Unbiased Prediction）和Bayes-Alphabet模型为基础,研究不同因素对基因组育种值（Genomic Breeding value,GEBV）估计准确性的影响;采用全基因组关联分析对羊毛品质和高原低氧适应性相关的QTL进行精细定位以搜寻关键的区域信息和候选基因。研究结果如下:1.加性和显性遗传效应对基因组预测准确性的影响结合Affymetrix HD 630K微阵列分型数据,基于GBLUP模型,采用仅包含加性遗传效应的MAG模型（Model with Additive Effect GBLUP）和包含加性与显性遗传效应的MADG模型（Model with Additive and Dominance Effect GBLUP）对498只高山美利奴羊的共9种羊毛品质性状和高原低氧适应性相关的红细胞性状进行基因组预测,遗传方差组分估算结果显示,束纤维断裂伸长率、红细胞计数和红细胞压积三种性状的显性方差占总表型方差比例分别为73%、28%和25%,对其显性方差比例较高的性状,MAG模型获得的GEBV估计准确性更高;多重交叉验证的结果显示,两种模型的预测准确性,除毛丛长度（R2=0.25）和平均血红蛋白浓度（R2=0.12）之外,MAG模型均高于MADG。以上结果表明,MAG模型更适用于高山美利奴羊羊毛品质和红细胞性状的基因组预测。2.标记密度、统计模型和遗传力对基因组预测准确性的影响采用50K和630K两种不同密度的微阵列数据,基于GBLUP和Bayes-Alphabet模型对821只高山美利奴羊遗传力水平不同的6种羊毛品质性状进行基因组预测分析。遗传力估计结果显示,束纤维断裂伸长率和束纤维断裂强度的遗传力分别为0.29和0.35,为中等遗传力水平性状;毛丛长度、毛纤维直径、毛纤维直径变异系数和净毛率的遗传力分别为0.68、0.44、0.55和0.46,为高遗传力性状。标记密度由50K增加至630K后,束纤维断裂伸长率和束纤维断裂强度的预测准确性分别提高了11%（Bayes A）和13%（Bayesion LASSO）,净毛率和毛纤维直径变异系数仅提高了1%（Bayes B）,毛丛长度下降了6%（Bayesion LASSO）,表明增加标记密度可有效提高束纤维断裂伸长率等中等遗传力水平性状的GEBV估计准确性,但对毛丛长度等高遗传力水平性状影响微弱,甚至出现准确性下降的情况;GBLUP模型在中等遗传力水平性状的预测准确性均高于Bayes-Alphabet模型,Bayes B和Bayesion LASSO模型在高遗传力水平性状的准确性更高,表明GBLUP模型更适用于中等遗传力水平性状的基因组预测,Bayes B和Bayesion LASSO模型更适合高遗传力水平性状的基因组预测。3.羊毛品质和红细胞性状全基因组关联分析研究以498只高山美利奴羊组成的目标群体,利用单标记和单倍型,基于广义线性模型（Generalized Linear Models,GLM）对红细胞性状执行全基因组关联分析,通过基因定位和功能注释,筛选出DHCR24、EFNB2、SH2B3、PLCB1、SPATA9和FLI1六个基因作为影响群体高原低氧适应性的潜在候选基因,特别是PLCB1和FLI1,分别与红细胞生成、正常造血和携氧功能有密切关联;建立977只高山美利奴羊组成的目标群体,利用单标记,基于Farm CPU（Fixed and random model Circulating Probability Unification）模型对羊毛品质性状执行全基因组关联分析,筛选出PBX1、TRPC3、SLITRK5和PVRL1四个基因作为羊毛品质性状相关的潜在候选基因,特别是PBX1和SLITRK5,分别与毛囊间充质干细胞的衰老延迟与表皮的分化、表皮稳态有密切关联,上述结果可作为高山美利奴羊基因组预测研究中具有显着效应的潜在区域。本研究通过纳入加性与显性遗传效应对GBLUP模型进行了优化,发现束纤维断裂伸长率等显性方差占总表型方差比例较大的性状（大于25%）,MAG模型在GEBVs估计中具有更高的准确性,更适用于高山美利奴羊羊毛品质和红细胞性状的基因组预测。增加标记密度可有效提高束纤维断裂伸长率等中等遗传力水平性状的GEBVs估计准确性,但对毛丛长度等高遗传力水平性状影响甚微;通过两类模型的预测准确性比较,GBLUP模型更适合中等遗传力水平性状的基因组预测,Bayes B和Bayes LASSO模型更适合高遗传力水平性状的基因组预测。基于不同GWAS模型和标记类型,筛选出羊毛品质性状关联的4个候选基因（PBX1、TRPC3、SLITRK5和PVRL1）和高原低氧适应性关联的6个候选基因（DHCR24、EFNB2、SH2B3、PLCB1、SPATA9和FLI1）,特别是PLCB1和FLI1,分别与红细胞生成、正常造血和携氧功能有密切关联;PBX1和SLITRK5,分别与毛囊间充质干细胞的衰老延迟与表皮的分化、表皮稳态有密切关联。为高山美利奴羊的基因组选择提供适宜的GEBVs估计模型和具有重要效应的标记信息,并为高原家畜的功能基因挖掘提供有价值的参考。
吴国芳[4]（2021）在《高丹草低氢氰酸性状主效QTL PA7-1和PA7-2的精细定位及其候选基因分析》文中提出高丹草（Sorghum-sudangrass hybrid）杂种优势强、营养价值高、适口性好、可多次刈割利用,是重要的一年生饲用作物。但因其幼嫩茎叶中含有一定量的氢氰酸,家畜采食过量易产生中毒现象。因而培育低氢氰酸含量的高丹草是重要育种目标。在课题组前期对高丹草低氢氰酸含量性状相关主效QTL PA7-1定位研究基础上,我们用高丹草（散穗高粱×红壳苏丹草）F2分离群体1200个单株对低氢氰酸含量性状定位研究发现了另一个相关的主效QTL PA 7-2。进而采用BSA-SSR方法和低氢氰酸含量目标性状QTL侧翼的SSR标记,从高丹草群体1200个分离单株中筛选建立了等位基因重组QIRs群体,经套袋自交得到F3分离群体,并从中筛选出130个F3重组株构建了精细定位群体。本试验重点对PA 7-1和PA7-2这两个主效QTL进行了精细定位及其候选基因挖掘和功能分析。主要结果如下:1.从散穗高粱×红壳苏丹草的1200个F2群体单株中各选10个低氰与高氰植株的DNA等量混合建立基因池,并以亲本为对照筛选得到SSR适宜引物11对。用这11对引物对F2分离群体1200个单株及其双亲的基因组DNA进行PCR扩增,共得到多态性条带位点253个。2.利用这253个多态性标记构建了一个基于高丹草F2群体的连锁群图谱,其覆盖基因组长度211.5 cM,标记间平均距离为0.84 cM。QTL定位检测到4个与低氢氰酸含量性状相关的QTLs,只有PA 7-1和PA 7-2为主效QTL,其遗传贡献率分别为57.4%和47.1%。3.采用QTL侧翼SSR标记对1200个F2单株进行筛选,分别建立了 2个PA 7-1和PA7-2的QIRs群体,各包含379和121个重组株。利用单粒传法分别获得了 F2:3群体,基于该群体再次进行QTL定位,验证了 PA7-1和PA7-2的稳定性。4.为缩短PA7-1和PA7-2的精细定位区间,利用高丹草130个F3重组单株的精细定位群体分别进行了精细定位。最终将PA7-1确定在标记SORBI4G4-120和SORBI4G4-680之间,包含8个SSR标记;将PA7-2确定在标记Sobic.8g1-600和XM00242-400之间,包含6个SSR标记。5.对PA7-1的8个和PA7-2的6个SSR标记片段进行回收、纯化、测序及与已知的高粱基因组比对分析,首次建立了PA7-1和PA7-2高分辨率的物理图谱。将PA7-1确定在高粱第4号染色体的203.6 kb基因组区域内,该区间包含了 18个候选基因;将PA7-2确定在高粱8号染色体上18.4 kb和25.5 kb的区域内,以及该染色体上克隆BAC 88M4基因AY661656.1上,它们共包含了 5个候选基因。6.通过RT-PCR表达水平验证发现,PA7-1有2个基因XM 021458168.1和XP021313843.1,PA7-2有1个基因AY661656.1,这3个基因在低氰的父本红壳苏丹草和F2植株的苗期、分蘖期和拔节期中均有显着表达,表明它们是调控高丹草低氢氰酸含量性状的重要候选基因。
李世姣[5]（2021）在《小麦耐盐品系筛选及耐盐QTL定位》文中研究说明由于工业发展和人类社会活动的影响,次生盐碱地面积不断扩大,严重威胁粮食的产量和品质;而培育、种植耐盐品种是目前缓解土地盐渍化最为经济有效的措施。本研究通过苗期耐盐鉴定从实验室自育的小偃麦渗入系中筛选出一批耐盐性较好的品系,并以其中1份品系CH7034与盐敏感品种SY95-71的重组自交系（RIL）为作图群体,进行苗期耐盐QTL定位;此外,基于CH7034和SY95-71,对ERF家族中的盐胁迫响应成员进行发掘。本研究为培育小麦耐盐品种提供了新抗源和分子依据。1.利用浓度为200 mmol·L-1、300 mmol·L-1、400 mmol·L-1、500 mmol·L-1的Na Cl溶液对对照组耐盐品种旱选12和盐敏感品种中国春（CS）进行盐胁迫,以叶片盐害程度为指标进行小麦苗期耐盐性鉴定,确定300 mmol·L-1Na Cl溶液为种质筛选最佳盐处理浓度;随后对本实验创制的184份小偃麦渗入系进行耐盐鉴定,属于高耐、耐盐、中耐、敏感和高感的品系分别有0、9、83、89、3份,占比为0%、4.89%、45.11%、48.37%和1.63%;其中耐盐性高于旱选12的小偃麦渗入系有6份,为CH9763、CH3286、CH1696、CH7034、CH1715和CH16425。同时,对小麦品种周麦22、烟农999、济麦27、山融3号、茶淀红以及AK58进行了耐盐性评价,鉴定结果为:山融3号>济麦27>周麦22>茶淀红>AK58>旱选12号>烟农999>中国春。2.小偃麦渗入系CH7034是上述筛选出的耐盐性高于旱选12的6份品系之一。将CH7034与盐敏感小麦品种SY95-71在不同浓度Na Cl溶液中进行苗期耐盐鉴定,结果显示在250 mmol·L-1Na Cl溶液胁迫下耐盐表型差异最为明显;根尖离子流速测定实验证实了两者在Na+、K+吸排方面差异显着;利用250 mmol·L-1Na Cl溶液对CH7034和SY95-71的RIL群体家系进行多次耐盐表型鉴定,结合SNP芯片扫描数据,从小麦5AL染色体上定位出1个稳定的耐盐位点QKna.sx＿5A,其表型解释率为15.73%-20.18%,通过标记加密将其最终定位在标记Kna-5A5845和Kna-5A5950之间,物理距离约为10.5 Mb。3.乙烯响应因子（Ethylene response factor,ERF）在植物抵御盐胁迫过程中发挥重要作用。从普通小麦全基因组中分离了96个ERF家族成员,在A、B、D基因组中共有229个拷贝序列;通过聚类分析和转录组数据分析筛选出13个与已克隆耐盐ERF基因相似性高或受Na Cl诱导的Ta ERF成员,并验证这些基因在CH7034和SY95-71受250 mmol·L-1Na Cl胁迫后的表达水平变化情况。结果显示Ta ERF27、Ta ERF35、Ta ERF55和Ta ERF64在耐盐材料CH7034中受Na Cl胁迫后显着上调,而在盐敏感品种SY95-71中无明显变化,推测可能为盐胁迫响应基因;组织特异表达结果显示这4个盐胁迫响应基因在CH7034苗期根和叶中均具有较高的表达水平。
边盈盈[6]（2021）在《陆海回交自交系群体油分含量QTL定位及候选基因GhHSD1的功能初步分析》文中进行了进一步梳理棉花是我国重要的经济作物和油料作物,棉籽油更是与大豆油、花生油、油菜籽油和向日葵油共称为我国五大食用油。目前,对棉籽含油量的研究主要集中于油分代谢通路上的关键基因（如Gh13LPAAT5、Gh PEPC2、Gh ACCase、Gh WRI1a和Gh PDAT）的家族分析,及油分含量相关位点的QTL的定位,而通过QTL定位结果挖掘与油分相关的候选基因并进行功能验证的研究仍鲜有报道。因此,本研究利用陆海BILs群体棉籽油分含量的数据,进行棉籽油分含量相关的QTL定位,并结合生物信息学和功能基因组学,筛选出候选基因进行初步的功能分析。具体结果如下:1.利用核磁共振仪器测得5个环境下带壳棉籽的油分数据,对亲本和群体的表型数据进行描述性统计分析,海7124的平均含油量为33.75%,中棉所36的平均含油量为28.97%,亲本海7124的油分含量显着高于陆地棉中棉所36,5个环境中群体的变异系数都在10%以上,说明群体内的变异丰富,适合进行QTL分析。2.利用ICiMapping的双亲本种群的QTL作图模型（BIP）进行定位,鉴定到9个与油分含量相关的QTLs,其中D03染色体上定位的QTL表型解释率（PVE）和LOD值较高,分别为34.73%和16.88,并且在5个环境中都检测到,因此将D03染色体上的QTL视为稳定QTL。3.参考已有的研究,发现棉籽油分在胚珠发育的20天开始快速积累,基于此对定位得到的稳定区间内的基因进行筛选,结合高油材料海岛棉海7124和低油材料陆地棉TM-1的转录组数据,在D03染色体上的QTL区间中筛选出9个在胚珠发育20天高表达的基因。发现Gh＿D03G1072基因在油分快速积累前期基本不表达,在油分快速积累（胚珠发育20天）时期表达量较高,该基因注释为羟基类固醇脱氢酶,将其命名为GhHSD1。4.对HSD1基因在小麦、玉米、拟南芥、花生、大豆、棉花等不同物种中的直系同源基因编码的蛋白质构建进化树进行分析,结果表明棉花中的HSD1基因与大多数油料作物中的基因聚为一大类,而与淀粉类作物亲缘关系较远,该结果说明HSD1基因的进化伴随着物种间的分化。进一步分析HSD1基因的保守结构域,结果发现不同物种的蛋白序列都具有典型的保守功能域,该功能域为油体固醇蛋白所特有:在蛋白序列的中间有一个保守的酶活位点为Yxxx K,其次,在蛋白质的N端（氨基端）是一个共辅酶的结合位点,序列为Gxxx Gx G。5.分析35S::GhHSD1和35S::Gb HSD1转基因酵母阳性克隆的总油分含量以及脂肪酸组分正十二烷酸（C12:0）、肉豆蔻酸（C14:0）、棕榈酸（C16:0）、硬脂酸（C18:0）和油酸（C18:1）的含量,结果表明转基因酵母株系的总油分以及脂肪酸各个组分含量相较于对照都显着增高。与野生型相比,过表达陆地棉GhHSD1基因的拟南芥后代种子油分含量提高,并且提高了油酸（C18:1）、亚油酸（C18:2）、亚麻酸（C18:3）、花生酸（C20:0）和二十碳烯酸（C20:1）的含量。综上,本研究结合转录组分析以及QTL定位结果,确定候选基因为GhHSD1（Gh＿D03G1072）,它编码羟基类固醇脱氢酶,初步对候选基因进行功能验证,为增加棉花油分含量和改良棉籽油品质奠定理论基础。
陈雷[7]（2021）在《水稻花期耐热性与耐热QTL定位及候选基因分析》文中提出近年来,全球气候变化日益严重,极端高温天气的发生越来越频繁,高温已成为威胁水稻安全生产最主要的非生物胁迫之一。开花期是水稻对温度变化极为敏感的时期,也是决定籽粒产量最关键的阶段。因此,研究水稻花期耐热生理特性,鉴定不同水稻基因型耐热性,发掘水稻耐热基因资源,进而培育耐热新品种以应对气候变暖的威胁,具有重要意义。本研究基于水稻高温危害积温与颖花相对结实率的关系,探讨水稻耐热性鉴定方法并鉴定评价不同水稻基因型耐热性,进而为水稻实际生产筛选出耐热性强、产量水平高的品种,为耐热水稻育种筛选出优良供体材料;以不同耐热性水稻品种响应高温胁迫的差异性反应,明确水稻花期耐热生理基础;以耐热品种和高温敏感型品种杂交获得的遗传后代群体开展水稻花期耐热性QTL定位及其候选基因分析,为耐热水稻品种选育提供理论基础和供体材料。主要结果如下:1.建立了水稻花期耐热性鉴定方法以桂两优2号、良丰优339和N22为研究材料,以自然条件下生长植株为对照,在人工气候室设置不同的高温处理（35和38℃）和持续时间（2、4、6、8和10 d）,于水稻花期始起进行高温处理,成熟后计算高温颖花相对结实率（RSF）。结果表明,以32℃为高温危害临界温度,RSF与高温危害积温（Ta）之间呈负指数关系(RSF=117.9·e-0.01Ta,R2=0.82*,P<0.05),以相对结实率为50%时的高温危害积温,结合水稻开花习性,确定了在人工气候室于水稻花期进行高温38℃每天处理6 h（9:30-15:30）连续处理3 d的方法,可以科学快速有效地区分不同水稻基因型间的耐热性差异。2.鉴定出花期耐热性差异显着的水稻基因型在人工气候室模拟水稻花期高温胁迫,以高温胁迫下的结实率和相对结实率结合产量高低水平为评价指标,对100个不同水稻基因型的耐热性进行鉴定与评价。结果表明,不同水稻基因型间在花期耐热性和产量潜力上均存在显着差异;综合高温胁迫下结实率表现和产量水平,通过聚类分析筛选出特优837、云光14号、Q优8号、国稻7号、Y两优865、汕优63和黄华占等耐热性强、产量水平高的品种和OM4900、882H、93-11等高温敏感型品种。3.明确了高温胁迫下剑叶保持较高的光合特性、可溶性蛋白、脯氨酸含量和抗氧化酶活性以及较低的MDA含量是水稻花期耐热生理基础以不同耐热性水稻品种（Y两优1号和良丰优339）开展高温胁迫下水稻花期耐热生理基础研究。结果表明,在38℃高温胁迫下,Y两优1号比良丰优339更耐热,具有较高的颖花育性;净光合速率和SPAD值均下降,但与高温敏感型品种相比,耐高温品种在高温胁迫下Pn下降相对较小而能保持较高的光合能力;高温胁迫使剑叶可溶性糖、可溶性蛋白含量降低,而脯氨酸含量升高;高温胁迫下,高温敏感型品种的丙二醛（MDA）含量增加幅度比耐高温品种更为显着;耐高温品种比敏感品种更能保持较高的抗氧化酶活性。因此,高温胁迫下,水稻剑叶保持较高的光合特性、可溶性蛋白、脯氨酸含量和抗氧化酶活性以及较低的MDA含量是水稻花期耐高温的生理基础。4.挖掘出水稻花期耐热QTL 1个（q HTT8）及2个候选基因（LOC＿Os08g07010和LOC＿Os08g07440）以水稻耐高温品种黄花占与高温敏感品种93-11杂交获得的F2:3群体为材料,对水稻花期耐热性QTL进行定位。基于BSA-seq方法,在第8染色体上发现了一个控制水稻花期耐热性的主效QTL-q HTT8。q HTT8候选区域包含65个预测基因,其中有10个预测基因与非生物胁迫耐受相关。利用q RT-PCR技术分析了这10个基因在高温条件下黄华占和93-11之间的差异性表达,其中,LOC＿Os08g07010和LOC＿Os08g07440在高温诱导下在黄华占上的相对表达量显着高于9311。进一步通过同源基因分析表明LOC＿Os08g07010和LOC＿Os08g07440可能是q HTT8的候选基因。本研究结果将为今后利用分子标记辅助选择技术克隆q HTT8和选育耐热水稻品种提供参考。
汤彬[8]（2020）在《玉米粒长qKL1.07和粒宽qKW7b的精细定位和候选基因挖掘》文中进行了进一步梳理玉米（Zm mays L.）籽粒大小是影响产量的关键因素,也是驯化和改良过程中重要的目标性状。籽粒大小属于复杂数量性状、由微效多基因控制。随着现代分子生物学的发展,人们对自然变异控制玉米籽粒大小关键基因的研究报道逐渐增多。本实验室前期研究分别在玉米第1染色体bin 1.07和第7染色体bin 7.02上定位到控制粒长的主效QTL qKL1.07和粒宽的主效QTL qKW7。在此基础上,本研究分别构建两个目标QTL的高代回交群体,结合分子标记辅助选择和高密度SNP芯片筛选目标QTL近等基因系,构建大规模分离群体,精细定位了这两个目标QTL,结合连锁分析、关联分析、转录组测序、比较基因组学和遗传转化等方法确定了候选基因,并进行了功能验证。主要研究结果如下:1)玉米粒长QTLqKL1.07精细定位和候选基因分析。利用粒长近等基因系构建8375个F2单株,将qKL1.07精细定位在B73参考基因组48 kb区间,区间内注释有细胞色素P450（Zm00001d032035）和羧酸酯酶（Zm00001d032036）2个基因。在精细定位区间,作图群体双亲Mo17和黄早四的参考基因组分别有131 kb和118 kb,预测有5个和2个基因。对粒长近等基因系qKL1.07Mo17和qKL1.07HZS授粉后第6、12和18天的籽粒进行转录组分析,共检测到2511个差异表达基因,其中“苯丙烷生物合成”在三个时期显着富集,“营养库活性”、“植物和病原菌互作”在两个时期显着富集。候选基因关联分析表明Zm00001d032035基因编码区4个SNP和粒长显着关联,且Zm00001d032035基因编码区有1个12 bp的InDel导致4个氨基酸差异。qRT-PCR发现Zm00001d032035基因在qKL1.07Mo17和qKL1.07HZS籽粒发育早期存在差异表达。构建Zm000O1d032035的Mol7（长粒）基因单倍型的过表达载体转化玉米自交系B104,与野生型相比T1代转基因阳性植株粒长显着增加。2)玉米粒宽QTL qKW7b精细定位和候选基因分析。将粒宽主效QTL qKW7分解为2个紧密连锁、遗传效应相反的QTL:qKW7a和qKW7b。利用粒宽近等基因系构建3260个F2单株,将qKW7b精细定位在B73参考基因组59 kb区间,区间内只有1个锌指同源结构域的转录因子（Zm00001 d020460）。在精细定位区间,作图群体双亲掖478和黄早四参考基因组分别有50 kb和62 kb,预测只有Zm00001d020460基因,为重要候选基因。对粒宽近等基因系qKW7bYE478和qKW7bHZS授粉后第6、12和18天的籽粒进行转录组分析,共检测1960个差异表达基因,其中显着富集的GO条目“DNA结合”包括Zm00001 d020460基因。候选基因关联分析发现Zm00001d020460启动子区2个SNP和编码区1个SNP与粒宽显着关联。qRT-PCR发现Zm00001 d020460基因在qKW7bYE478和qKW7bHZS籽粒发育不同阶段存在差异表达。构建Zm00001d020460的掖478基因单倍型的过表达载体转化玉米自交系B104,与野生型相比T1代转基因阳性植株粒宽显着减小。
夏文秀[9]（2019）在《杨树叶锈病抗性QTL定位与抗病防卫反应相关基因筛选及功能鉴定》文中指出杨树（Populus L.）作为我国主要用材林树种,病害的广泛发生严重制约其生产应用。本研究从数量遗传学和分子生物学的角度探讨杨树抗病遗传学规律,挖掘并验证一批参与抗病防卫反应的候选基因。在数量遗传学研究方面,主要借助于I-69杨×小叶杨杂交F1群体开展叶锈病抗性QTL定位,对获得的主效QTL区间进行候选基因分析,提出可靠性极强的抗叶锈病候选基因。在分子生物学研究方面,通过多组学分析挖掘一批抗病防卫反应候选基因,随后在拟南芥和杨树中构建超表达转基因突变体,对突变体材料进行抗病相关性状鉴定,确定其是否参与杨树抗病防卫反应。主要研究结果陈述如下:1、在前期构建的I-69杨×小叶杨杂交F1大群体中,随机挑选300个子代进行扦插繁殖构成一个新的F1群体。提取该群体亲本和子代单株DNA,进行GBS（Genotyping By Sequencing）测序。对获得的GBS数据进行深度挖掘,获取SNP（Single Nucleotide Polymorphism）分子标记,并构建了一张高密度遗传图谱,该图谱共含2539个SNP分子标记。其中,父本图谱上具有1650个SNP分子标记,母本图谱上具有889个SNP分子标记,父母本图谱上均具有19个连锁群。在2017-2018年,分别在3个环境下对300个子代进行叶锈病抗性鉴定,结合高密度遗传图谱和叶锈病抗性鉴定结果,对叶锈病抗性进行QTL定位,解析叶锈病抗性变异的遗传规律。在所获得的主效QTL位点中,对应于17号染色体64.00-68.00 cM位置的QTL表型贡献率最高达到12.84%,并能在两个不同环境中重复。对该QTL位点进行候选基因分析,发现在QTL峰值处有一个R基因在父本小叶杨基因组中出现601bp片段缺失多态性。利用该多态性进行PCR引物设计,成功获得了一个与杨树叶锈病抗性QTL区间紧密连锁的共显性分子标记。2、通过对茉莉酸（Jasmonic Acid,简称JA）、水杨酸（Salicylic Acid,简称SA）、叶锈病病原菌处理杨树叶片,并开展转录组学分析和部分基因实时荧光定量PCR（qRT-PCR）验证,按照一定的阈值和筛选方案,从中挑选出6个抗病防卫反应基因,这些基因对应毛果杨参考基因组编号为Potri.005G257900、Potri.003G166500、Potri.007G099400、Potri.004G158200、Potri.006G055600和Potri.004G161500。为方便叙述,将它们分别编号为XW1、XW2、XW4、bZIP44、ZI、GATA6。此外,实验室前期毕业同学研究的两个与杨树抗病防卫反应相关的基因,分别为Potri.007G123700（YH3）基因和Potri.011G070100（YH9）基因也作为目的基因进行后续研究。对筛选出的候选转录因子基因构建GFP（绿色荧光蛋白）融合载体,在烟草表皮细胞中开展亚细胞定位,发现这些候选基因中的转录因子蛋白均定位在细胞核中。3、对上述筛选的8个目的基因构建超表达载体,并对其中的bZIP44基因构建抑制表达载体。通过花序侵染法将bZIP44基因和YH9基因的超表达载体转入野生型拟南芥。通过农杆菌介导法将所有8个目的基因的超表达载体转入南林895杨中。对上述转基因材料开展DNA、RNA和蛋白质3个水平阳性鉴定,均成功获得阳性转化株系。对拟南芥中获得的阳性转化材料进行单拷贝筛选和自交繁殖,成功获得bZIP44基因和YH9基因的T3代转基因材料各两个株系。对杨树转化材料进行扩增繁殖,大部分基因对应的阳性材料获得足够的转基因株系和单株。4、利用灰霉菌（Botrytis cinerea）及丁香假单孢杆菌pstDC3000（P.syringae pv.tomato strain DC3000）接种超表达bZIP44和YH9基因的拟南芥T3代纯合子和野生型拟南芥,结果显示在拟南芥中超表达YH9基因对灰霉菌的抗性减弱,而对pstDC3000的抗性没有明显规律;在拟南芥中超表达bZIP44基因对pstDC3000的抗性增强,而对灰霉菌的抗性减弱。5、利用杨树溃疡病病原菌葡萄座腔菌（Botryosphaeria dothidea）菌系3C进行室内离体接种所获得的杨树转基因材料叶片,与野生对照相比,转基因YH9、ZI、XW4的杨树表现出高度感病,而其他接种的转基因株系对3C抗性没有明显改变。利用杨树叶枯病病原菌细链格孢菌（Alternaria alternata）菌系3E进行室内离体接种所获得的杨树转基因材料叶片,与野生对照相比,转基因bZIP44、YH3、YH9的杨树株系表现出明显感病。因时间有限,部分基因超表达杨树转基因材料数量不足,未开展抗病接种鉴定。通过本项目的开展,我们成功获得了杨树叶锈病抗性QTL区间,并开发了与抗性位点紧密连锁的分子标记;同时我们还获得了一批参与杨树抗病防卫反应的候选基因,并对部分基因开展了两种病原菌接种鉴定。基于此,本研究加深了我们对杨树叶锈病抗性的了解,为抗性分子标记开发和深入细致的解析杨树对叶锈病抗性变异的遗传规律奠定基础,同时获得了与杨树抗病防卫反应相关的基因资源,为开展杨树抗病转基因育种提供参考。
方敏[10]（2019）在《微卫星标记在鳙群体遗传、亲子鉴定及关联分析中的应用》文中进行了进一步梳理鳙（Hypophthalmichthys nobilis）是我国四大家鱼之一,主要分布于长江流域和珠江流域以及一些附属淡水湖泊中,长江是鳙的主要产卵地和种质资源储藏库。由于长江水利工程、环境污染和围湖造田、过度不合理捕捞等各种原因的影响,长江流域鳙的种质资源持续衰退,主要表现在群体数量显着减少,群体结构不断简单化,天然苗种数量也在锐减。增殖放流虽然在一定程度上能有效补充长江鳙苗种资源和满足生产上苗种供应的要求,但是在长期的鳙人工繁殖过程中,由于缺乏科学系统的管理、合理的保种措施和繁殖亲本群体过小等原因导致的近亲繁殖和繁殖个体小型化、低龄化等问题突出,使得鳙的优良生长性状和抗病抗逆能力等不断降低的种质衰退越来越严重。因此,迫切需要对繁殖场鳙亲本的遗传多样性进行研究,并采用有效育种方法培育出具有优良性状的鳙新品种是保持其种质资源可持续利用的有效途径。微卫星（Microsatellite）存在于真核生物基因组中的非编码区,具有高度多态性和共显性等特点。本研究以鳙为主要研究对象,开展了微卫星分子标记的开发、多重PCR体系的构建、跨物种扩增、亲子鉴定和与早期生长性状关联性分析等研究,以期为鳙的遗传多样性研究和分子标记辅助育种提供技术辅助。首先本实验基于鳙转录组数据共开发出能够稳定扩增的微卫星分子标记35对,在24个鳙野生个体中,等位基因（Na）、观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）的范围分别是2-11、0.083-1.000和0.082-0.858,其中22个位点满足哈迪温伯格平衡,说明这些位点可用于鳙的遗传多样性研究。并借助新开发的微卫星分子标记和已发表鳙遗传图谱中的位点对应的核苷酸序列重新设计的引物,构建了鳙3组微卫星的4重PCR体系。其次将新开发的3组微卫星体系应用于鲢（H.molitrix）鳙的跨物种扩增和鳙的亲子鉴定。在跨物种扩增实验中,涉及的12个微卫星位点呈现较高位点多态性（鲢鳙的PIC均值分别为0.75和0.69）,群体遗传变异分析和结构分析的结果都能明显区分种间差异,表明该研究所构建的微卫星多重PCR体系可用于鲢鳙的遗传变异等研究。在鳙的真实亲子鉴定分析中,在12对亲本的设计下,模拟鉴定成功率可达96.88%;位点累积关系分析结果表明在使用8个位点时能达到90%的亲子鉴定成功率,随位点数量的增加鉴定成功率趋于稳定。最后根据已有鳙遗传连锁图谱QTL位点所在连锁群（LG9和LG17）上的位点重新设计48对微卫星引物,并与鳙育种材料F1代192尾个体的10月龄生长性状进行了关联分析,通过一般线性模型分析（GLM）获得了 8个与鳙早期生长显着相关的微卫星位点（P<0.05）,其中位点ArGT595和位点Hysd85-1分别与4个和3个生长性状相关联。总而言之,该研究基于鳙微卫星标记开发、多重PCR体系构建和应用研究,丰富了鳙群体遗传分析、亲子鉴定和关联位点筛选等研究手段及数据,可为鳙的种质资源保护和选育提供技术支持。
二、Chicken QTL mapping by multiplex PCR（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、Chicken QTL mapping by multiplex PCR（论文提纲范文）
（1）大豆对孢囊线虫Heterodera glycines的分子遗传抗性机制研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第1章 引言 |
| 1.1 大豆孢囊线虫病 |
| 1.1.1 大豆孢囊线虫病的特点及危害 |
| 1.1.2 大豆孢囊线虫病防治 |
| 1.2 大豆孢囊线虫的种群多样性及抗性资源 |
| 1.3 大豆孢囊线虫的遗传抗性及分子标记 |
| 1.4 抗大豆孢囊线虫基因rhg1和Rhg4 |
| 1.5 QTL定位的连锁分析与关联分析 |
| 1.5.1 遗传分离群体构建及连锁分析 |
| 1.5.2 关联分析 |
| 1.6 超亲遗传抗性 |
| 1.7 转录组测序技术 |
| 1.8 存在的问题及研究内容、目的与意义 |
| 第2章 SCN抗性筛选及rhg1和Rhg4位点的单倍型分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 植物材料 |
| 2.1.2 线虫接种 |
| 2.1.3 大豆品种SCN抗性表型鉴定 |
| 2.1.4 抗病及感病大豆品种根部染色 |
| 2.1.5 DNA提取 |
| 2.1.6 标记分析、聚合酶链式反应及测序 |
| 2.1.7 RNA提取和实时荧光定量PCR |
| 2.1.8 基因组DNA的拷贝数变异检测 |
| 2.1.9 统计分析 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 大豆对SCN4号及5号生理小种的表型鉴定 |
| 2.2.2 抗病及感病大豆品种SCN发育形态的比较 |
| 2.2.3 GmSHMT08和GmSNAP18基因位点单倍型鉴定 |
| 2.2.4 利用DNA标记对大豆品种进行基因分型 |
| 2.2.5 rhg1位点的拷贝数变异 |
| 2.2.6 GmSNAP18和GmSHMT08基因的表达分析 |
| 2.3 讨论 |
| 第3章 利用Graded Pool-seq和靶向测序基因型检测技术定位大豆F_2群体对SCN的抗性QTL |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 植物材料 |
| 3.1.2 线虫培养及F_2的表型鉴定 |
| 3.1.3 Graded Pool-seq测序 |
| 3.1.4 靶向测序基因型检测(GBTS) |
| 3.1.5 QTL定位 |
| 3.1.6 统计分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 F_2及其亲本对SCN4的表型鉴定 |
| 3.2.2 Gradseq Pool-seq测序 |
| 3.2.3 Graded Pool-seq关联分析 |
| 3.2.4 利用GBTS技术检测SNPs及其分析 |
| 3.2.5 通过非参数和MQM方法定位与SCN FI相关的SNPs |
| 3.2.6 Graded Pool-seq结合GBTS定位SNPs及基因预测 |
| 3.2.7 通过非参数和MQM方法分析与SCNCGR相关的SNPs的累加效应 |
| 3.3 讨论 |
| 第4章 利用感病亲本构建的染色体代换系群体定位SCN超亲抗性QTL |
| 4.1 植物材料 |
| 4.1.1 植物材料 |
| 4.1.2 线虫培养及CSSLs的表型鉴定 |
| 4.1.3 通过全基因组重新测序进行高通量基因分型 |
| 4.1.4 QTL定位 |
| 4.1.5 统计分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 CSSLs及其亲本对SCN的表型评估 |
| 4.2.2 单倍型模块的构建及QTL定位 |
| 4.2.3 根重与线虫繁殖相关的QTL定位 |
| 4.3 讨论 |
| 第5章 利用全长RNA-seq分析大豆与Heterodera glycines互作 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 植物材料、线虫培养及样品准备 |
| 5.1.2 RNA提取及全长转录组测序 |
| 5.1.3 实时定量PCR验证 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 大豆根部线虫发育形态 |
| 5.2.2 测序数据及其质量控制 |
| 5.2.3 转录本的去冗余及功能注释 |
| 5.2.4 与参考转录组序列比对 |
| 5.2.5 转录本及基因表达分布 |
| 5.2.6 lncRNA、可变剪接与转录因子统计 |
| 5.2.7 差异表达基因筛选 |
| 5.2.8 差异表达基因分析 |
| 5.3 讨论 |
| 第6章 结论与展望 |
| 6.1 研究结论 |
| 6.2 研究展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 |
（2）陆地棉GhHDA5和GhHDA6基因在棉花早熟性中的功能分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 植物开花的研究进展 |
| 1.1.1 花形态建成 |
| 1.1.2 开花调控途径 |
| 1.2 棉花早熟相关QTL和基因的研究进展 |
| 1.2.1 棉花早熟相关QTL定位 |
| 1.2.2 棉花早熟相关基因的克隆和功能验证 |
| 1.3 去乙酰化酶的研究进展 |
| 1.3.1 RPD3-type HDACs家族成员结构分析 |
| 1.3.2 RPD3 基因家族在植物生长发育过程中的作用 |
| 1.3.3 RPD3 家族基因在逆境胁迫中的作用 |
| 1.3.4 RPD3 家族基因在棉花中的研究 |
| 1.4 本课题研究意义 |
| 第二章 GhHDA6 基因的克隆和功能分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 群体构建和QTL-mapping |
| 2.1.2 候选基因鉴定 |
| 2.1.3 基因克隆和序列分析 |
| 2.1.4 构建载体 |
| 2.1.5 ProGhHDA6::GUS转基因拟南芥组织表达 |
| 2.1.6 启动子活性检测 |
| 2.1.7 亚细胞定位 |
| 2.1.8 过表达GhHDA6 转基因拟南芥开花表型 |
| 2.1.9 病毒诱导GhHDA6 基因沉默 |
| 2.1.10 自激活检测 |
| 2.1.11 酵母双杂交文库筛选及互作验证 |
| 2.1.12 双分子荧光互补(BiFC) |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 QTL-mapping |
| 2.2.2 候选基因功能注释 |
| 2.2.3 GhHDA6 基因的克隆与序列分析 |
| 2.2.4 GhHDA6 组织表达模式分析 |
| 2.2.5 启动子作用元件分析 |
| 2.2.6 启动子活性检测 |
| 2.2.7 GhHDA6 基因定位在细胞核 |
| 2.2.8 GhHDA6 过表达促进拟南芥开花 |
| 2.2.9 病毒诱导GhHDA6 基因沉默延迟棉花开花时间 |
| 2.2.10 自激活检测 |
| 2.2.11 筛选AD酵母文库质粒 |
| 2.2.12 GhHDA6 与候选基因在酵母细胞中的互作 |
| 2.2.13 双分子荧光互补 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 利用QTL-seq技术对陆地棉果枝始节位(NFFB)进行QTL定位和候选基因的鉴定 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 极端表型的鉴定和两个DNA混池的构建 |
| 3.1.3 基因组DNA的提取和Illumina测序 |
| 3.1.4 原始数据过滤和测序质量检查 |
| 3.1.5 突变位点检测和QTL-seq分析 |
| 3.1.6 共定位和候选基因鉴定 |
| 3.1.7 实时荧光定量PCR(qRT-PCR) |
| 3.1.8 GhAPL和 GhHDA5 基因结构及蛋白序列分析 |
| 3.1.9 VIGS试验 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 极端表型鉴定和两个混池的构建 |
| 3.2.2 使用Illumina测序进行质量评估 |
| 3.2.3 突变位点检测及QTL-seq分析 |
| 3.2.4 QTL-seq分析和与以往研究的共定位 |
| 3.2.5 通过表达模式分析鉴定候选基因 |
| 3.2.6 GhAPL和 GhHDA5 基因结构及序列分析 |
| 3.2.7 棉花基因GhAPL和 GhHDA5 的沉默 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 棉花RPD3/HDA1 基因家族的全基因组鉴定和表达模式分析 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 试验材料 |
| 4.1.2 RPD3 家族成员的鉴定和蛋白序列提取 |
| 4.1.3 RPD3 蛋白的多重比对和系统发育分析 |
| 4.1.4 RPD3 基因在染色体上的分布、基因结构和保守基序分析 |
| 4.1.5 基因复制事件和选择压力 |
| 4.1.6 GhRPD3 基因启动子区的顺式元件分析 |
| 4.1.7 基因表达模式分析 |
| 4.1.8 RNA提取及荧光定量PCR(qRT-PCR) |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 RPD3 基因家族在9 个物种中的鉴定 |
| 4.2.2 RPD3 基因家族的系统发育分析 |
| 4.2.3 外显子-内含子结构和保守结构域分析 |
| 4.2.4 染色体分布、基因复制和选择压力 |
| 4.2.5 GhRPD3 基因启动子区域顺式元件的分析 |
| 4.2.6 GhRPD3 基因在不同组织和非生物胁迫下的表达模式分析 |
| 4.2.7 在花芽分化过程中GhRPD3 基因的表达模式分析 |
| 4.2.8 GhRPD3 基因对MeJA和 ABA处理的响应 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 棉花RPD3 基因家族的系统发育、基因结构分析 |
| 4.3.2 陆地棉GhRPD3 基因的功能分析 |
| 第五章 结论 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 参考文献 |
| 附录 A |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（3）高山美利奴羊羊毛品质与红细胞性状基因组选择和全基因组关联分析研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| SUMMARY |
| 英文缩略表 |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 畜禽遗传评估的方法与研究进展 |
| 1.2 全基因组关联分析 |
| 1.3 基因分型的方法 |
| 1.4 本研究的目的和意义 |
| 第二章 加性和显性遗传效应对羊毛品质和红细胞性状GEBV估计准确性的影响研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.3 结果与分析 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第三章 统计模型、标记密度和遗传力对羊毛品质GEBV估计准确性的影响研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.3 结果与分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 第四章 羊毛品质和红细胞性状的全基因组关联分析研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.4 讨论 |
| 4.5 小结 |
| 第五章 结论 |
| 5.1 主要结论 |
| 5.2 创新点 |
| 5.3 后续研究内容 |
| 参考文献 |
| 附表与附录 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 导师简介 |
（4）高丹草低氢氰酸性状主效QTL PA7-1和PA7-2的精细定位及其候选基因分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 缩略语表 |
| 1 前言 |
| 1.1 高丹草概述 |
| 1.2 氢氰酸 |
| 1.2.1 非生氰糖苷类氰化物 |
| 1.2.2 生氰糖苷类氰化物 |
| 1.3 QTL定位 |
| 1.3.1 QTL定位原理及步骤 |
| 1.3.2 QTL定位的方法 |
| 1.3.3 QTL定位验证 |
| 1.3.4 QTL精细定位 |
| 1.3.5 精细定位区间候选基因分析 |
| 1.4 高丹草QTL定位研究进展 |
| 1.5 本研究的目的及意义和技术路线 |
| 1.5.1 本研究的目的及意义 |
| 1.5.2 技术路线 |
| 2 高丹草低氢氰酸含量QIRs群体构建 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料与种植 |
| 2.1.2 氢氰酸含量测定 |
| 2.1.3 DNA提取及BSA基因池的建立 |
| 2.1.4 SSR适宜引物的筛选及PCR扩增 |
| 2.1.5 数据统计与处理 |
| 2.1.6 高丹草低氢氰酸含量相关SSR分子标记的开发 |
| 2.1.7 遗传群图谱的构建和QTL定位分析 |
| 2.1.8 高丹草低氢氰酸含量QIRs等位基因重组群体的构建 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 氢氰酸含量测定 |
| 2.2.2 基因组DNA纯度的电泳检测 |
| 2.2.3 高丹草低氢氰酸含量相关SSR引物的筛选及多态性分析 |
| 2.2.4 高丹草低氢氰酸含量相关SSR分子标记的获得 |
| 2.2.5 高丹草遗传图谱构建及氢氰酸含量QTL定位 |
| 2.2.6 QIRs群体获得 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 BSA法评价 |
| 2.3.2 SSR分子标记及遗传图谱研究 |
| 2.3.3 QTL定位准确性 |
| 2.3.4 等位基因重组株QIRs分析 |
| 2.4 小结 |
| 3 高丹草低氢氰酸含量主效QTL PA7-1 的精细定位 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 群体构建 |
| 3.1.2 精细定位区间内标记的开发 |
| 3.1.3 F_3精细定位群体DNA提取、氢氰酸含量测定 |
| 3.1.4 高丹草连锁群构建 |
| 3.1.5 主效QTL PA7?1 的精细定位 |
| 3.1.6 主效QTL精细定位区间候选基因序列测定和分析 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 散穗高粱×红壳苏丹草F_(2:3)群体氢氰酸含量性状分析 |
| 3.2.2 F_(2:3)群体氢氰酸含量性状QTL定位 |
| 3.2.3 F_3群体氢氰酸含量性状变异 |
| 3.2.4 PA7?1 精细定位区间内标记的SSR特异引物的筛选 |
| 3.2.5 基于高丹草F_3精细定位群体连锁群构建及QTL定位 |
| 3.2.6 PA7?1 的精细定位 |
| 3.2.7 精细定位区间候选基因序列测定和分析 |
| 3.2.8 精细定位区间序列比对、物理图谱建立与候选基因分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 主效QTL PA7?1 的稳定性 |
| 3.3.2 主效QTL PA7?1 精细定位的准确性 |
| 3.3.3 低氢氰酸含量性状候选基因 |
| 3.4 小结 |
| 4 高丹草低氢氰酸含量主效QTL PA7-2 的精细定位 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 群体构建 |
| 4.1.2 精细定位区间内标记的开发 |
| 4.1.3 F_3精细定位群体DNA提取、氢氰酸含量测定 |
| 4.1.4 高丹草连锁群构建 |
| 4.1.5 主效QTL PA7?2 的精细定位 |
| 4.1.6 主效QTL精细定位区间候选基因序列测定和分析 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 散穗高粱×红壳苏丹草F_(2:3)群体氢氰酸含量性状分析 |
| 4.2.2 F_(2:3)群体氢氰酸含量性状QTL定位 |
| 4.2.3 F_3群体氢氰酸含量性状变异 |
| 4.2.4 PA7?2 精细定位区间内标记的SSR特异引物的筛选 |
| 4.2.5 基于高丹草F_3精细定位群体连锁群构建及QTL定位 |
| 4.2.6 PA7?2 的精细定位 |
| 4.2.7 精细定位区间候选基因序列测定和分析 |
| 4.2.8 PA7?2 精细定位区间序列比对、物理图谱构建与候选基因分析 |
| 4.3 讨论 |
| 4.3.1 PA7?1 和PA7?2 的加性效应 |
| 4.3.2 精细定位可行性分析 |
| 4.4 小结 |
| 5 PA7?1 和PA7?2 精细定位区间候选基因表达水平验证 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 试验材料 |
| 5.1.2 植物总RNA的提取 |
| 5.1.3 cDNA的合成 |
| 5.1.4 半定量RT?PCR |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 氢氰酸含量差异 |
| 5.2.2 总RNA的提取和检测 |
| 5.2.3 候选基因的RT?PCR表达验证 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 小结 |
| 6 结论 |
| 6.1 高丹草低氢氰酸含量主效QTL PA7?1 的精细定位和候选基因分析 |
| 6.2 高丹草低氢氰酸含量主效QTL PA7?2 的精细定位和候选基因分析 |
| 6.3 主要创新点 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附图 |
| 作者简介 |
（5）小麦耐盐品系筛选及耐盐QTL定位（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1.1 盐碱地的现状、危害及改良方法 |
| 1.1.1 盐碱地的现状 |
| 1.1.2 盐碱地对植物的危害 |
| 1.1.3 盐碱地的改良方法 |
| 1.2 小麦耐盐种质研究进展 |
| 1.2.1 小麦耐盐性鉴定指标 |
| 1.2.2 小麦耐盐种质研究现状 |
| 1.3 小麦耐盐相关基因的QTL定位研究进展 |
| 1.3.1 QTL原理 |
| 1.3.2 QTL遗传图谱的构建 |
| 1.3.3 小麦耐盐相关QTL定位进展 |
| 1.4 小麦耐盐基因介绍 |
| 1.4.1 小麦耐盐基因 |
| 1.4.2 ERF转录因子在耐盐方面的研究进展 |
| 1.5 植物耐盐机制 |
| 1.5.1 植物耐盐的生理机制 |
| 1.5.2 植物耐盐的分子机制 |
| 1.6 实验设计 |
| 1.6.1 研究的目的与意义 |
| 1.6.2 创新之处 |
| 第二章 小麦耐盐种质的鉴定 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 实验材料 |
| 2.1.2 试验方法 |
| 2.2 实验结果分析 |
| 2.2.1 预实验盐浓度的确定 |
| 2.2.2 耐盐种质的筛选结果 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 小麦耐盐种质的筛选 |
| 2.3.2 小麦耐盐种质的应用 |
| 第三章 小麦耐盐材料CH7034中QKna.sx_5A的定位 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 实验材料 |
| 3.1.2 群体亲本耐盐表型鉴定 |
| 3.1.3 DNA的提取 |
| 3.1.4 SNP芯片扫描 |
| 3.1.5 群体家系耐盐表型鉴定 |
| 3.1.6 QTL定位与标记加密 |
| 3.2 实验结果 |
| 3.2.1 群体亲本的耐盐表型差异 |
| 3.2.2 群体图谱的构建 |
| 3.2.3 作图群体的耐盐性鉴定 |
| 3.2.4 耐盐位点的定位 |
| 3.2.5 标记加密 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 小麦5A染色体上ERF基因对盐处理诱导的响应 |
| 4.1 实验材料 |
| 4.2 实验方法 |
| 4.2.1 盐胁迫处理 |
| 4.2.2 序列分离与系统发育树构建 |
| 4.2.3 基因表达谱 |
| 4.3 实验结果 |
| 4.3.1 TaERF家族的分离 |
| 4.3.2 TaERF与已知耐盐相关ERF的聚类分析 |
| 4.3.3 数据库中TaERFs对盐胁迫的响应 |
| 4.3.4 TaERFs受盐胁迫诱导 |
| 4.4 讨论 |
| 第五章 结论 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间获得的研究成果 |
| 致谢 |
| 个人简况及联系方式 |
（6）陆海回交自交系群体油分含量QTL定位及候选基因GhHSD1的功能初步分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 我国棉花生产现状 |
| 1.2 QTL定位原理与方法 |
| 1.2.1 数量性状及其遗传位点 |
| 1.2.2 遗传作图群体类型 |
| 1.2.3 遗传标记的类型 |
| 1.2.4 常见的分子标记 |
| 1.2.5 QTL定位方法 |
| 1.3 棉籽油分含量研究进展 |
| 1.3.1 棉籽油分含量和组成成分研究 |
| 1.3.2 棉籽油分含量QTL研究进展 |
| 1.3.3 其他油料作物油分含量研究进展 |
| 1.3.4 控制棉花油分含量基因的研究进展 |
| 1.4 本研究的目的与意义 |
| 第二章 海陆群体油分含量QTL定位 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 海陆群体油分含量测定 |
| 2.1.3 数据分析方法 |
| 2.1.4 棉籽油分含量性状QTL定位 |
| 2.1.5 棉籽油分含量相关候选基因HSD1 的筛选 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 棉籽油分含量的测定数据 |
| 2.2.2 群体油分含量方差分析 |
| 2.2.3 油分含量性状QTL定位结果 |
| 2.2.4 稳定 QTL 候选基因的挖掘 |
| 2.3 讨论 |
| 第三章 候选基因HSD1 功能验证 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 HSD1 系统发育树分析 |
| 3.1.3 陆地棉 GhHSD1 和海岛棉 GbHSD1 基因克隆 |
| 3.1.4 陆地棉 GhHSD1 和海岛棉 GbHSD1 亚细胞定位表达载体构建 |
| 3.1.5 陆地棉 GhHSD1 和海岛棉 GbHSD1 酿酒酵母表达载体构建与转化 |
| 3.1.6 转基因酵母阳性株的鉴定及诱导表达 |
| 3.1.7 酵母RNA的提取及q RT-PCR |
| 3.1.8 拟南芥表达载体构建 |
| 3.1.9 拟南芥的筛选与油分含量和脂肪酸各组分含量测定 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 GhHSD1和GbHSD1 基因克隆与序列分析 |
| 3.2.2 同源进化树分析和多重序列比对 |
| 3.2.3 GhHSD1和GbHSD1 亚细胞定位 |
| 3.2.4 转GhHSD1和GbHSD1 基因酵母油脂含量的变化 |
| 3.2.5 GhHSD1 基因对拟南芥油脂含量的影响 |
| 3.3 讨论 |
| 第四章 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 A |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（7）水稻花期耐热性与耐热QTL定位及候选基因分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 1 前言 |
| 1.1 花期高温胁迫对水稻生长发育的影响 |
| 1.1.1 花期高温危害临界温度 |
| 1.1.2 高温胁迫对花器官(颖花育性)的影响 |
| 1.1.3 高温胁迫对水稻生理过程的影响 |
| 1.1.4 高温胁迫对花后水稻产量和品质的影响 |
| 1.2 水稻高温胁迫应对措施 |
| 1.2.1 农艺措施 |
| 1.2.2 育种策略 |
| 1.2.3 生物技术策略 |
| 1.3 水稻品种花期耐热性鉴定与评价 |
| 1.3.1 水稻品种耐热型分类 |
| 1.3.2 水稻品种耐热性遗传改良 |
| 1.3.3 水稻品种耐热性鉴定与评价 |
| 1.4 水稻耐热性的遗传基础 |
| 1.4.1 水稻耐热性QTL定位 |
| 1.4.2 水稻耐热性基因克隆 |
| 1.5 研究目的及意义 |
| 2 水稻花期耐热性鉴定方法研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 供试材料 |
| 2.1.2 试验设计 |
| 2.1.3 测定指标与方法 |
| 2.1.4 数据分析与处理 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 不同高温处理条件下水稻的颖花结实率表现 |
| 2.2.2 高温危害临界温度(T_t)和高温危害积温(T_a) |
| 2.2.3 高温危害积温与水稻颖花相对结实率的关系 |
| 2.3 小结 |
| 3 不同水稻基因型花期耐热性鉴定与评价 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 供试材料 |
| 3.1.2 试验设计 |
| 3.1.3 测定指标与方法 |
| 3.1.4 数据分析与处理 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 不同水稻基因型花期高温胁迫下结实率表现 |
| 3.2.2 不同水稻基因型花期耐热性鉴定 |
| 3.2.3 不同水稻品种聚类分析 |
| 3.2.4 相对结实率与产量的相对隶属值二维象限分布特征 |
| 3.3 小结 |
| 4 不同水稻基因型花期耐热性的生理特征 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 供试材料 |
| 4.1.2 试验设计 |
| 4.1.3 测定指标与方法 |
| 4.1.4 数据分析与处理 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 高温处理条件下不同水稻品种颖花育性的影响 |
| 4.2.2 高温胁迫对不同水稻品种Pn和 SPAD值的影响 |
| 4.2.3 高温胁迫对不同水稻品种NSC、可溶性蛋白、脯氨酸和MAD含量的影响 |
| 4.2.4 高温胁迫对不同水稻品种抗氧化酶活性的影响 |
| 4.3 小结 |
| 5 水稻花期耐热QTL定位及候选基因分析 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 供试材料 |
| 5.1.2 水稻花期耐热性鉴定 |
| 5.1.3 BSA-seq分析 |
| 5.1.3.1 高、低基因池构建 |
| 5.1.3.2 重测序分析 |
| 5.1.4 候选基因qRT-PCR分析 |
| 5.1.5 同源基因分析 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 F_(2:3)群体耐热性表型鉴定 |
| 5.2.2 基于BSA-seq的水稻花期耐热基因定位 |
| 5.2.2.1 亲本及高低混池全基因组测序 |
| 5.2.2.2 基于BSA-seq的水稻耐热QTL定位 |
| 5.2.3 qHTT8 区间耐热候选基因分析 |
| 5.2.4 qHTT8 区间耐热候选基因qRT-PCR分析 |
| 5.2.5 qHTT8 的系统发育分析 |
| 5.3 小结 |
| 6 结论与讨论 |
| 6.1 结论 |
| 6.1.1 水稻花期耐热性鉴定方法研究 |
| 6.1.2 不同水稻基因型花期耐热性鉴定与评价 |
| 6.1.3 水稻花期耐热生理基础 |
| 6.1.4 水稻花期耐热性QTL定位及候选基因分析 |
| 6.2 讨论 |
| 6.2.1 水稻花期耐热性鉴定与评价 |
| 6.2.2 水稻花期耐热生理机制 |
| 6.2.3 水稻花期耐热QTL定位 |
| 6.3 主要创新点及不足之处 |
| 6.3.1 基于高温危害积温与相对结实率关系建立水稻花期耐热性鉴定新方法 |
| 6.3.2 鉴定筛选出不同耐热性水稻品种/材料 |
| 6.3.3 采用农艺性状好的水稻品种为亲本,利用BSA分析方法,挖掘到了1 个与水稻花期耐热性相关的QTL及2 个候选基因 |
| 6.3.4 不足之处 |
| 6.4 未来展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间科研及论文发表情况 |
（8）玉米粒长qKL1.07和粒宽qKW7b的精细定位和候选基因挖掘（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 籽粒大小是影响玉米产量的重要因素 |
| 1.1.1 籽粒大小在玉米驯化和改良过程中的演化 |
| 1.1.2 籽粒大小对玉米产量的影响 |
| 1.2 玉米籽粒大小及相关数量性状基因定位研究进展 |
| 1.2.1 玉米籽粒大小遗传模型 |
| 1.2.2 连锁分析 |
| 1.2.3 关联分析 |
| 1.2.4 连锁和关联分析的结合 |
| 1.3 玉米籽粒大小相关基因克隆和功能研究 |
| 1.3.1 籽粒发育突变体 |
| 1.3.2 同源基因克隆法 |
| 1.3.3 图位克隆 |
| 1.4 转录组测序在玉米籽粒发育研究中的应用 |
| 1.5 本研究的目的意义和技术路线 |
| 1.5.1 研究目的和意义 |
| 1.5.2 技术路线 |
| 第二章 玉米粒长qKL1.07的精细定位和候选基因分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 玉米亲本和遗传群体 |
| 2.1.2 田间试验及表型鉴定 |
| 2.1.3 基因型分析 |
| 2.1.4 表型统计分析 |
| 2.1.5 遗传图谱的构建和QTL定位 |
| 2.1.6 粒长近等基因系转录组分析 |
| 2.1.7 精细定位区间序列分析 |
| 2.1.8 候选基因关联分析 |
| 2.1.9 候选基因序列分析和表达分析 |
| 2.1.10 候选基因转基因验证 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 RIL群体第1染色体籽粒产量相关性状逐步回归分析和QTL定位 |
| 2.2.2 qKL1.07重定位 |
| 2.2.3 BC_3F_6群体粒长精细定位 |
| 2.2.4 BC_6F_5群体粒长精细定位 |
| 2.2.5 qKL1.07近等基因系的构建和遗传效应验证 |
| 2.2.6 qKL1.07精细定位 |
| 2.2.7 转录组学分析 |
| 2.2.8 精细定位区间序列分析和候选基因预测 |
| 2.2.9 候选基因关联分析 |
| 2.2.10 候选基因序列和表达分析 |
| 2.2.11 转基因植株粒长表型分析 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 决定粒长关键基因分析 |
| 2.3.2 细胞色素P450基因家族是参与籽粒发育调控的重要基因 |
| 2.3.3 qKL1.07在玉米育种中的价值和应用 |
| 第三章 玉米粒宽qKW7b的精细定位和候选基因分析 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.2 田间试验及表型鉴定 |
| 3.1.3 基因型鉴定 |
| 3.1.4 表型统计分析 |
| 3.1.5 遗传图谱的构建和QTL定位 |
| 3.1.6 粒宽近等基因系转录组分析 |
| 3.1.7 精细定位区间序列分析 |
| 3.1.8 候选基因关联分析 |
| 3.1.9 候选基因序列分析和表达分析 |
| 3.1.10 候选基因转基因验证 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 RIL群体第7染色体籽粒产量相关性状QTL定位 |
| 3.2.2 高代回交群体籽粒相关性状表型分析 |
| 3.2.3 qKW7重定位和分解 |
| 3.2.4 qKW7b近等基因系的构建和遗传效应验证 |
| 3.2.5 qKW7b精细定位 |
| 3.2.6 粒宽近等基因系籽粒比较转录组学分析 |
| 3.2.7 精细定位区间序列分析和候选基因预测 |
| 3.2.8 候选基因关联分析 |
| 3.2.9 候选基因序列和表达分析 |
| 3.2.10 过表达玉米粒宽表型鉴定 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 qKW7包含qKW7a和qKW7b两个加性效应相反的QTL |
| 3.3.2 Zm00001d020460基因可能在籽粒形成阶段发挥重要作用 |
| 3.3.3 Zm00001d020460基因上游调控序列的结构变异可能影响基因的表达量调控粒宽数量变异 |
| 第四章 结论 |
| 4.1 全文结论 |
| 4.1.1 玉米粒长主效QTL qKL1.07的精细定位和候选基因分析 |
| 4.1.2 玉米粒宽主效QTL qKW7b的精细定位和候选基因分析 |
| 4.2 主要创新点 |
| 4.3 存在问题及展望 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（9）杨树叶锈病抗性QTL定位与抗病防卫反应相关基因筛选及功能鉴定（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词 |
| 1 绪论 |
| 1.1 引言 |
| 1.2 杨树病害 |
| 1.2.1 杨树叶锈病 |
| 1.2.2 杨树溃疡病 |
| 1.2.3 杨树叶枯病 |
| 1.3 树木QTL定位研究进展 |
| 1.3.1 QTL定位基本原理 |
| 1.3.2 木本植物中QTL定位研究进展 |
| 1.3.3 树木抗病QTL定位研究进展 |
| 1.4 杨树抗病相关基因的挖掘和功能鉴定的研究进展 |
| 1.4.1 植物抗病机理 |
| 1.4.2 杨树抗病相关转录因子的研究 |
| 1.4.3 杨树其它抗病基因的研究 |
| 1.5 研究的目的和意义 |
| 1.6 技术路线 |
| 2 杨树高密度遗传图谱的构建及叶锈病抗性QTL定位 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 I-69 杨×小叶杨F_1子代群体繁殖 |
| 2.1.2 I-69 杨×小叶杨F_1子代群体SNP分子标记开发 |
| 2.1.3 杨树高密度遗传图谱的构建 |
| 2.1.4 I-69 杨×小叶杨F_1子代群体叶形的表型调查 |
| 2.1.5 I-69 杨×小叶杨F_1子代群体叶锈病抗性鉴定 |
| 2.1.6 QTL定位 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 I-69 杨×小叶杨遗传图谱的构建 |
| 2.2.1.1 DNA的提取 |
| 2.2.1.2 遗传图谱的构建 |
| 2.2.1.3 遗传图谱可用性的验证 |
| 2.2.2 叶锈病抗性鉴定 |
| 2.2.2.1 抗性鉴定结果分析 |
| 2.2.2.2 叶锈病抗性QTL定位结果 |
| 2.2.3 寻找叶锈病抗性QTL区间候选基因 |
| 3 杨树抗病防卫反应相关基因的筛选及功能鉴定 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 试验材料 |
| 3.1.1.1 植物材料 |
| 3.1.1.2 菌株和质粒 |
| 3.1.1.3 抗生素和激素 |
| 3.1.1.4 主要仪器和试剂 |
| 3.1.1.5 细菌及真菌培养基 |
| 3.1.1.6 植物培养基 |
| 3.1.1.7 溶液配制 |
| 3.1.2 试验方法 |
| 3.1.2.1 茉莉酸(JA)和水杨酸(SA)处理南林895 杨叶片 |
| 3.1.2.2 叶锈病病原菌接种南林895 杨叶片 |
| 3.1.2.3 RNA的抽提 |
| 3.1.2.4 DNA的抽提 |
| 3.1.2.5 荧光定量qRT-PCR |
| 3.1.2.6 基于RNA-Seq的转录组分析 |
| 3.1.2.7 亚细胞定位 |
| 3.1.2.8 目的基因超表达载体构建方法 |
| 3.1.2.9 目的基因抑制表达载体构建方法 |
| 3.1.2.10 拟南芥超表达株系的获取与阳性鉴定方法 |
| 3.1.2.11 转基因拟南芥抗病鉴定方法 |
| 3.1.2.12 南林895 杨超表达株系的获取与阳性鉴定方法 |
| 3.1.2.13 转基因南林895 杨抗病鉴定方法 |
| 3.2 结果与分析 |
| 3.2.1 转录组数据分析与候选基因的筛选 |
| 3.2.2 茉莉酸、水杨酸和叶锈病病原菌接种处理南林895 杨叶片后候选基因表达验证 |
| 3.2.3 候选基因在南林895 杨不同组织中的表达分析 |
| 3.2.4 候选转录因子亚细胞定位结果 |
| 3.2.5 非转录因子候选基因功能初步预测分析 |
| 3.2.6 目的基因的遗传转化 |
| 3.2.6.1 目的基因表达载体的构建 |
| 3.2.6.2 超表达拟南芥转基因株系获取 |
| 3.2.6.3 超表达南林895 杨转基因株系获取 |
| 3.2.7 转基因材料抗病表型鉴定 |
| 3.2.7.1 转基因拟南芥抗病表型鉴定 |
| 3.2.7.2 转基因南林895 杨抗病表型鉴定 |
| 3.2.8 XW4和YH9 转基因南林895杨RNA-Seq分析 |
| 4 讨论与结论 |
| 4.1 讨论 |
| 4.1.1 杨树叶锈病抗性QTL定位 |
| 4.1.2 YH9和ZI协同参与杨树抗病防卫反应的可能性 |
| 4.1.3 转录因子bZIP44 参与杨树抗病防卫反应可能的机理 |
| 4.1.4 转录因子XW4 参与杨树抗病防卫反应可能的机理 |
| 4.1.5 YH3 参与杨树抗病防卫反应可能的机理 |
| 4.1.6 候选基因具有的抗病防卫反应之外的功能 |
| 4.1.7 本研究的不足 |
| 4.2 结论 |
| 参考文献 |
| 附表 |
| 附录 |
| 致谢 |
（10）微卫星标记在鳙群体遗传、亲子鉴定及关联分析中的应用（论文提纲范文）
| 符号说明 |
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1 鳙国内的资源现状和研究现状 |
| 1.1 鳙资源现状 |
| 1.2 鳙研究现状 |
| 2 水产动物育种技术和分子标记 |
| 2.1 选择育种 |
| 2.2 杂交育种 |
| 2.3 分子标记辅助育种 |
| 3. 微卫星分子标记的应用 |
| 3.1 微卫星分子标记在遗传多样性上的应用 |
| 3.2 微卫星分子标记在亲子鉴定中的应用 |
| 3.3 微卫星分子标记在关联分析上的应用 |
| 3.4 微卫星分子标记在遗传连锁图谱中的应用 |
| 3.5 微卫星分子标记在QTL定位中的应用 |
| 4 本研究的目的及意义 |
| 第二章 基于鳙转录组数据EST-SSR分子标记的开发及多重PCR体系的建立 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 DNA的提取和检测 |
| 2.3 引物的设计与合成 |
| 2.4 引物筛选 |
| 2.5 群体扩增与检测 |
| 2.6 数据处理 |
| 2.7 三组四重PCR体系的构建 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 基于鳙转录组数据EST-SSR分子标记的开发 |
| 3.2 鳙3组微卫星4重PCR体系的开发 |
| 4 讨论 |
| 4.1 基于鳙转录组数据EST-SSR分子标记的开发 |
| 4.2 鳙3组微卫星4重PCR体系的开发 |
| 第三章 基于微卫星多重PCR体系的鲢鳙跨物种扩增和鳙亲子鉴定 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 DNA的提取和检测 |
| 2.3 群体扩增与检测 |
| 2.4 数据处理 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 基于多重PCR体系的鲢鳙跨物种扩增 |
| 3.2 基于多重PCR体系的鳙亲子鉴定 |
| 4 讨论 |
| 4.1 鲢鳙群体12个微卫星位点的多态性 |
| 4.2 鲢鳙四个群体间的遗传变异 |
| 4.3 鲢鳙四个群体的结构分析 |
| 4.4 鳙亲子鉴定 |
| 第四章 鳙微卫星位点与早期生长性状的关联分析 |
| 1 前言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 材料 |
| 2.2 DNA的提取和检测 |
| 2.3 引物的设计与合成 |
| 2.4 引物筛选 |
| 2.5 群体扩增与检测 |
| 2.6 数据处理 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 微卫星分子标记的筛选 |
| 3.2 关联分析结果 |
| 4 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间的科研成果 |
四、Chicken QTL mapping by multiplex PCR（论文参考文献）
- [1]大豆对孢囊线虫Heterodera glycines的分子遗传抗性机制研究[D]. 黄铭慧. 中国科学院大学(中国科学院东北地理与农业生态研究所), 2021
- [2]陆地棉GhHDA5和GhHDA6基因在棉花早熟性中的功能分析[D]. 张晶晶. 中国农业科学院, 2021(01)
- [3]高山美利奴羊羊毛品质与红细胞性状基因组选择和全基因组关联分析研究[D]. 朱韶华. 甘肃农业大学, 2021
- [4]高丹草低氢氰酸性状主效QTL PA7-1和PA7-2的精细定位及其候选基因分析[D]. 吴国芳. 内蒙古农业大学, 2021(01)
- [5]小麦耐盐品系筛选及耐盐QTL定位[D]. 李世姣. 山西大学, 2021(12)
- [6]陆海回交自交系群体油分含量QTL定位及候选基因GhHSD1的功能初步分析[D]. 边盈盈. 中国农业科学院, 2021(09)
- [7]水稻花期耐热性与耐热QTL定位及候选基因分析[D]. 陈雷. 广西大学, 2021
- [8]玉米粒长qKL1.07和粒宽qKW7b的精细定位和候选基因挖掘[D]. 汤彬. 中国农业科学院, 2020
- [9]杨树叶锈病抗性QTL定位与抗病防卫反应相关基因筛选及功能鉴定[D]. 夏文秀. 华中农业大学, 2019(02)
- [10]微卫星标记在鳙群体遗传、亲子鉴定及关联分析中的应用[D]. 方敏. 南京农业大学, 2019(08)